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2013 Fiscal Year Annual Research Report

細胞外シグナルと細胞内調節の相互作用による器官形成ロジックの多元的理解

Planned Research

Project AreaMultidimensional Exploration of Logics of Plant Development
Project/Area Number 25113006
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

柿本 辰男  大阪大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (70214260)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 松井 南  独立行政法人理化学研究所, その他部局等, その他 (80190396)
大島 良美  独立行政法人産業技術総合研究所, その他部局等, 研究員 (00722951)
Project Period (FY) 2013-06-28 – 2018-03-31
Keywords細胞分化 / 転写因子 / 環境 / 植物
Outline of Annual Research Achievements

植物の様々な細胞がどのようにしてそれぞれのアイデンティティーを獲得するのかを理解する事は発生生物学上極めて重要である。細胞は自らの置かれた状況を認識し、遺伝子発現制御を介して特異化する。多くの場合、少数の転写因子が中心となって遺伝子発現ネットワークを支配している。そういった転写因子を同定することは一つの研究目的である。本研究では、内鞘細胞、師部、根冠細胞のアイデンティティー決定に関わる転写因子を見いだす為のスクリーニングを行なった。まず、細胞タイプ別のトランスクリプトームのデータを用いて各細胞タイプ特異的に発現する転写因子遺伝子を選び出した。これらを、細胞タイプ特異的にGFPを発現するシロイヌナズナに導入し、過剰発現、転写抑制ドメインを融合して発現、転写活性化ドメインを融合して発現を行い、細胞タイプマーカーとなるGFPの発現パターンが変化するかどうかを指標にスクリーニングを行なった。その結果、過剰発現などにより細胞タイプを変える能力を持つ遺伝子を複数見いだした。内鞘細胞については、転写促進ドメイン融合遺伝子の発現により内鞘細胞アイデンティティーマーカーを誘導し、転写抑制ドメイン融合遺伝子の発現により内鞘細胞マーカーの消失と側根形成の阻害を引き起こす遺伝子を見いだした。スクリーニングにおいては、転写因子の細胞間移動の可能性も考え、当初計画よりも規模を大きくして行なった。その他、過剰発現により師部アイデンティティーを調節する能力のある転写因子遺伝子も見いだした。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

細胞アイデンティティーを決定する転写因子として、内鞘細胞、師部、根冠細胞のアイデンティティーを決定する能力がある因子をそれぞれ見いだした。植物の発生の仕組みを明らかにする重要な研究になると考えている。IR-LEGO(近赤外線誘導一細胞遺伝子操作系)は既に他の研究者により確立されているが、細胞間相互作用因子や細胞アイデンティティー決定因子を組織内の一細胞レベルで遺伝子操作を行う系を確立する事が植物発生の新たな理解につながると考えて系の確立を進めているが、概ね順調に進んでいる。また、研究協力者との共同で、転写因子ライブラリーを用いた転写因子研究を進めて成果が得られるとともに、広く使える系として確立している。

Strategy for Future Research Activity

内鞘細胞、師部、根冠細胞それぞれのアイデンティティーを決定する能力がある転写因子については、対応する遺伝子の破壊株で表現型が現われない。それぞれについて、良く似た機能の遺伝子が存在する事がわかってきており、多重変異体の作成を進めている。また、これらの遺伝子の遺伝子操作植物を用いてトランスクリプトーム解析を行い、遺伝子間相互作用を解明する予定である。発生における細胞間相互作用の役割を知るために、組織内一細胞遺伝子誘導系を用いる研究においては、遺伝子誘導後に経時的に形態形成を観察する。

  • Research Products

    (19 results)

All 2015 2014 2013 Other

All Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 1 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results) Presentation (10 results) (of which Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Cytokinin is required for escape but not release from auxin mediated apical dominance.2015

    • Author(s)
      Muller D, Waldie T, Miyawaki K, To JP, Melnyk CW, Kieber JJ, Kakimoto T, Leyser O.
    • Journal Title

      Plant J

      Volume: 82 Pages: 874-886

    • DOI

      10.1111/tpj.12862

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Auxin sensitivities of all Arabidopsis Aux/IAAs for degradation in the presence of every TIR1/AFB.2015

    • Author(s)
      Shimizu-Mitao Y, Kakimoto T.
    • Journal Title

      Plant Cell Physiology

      Volume: 55 Pages: 1450-1459

    • DOI

      10.1093/pcp/pcu077

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Pathways involved in vanadate-induced root hair formation in Arabidopsis.2014

    • Author(s)
      Lin CY, Huang LY, Chi WC, Huang TL, Kakimoto T, Tsai CR, Huang HJ.
    • Journal Title

      Physiol Plant.

      Volume: 153 Pages: 137-148

    • DOI

      10.1111/ppl.12229

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Arabidopsis reduces growth under osmotic stress by decreasing SPEECHLESS protein.2014

    • Author(s)
      Kumari A, Jewaria PK, Bergmann DC, Kakimoto T.
    • Journal Title

      Plant Cell Physiology

      Volume: 55 Pages: 2037-2046

    • DOI

      10.1093/pcp/pcu159

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] BEX1/ARF1A1C is required for BFA-sensitive recycling of PIN auxin transporters and auxin-mediated development in Arabidopsis.2014

    • Author(s)
      Tanaka H, Nodzyłski T, Kitakura S, Feraru MI, Sasabe M, Ishikawa T, Kleine-Vehn J, Kakimoto T, Friml J
    • Journal Title

      Plant Cell Physiol.

      Volume: 55 Pages: 737-749

    • DOI

      doi: 10.1093/pcp/pct196

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] EPIDERMAL PATTERNING FACTOR LIKE5 peptide represses stomatal development by inhibiting meristemoid maintenance in Arabidopsis thaliana.2013

    • Author(s)
      Niwa T, Kondo T, Nishizawa M, Kajita R, Kakimoto T, Ishiguro S.
    • Journal Title

      Biosci Biotechnol Biochem.

      Volume: 77 Pages: 1287-1295

    • DOI

      10.1271/bbb130145

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cell polarity and patterning by PIN trafficking through early endosomal compartments in Arabidopsis thaliana.2013

    • Author(s)
      Tanaka H, Kitakura S, Rakusová H, Uemura T, Feraru MI, De Rycke R, Robert S, Kakimoto T, Friml J.
    • Journal Title

      PLoS Genet.

      Volume: 9 Pages: e1003540

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1003540

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Differential effects of the peptides Stomagen, EPF1 and EPF2 on activation of MAP kinase MPK6 and the SPCH protein level.2013

    • Author(s)
      Jewaria PK, Hara T, Tanaka H, Kondo T, Betsuyaku S, Sawa S, Sakagami Y, Aimoto S, Kakimoto T.
    • Journal Title

      Plant Cell Physiol.

      Volume: 54 Pages: 1253-1262

    • DOI

      10.1093/pcp/pct076

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Signaling components for ABA mediated decrease in epidermal cells2015

    • Author(s)
      Kumari A., Bergmann D, Kakimoto T
    • Organizer
      第56回植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      東京農業大学(東京)
    • Year and Date
      2015-03-18 – 2015-03-18
  • [Presentation] Role of Aux/IAAs at the shoot apical meristem2015

    • Author(s)
      志水悌、柿本辰男
    • Organizer
      第56回植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      東京農業大学(東京)
    • Year and Date
      2015-03-18 – 2015-03-18
  • [Presentation] Active growth reduction of leaves under osmotic stress is executed by decreasing SPEECHLRDD protein inArabidopsis2014

    • Author(s)
      Kumari A., Pawan J, Bergmann D, Kakimoto T
    • Organizer
      25th International Conference on arabiodopsis Research
    • Place of Presentation
      バンクーバー(カナダ)
    • Year and Date
      2014-07-30 – 2014-07-30
  • [Presentation] Molecular Mechenisms Determine Pericycle Cell Idenntity2014

    • Author(s)
      Ye Zhang, Nobutaka Mitsuda, Takeshi Yoshizumi, Yoichi Kondo, Masaru Takagi, Minami Matsui, Tatsuo Kakimoto
    • Organizer
      International Symposium on Auxins and Cytokinins in Plant Development
    • Place of Presentation
      プラハ(チェコ)
    • Year and Date
      2014-07-01 – 2014-07-01
  • [Presentation] Auxin sensitivities and functions of Aux/IAAs2014

    • Author(s)
      Shimizu Y., Kakimoto T.
    • Organizer
      International Symposium on Auxins and Cytokinins in Plant Developmen
    • Place of Presentation
      プラハ(チェコ)
    • Year and Date
      2014-07-01 – 2014-07-01
  • [Presentation] オーキシン応答の多様性とオーキシン濃度依存性2014

    • Author(s)
      志水(三田尾)悌,柿本辰男
    • Organizer
      第55回 日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      富山大学(富山)
    • Year and Date
      2014-03-20 – 2014-03-20
  • [Presentation] 環境に応答した発生プログラム調節2014

    • Author(s)
      柿本 辰男,Kumari Archana,Bergmann Dominique,Jewaria Pawan
    • Organizer
      第55回 日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      富山大学(富山)
    • Year and Date
      2014-03-20 – 2014-03-20
    • Invited
  • [Presentation] Molecular Mechanisms that Determine Pericycle Cell Identity2014

    • Author(s)
      Ye Zhang, Nobutaka Mitsuda, Takeshi Yoshizumi, Yoichi Kondo, Masaru Takagi, Minami Matsui, Tatsuo Kakimoto
    • Organizer
      第55回 日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      富山大学(富山)
    • Year and Date
      2014-03-20 – 2014-03-20
  • [Presentation] オーキシンシグナル伝達因子の多様なオーキシン感受性2013

    • Author(s)
      志水(三田尾) 悌 、柿本 辰男
    • Organizer
      日本植物学会第77回大会
    • Place of Presentation
      北海道大学(札幌)
    • Year and Date
      2013-09-14 – 2013-09-14
  • [Presentation] Molecular Mechanisms that Determine Pericycle Cell Identity2013

    • Author(s)
      Ye Zhang , Mitsuda Nobutaka ,Takeshi Yoshizumi 、Yoichi Kondo 、Masaru Takagi 、Minami Matsui ,Tatsuo Kakimoto
    • Organizer
      日本植物学会第77回大会
    • Place of Presentation
      北海道大学(札幌)
    • Year and Date
      2013-09-14 – 2013-09-14
  • [Remarks] Welcome to Kakimoto Lab

    • URL

      http://www.bio.sci.osaka-u.ac.jp/bio_web/lab_page/cell_physiol/sitepg/Kakimoto_Lab/homu.html

URL: 

Published: 2016-06-01  

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