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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Molecular basis of the nuclear envelope to ensure chromatin functions

Planned Research

Project AreaDynamic chromatin structure and function
Project/Area Number 25116006
Research InstitutionNational Institute of Information and Communications Technology

Principal Investigator

原口 徳子  国立研究開発法人情報通信研究機構, 未来ICT研究所フロンティア創造総合研究室, 主任研究員 (20359079)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 淺川 東彦  大阪大学, 生命機能研究科, 准教授 (70399533)
Project Period (FY) 2013-06-28 – 2018-03-31
Keywords細胞・組織 / 細胞核 / クロマチン / 細胞構造 / タンパク質
Outline of Annual Research Achievements

3つの項目に対して検討を行い、以下の結果を得た。
1)人工ビーズを用いたクロマチン機能に必要な核膜因子の同定:人工的に構成したクロマチン(あるいはヌクレオソーム)をビーズ上に結合させる方法としてDNA配列やビオチンラベルの入れ方などを検討し、上手くいく方法を発見した。DNAビーズを細胞内に導入したときの、ビーズ周辺で起こる細胞応答(核膜形成とオートファジー膜集合)のメカニズムを検討した。その結果、核膜形成にはBAFが重要であること、オートファジーに関しては、p62タンパク質がユビキチン化を迅速化することで、オートファジーを活性化することが分かった。特に、p62は、マウスの場合405番目(ヒトは403番目)のセリン残基がリン酸化されていることが必須であることも分かった。
2)天然微小核を用いたクロマチン機能を保証する核膜因子の解明:蛍光生細胞イメージング法とRNAiによるノックダウンを使って、微小核の維持に働く核膜因子を検討した。RanやRCC1などの因子に対して、微小核内のクロマチン構造と核膜構造との相関を検討し、クロマチン機能に重要な働きをする核膜因子について有用な知見を得た。
3)進化的に保存された核膜タンパク質のクロマチン機能に果たす役割の解明:進化的に保存された核膜タンパク質としてLEM2、bqt4、Nup132などに着目し、核膜タンパク質とクロマチン機能・構造との関連を、遺伝学と蛍光イメージング法あるいは電子顕微鏡法を用いて検討した。セントロメアのヘテロクロマチン化を増強する核膜タンパク質LEM2のドメイン解析を行い、セントロメアのヘテロクロマチン増強に必要なドメインがC末側に、核膜局在化ドメインがN末側にあることを明らかにした。

Research Progress Status

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (60 results)

All 2018 2017 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (11 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 7 results) Presentation (46 results) (of which Int'l Joint Research: 14 results,  Invited: 11 results) Remarks (2 results)

  • [Int'l Joint Research] Chicago University(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Chicago University
  • [Journal Article] Lem2 is retained at the nuclear envelope through its interaction with Bqt4 in fission yeast2018

    • Author(s)
      Hirano Yasuhiro、Kinugasa Yasuha、Asakawa Haruhiko、Chikashige Yuji、Obuse Chikashi、Haraguchi Tokuko、Hiraoka Yasushi
    • Journal Title

      Genes Cells

      Volume: 23 Pages: 122~135

    • DOI

      10.1111/gtc.12557

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] p62/SQSTM1 promotes rapid ubiquitin conjugation to target proteins after endosome rupture during xenophagy2018

    • Author(s)
      Tsuchiya Megumi、Ogawa Hidesato、Koujin Takako、Mori Chie、Osakada Hiroko、Kobayashi Shouhei、Hiraoka Yasushi、Haraguchi Tokuko
    • Journal Title

      FEBS Open Bio

      Volume: 8 Pages: 470~480

    • DOI

      10.1002/2211-5463.12385

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Estimation of GFP-Nucleoporin Amount Based on Fluorescence Microscopy2018

    • Author(s)
      Asakawa Haruhiko、Hiraoka Yasushi、Haraguchi Tokuko
    • Journal Title

      Methods Mol Biol,

      Volume: 1721 Pages: 105~115

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-7546-4_10

  • [Journal Article] Remodeling the Specificity of an Endosomal CORVET Tether Underlies Formation of Regulated Secretory Vesicles in the Ciliate Tetrahymena thermophila2018

    • Author(s)
      Sparvoli Daniela、Richardson Elisabeth、Osakada Hiroko、Lan Xun、Iwamoto Masaaki、Bowman Grant R.、Kontur Cassandra、Bourland William A.、Lynn Denis H.、Pritchard Jonathan K.、Haraguchi Tokuko、Dacks Joel B.、Turkewitz Aaron P.
    • Journal Title

      Current Biology

      Volume: 28 Pages: 697~710.e13

    • DOI

      10.1016/j.cub.2018.01.047

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Lateral attachment of kinetochores to microtubules is enriched in prometaphase rosette and facilitates chromosome alignment and bi-orientation establishment2018

    • Author(s)
      Itoh Go、Ikeda Masanori、Iemura Kenji、Amin Mohammed Abdhullahel、Kuriyama Sei、Tanaka Masamitsu、Mizuno Natsuki、Osakada Hiroko、Haraguchi Tokuko、Tanaka Kozo
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 8 Pages: 1~18

    • DOI

      10.1038/s41598-018-22164-5

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] An endosomal syntaxin and the AP-3 complex are required for formation and maturation of candidate lysosome-related secretory organelles (mucocysts) in Tetrahymena thermophila.2017

    • Author(s)
      Kaur H, Sparvoli D, Osakada H, Iwamoto M, Haraguchi T, Turkewitz AP
    • Journal Title

      Mol Biol Cell

      Volume: 28 Pages: 1551~1564

    • DOI

      10.1091/mbc.E17-01-0018

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Compositionally distinct nuclear pore complexes of functionally distinct dimorphic nuclei in the ciliate Tetrahymena2017

    • Author(s)
      Iwamoto Masaaki、Osakada Hiroko、Mori Chie、Fukuda Yasuhiro、Nagao Koji、Obuse Chikashi、Hiraoka Yasushi、Haraguchi Tokuko
    • Journal Title

      J Cell Sci

      Volume: 130 Pages: 1822~1834

    • DOI

      10.1242/jcs.199398

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Function of nuclear membrane proteins in shaping the nuclear envelope integrity during closed mitosis2017

    • Author(s)
      Yang Hui-Ju、Iwamoto Masaaki、Hiraoka Yasushi、Haraguchi Tokuko
    • Journal Title

      J Biochem

      Volume: 161 Pages: 471~477

    • DOI

      10.1093/jb/mvx020

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Newly found Tetrahymena nucleoporins, Nup214, Nup153 and Pom121/Pom82, differentiate nuclear pore complexes of functionally distinct nuclei2017

    • Author(s)
      Iwamoto Masaaki、Hiraoka Yasushi、Haraguchi Tokuko
    • Journal Title

      Commun Integrat Biol

      Volume: 11 Pages: 1~4

    • DOI

      10.1080/19420889.2017.1384890

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 繊毛虫テトラヒメナの二種類の核を分ける核膜孔複合体の構造と動態2017

    • Author(s)
      岩本政明、原口徳子
    • Journal Title

      藻類(Japanese Journal of Phycology)

      Volume: 65 Pages: 108~109

  • [Journal Article] ライブクレム顕微鏡法2017

    • Author(s)
      原口徳子、平岡泰
    • Journal Title

      生産と技術

      Volume: 69 Pages: 59~64

    • Open Access
  • [Presentation] 細胞核を造る -染色体・細胞核の機能構造はどこまで分かったか?-2017

    • Author(s)
      原口徳子、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第40回日本分子生物学会年会・2017年度 生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)
    • Invited
  • [Presentation] 人工ビーズを使ったヒト細胞内での人工核の構築2017

    • Author(s)
      原口徳子、小林昇平、Sukriye Bilir、荒神尚子、小坂田裕子、糀谷知子、森知栄、佐橋律子、平岡泰
    • Organizer
      第40回日本分子生物学会年会・2017年度 生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)
    • Invited
  • [Presentation] 計測再構成的アプローチによる哺乳動物受精卵核構築機序の理解2017

    • Author(s)
      山縣一夫, 鈴木由華, Sukriye Bilir, 小坂田裕子, 小林昇平, 平岡泰, 原口徳子
    • Organizer
      第40回日本分子生物学会年会・2017年度 生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)
    • Invited
  • [Presentation] 染色体上の非コード RNAが減数分裂期の相同染色体対合を促進する2017

    • Author(s)
      丁大橋、原口徳子、平岡泰
    • Organizer
      第40回日本分子生物学会年会・2017年度 生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)
    • Invited
  • [Presentation] 二核性生物テトラヒメナの大小核核膜孔複合体の違い2017

    • Author(s)
      岩本政明、小坂田裕子、森知栄、福田康弘、長尾恒治、小布施力史、平岡泰、原口徳子
    • Organizer
      第40回日本分子生物学会年会・2017年度 生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)
  • [Presentation] 分裂酵母に特異的な核膜孔複合体の構造2017

    • Author(s)
      淺川東彦、糀谷知子、Hui-Ju Yang、小坂田裕子、大槻千鶴、長尾恒治、小布施力史、平岡泰、原口徳子
    • Organizer
      第40回日本分子生物学会年会・2017年度 生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)
  • [Presentation] 生細胞内に導入した人工ビーズの周辺で起こる核膜形成過程の解析2017

    • Author(s)
      小林昇平、荒神尚子、糀谷知子、小坂田裕子、森知栄、佐橋律子、平岡泰、原口徳子
    • Organizer
      第40回日本分子生物学会年会・2017年度 生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)
  • [Presentation] オートファジーレセプター p62/SQSTM1 の調節による効果的な遺伝子導入法の確立とその分子機構の解明2017

    • Author(s)
      小川英知、土屋惠、荒神尚子、森知栄、小坂田裕子、小林昇平、平岡泰、 原口徳子
    • Organizer
      第40回日本分子生物学会年会・2017年度 生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)
  • [Presentation] 分裂酵母核膜タンパク質 Lem2と Bqt4の協調的機能の解析2017

    • Author(s)
      衣笠泰葉、平野泰弘、近重裕次、淺川東彦、原口徳子、平岡泰
    • Organizer
      第40回日本分子生物学会年会・2017年度 生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)
  • [Presentation] NPC formation on the nucleoporin-beads incorporated into living cells2017

    • Author(s)
      Sukriye Bilir、Shouhei Kobayashi、Takako Koujin、Mori Chie、Osakada Hiroko、Tomoko Kojidani、Yasushi Hiraoka、Tokuko Haraguchi
    • Organizer
      第40回日本分子生物学会年会・2017年度 生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)
  • [Presentation] 分裂酵母の減数分裂においてヒストン H2Aの不足は染色体分配異常を引き起こす2017

    • Author(s)
      山本孝治、長濱有紀、原口徳子、平岡泰
    • Organizer
      第40回日本分子生物学会年会・2017年度 生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)
  • [Presentation] 再構成的アプローチによる受精卵核構築システムの理解2017

    • Author(s)
      鈴木由華、Sukriye Bilir、小坂田裕子、小林昇平、平岡泰、原口徳子、山縣一夫
    • Organizer
      第40回日本分子生物学会年会・2017年度 生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)
  • [Presentation] テトラヒメナの小核核膜孔特異的なヌクレオポリンPom82の役割2017

    • Author(s)
      岩本政明、小坂田裕子、森知栄、平岡泰、原口徳子
    • Organizer
      第35回染色体ワークショップ・第16回核ダイナミクス研究会
  • [Presentation] 分裂酵母の核膜孔複合体に特異的なNup107 サブ複合体の構造2017

    • Author(s)
      淺川東彦、糀谷知子、楊恵如、小坂田裕子、大槻千鶴、長尾恒治、小布施力史、岩本政明、平岡泰、原口徳子
    • Organizer
      第35回染色体ワークショップ・第16回核ダイナミクス研究会
  • [Presentation] ブーケ配向形成に関与する因子群の生化学的解析2017

    • Author(s)
      讓原秀隆、横山浩、近重裕次、原口徳子、平岡泰、胡桃坂仁志、香川亘
    • Organizer
      第35回染色体ワークショップ・第16回核ダイナミクス研究会
  • [Presentation] 減数分裂期相同染色体対合における非コードRNA の役割2017

    • Author(s)
      丁大橋、原口徳子、平岡泰
    • Organizer
      第35回染色体ワークショップ・第16回核ダイナミクス研究会
  • [Presentation] テトラヒメナの核膜孔複合体を分ける膜貫通型ヌクレオポリンPom121/Pom822017

    • Author(s)
      岩本政明,小坂田裕子,森知栄,平岡泰,原口徳子
    • Organizer
      第50回 日本原生生物学会大会・1回 日本共生生物学会大会
  • [Presentation] Live correlative light and electron microscopy for studies of nuclear envelope dynamics2017

    • Author(s)
      Tokuko Haraguchi
    • Organizer
      Lecture in National Tsing Hua University
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Roles of the nuclear envelope on formation and maintenance of the micronucleus in cancer cells2017

    • Author(s)
      Tokuko Haraguchi, Takako Koujin, Hiroko Osakada, Tomoko, Kojidani, Shouhei Kobayashi, Hiroshi Masumoto, Yasushi Hiraoka
    • Organizer
      第76回日本癌学会学術総会
    • Invited
  • [Presentation] Chromosome association of noncoding RNA during homologous chromosome pairing in fission yeast meiosis2017

    • Author(s)
      Da-Qiao Ding, Tokuko Haraguchi, Yasushi Hiraoka
    • Organizer
      第55回日本生物物理学会年会
    • Invited
  • [Presentation] 分裂酵母核膜タンパク質Lem2とBqt4の協調的機能の解析2017

    • Author(s)
      衣笠泰葉、平野泰弘、浅川東彦、近重裕次、原口徳子、平岡泰
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム第50回研究報告会
  • [Presentation] 分裂酵母に特異的な核膜孔複合体の構造と機能2017

    • Author(s)
      浅川東彦、椛谷知子、楊恵如、小坂田裕子、大槻千鶴、長尾恒治、小布施力史、岩本政明、平岡泰、原口徳子
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム第50回研究報告会
  • [Presentation] ヒストンH2Aの不足が染色体の不分離を引き起こす2017

    • Author(s)
      山本孝治、長濵有紀、原口徳子、平岡泰
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム第50回研究報告会
  • [Presentation] Bead-induced nuclear envelope assembly in the living cell2017

    • Author(s)
      Tokuko Haraguchi, Shouhei Kobayashi, Takako Koujin, Hiroko Osakada, Tomoko Kojidani, Chie Mori, Sahashi Ritsuko, Yasushi Hiraoka.
    • Organizer
      The Pleiotropic Nuclear Envelope Meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 生細胞内導入ビーズをプローブとした外来DNAの細胞内運命の可視化2017

    • Author(s)
      小林昇平、荒神尚子、糀谷知子、小坂田裕子、森知栄、佐橋律子、土屋惠、小川英知、平岡泰、原口徳子
    • Organizer
      第26回 バイオイメージング学会学術集会
    • Invited
  • [Presentation] DNAビーズを可視化プローブとした外来DNAの細胞内動態の解明2017

    • Author(s)
      小林昇平、荒神尚子、糀谷知子、小坂田裕子、森知栄、佐橋律子、土屋惠、小川英知、平岡泰、原口徳子
    • Organizer
      第66回 高分子討論会
  • [Presentation] 分裂酵母に特異的な核膜孔複合体の構造2017

    • Author(s)
      淺川東彦、糀谷知子、Hui-Ju Yang、小坂田裕子、大槻千鶴、長尾恒治、小布施力史、平岡泰、原口徳子
    • Organizer
      第九回 光塾
  • [Presentation] 生細胞内導入ビーズをプローブとした外来物質の細胞内運命解析2017

    • Author(s)
      小林昇平、荒神尚子、糀谷知子、小坂田裕子、森知栄、佐橋律子、平岡泰、原口徳子
    • Organizer
      第九回 光塾
  • [Presentation] Understanding of nuclear assembly in mouse preimplantation embryo by reconstitution approach2017

    • Author(s)
      Yuka Suzuki, Sukriye Bilir, Hiroko Osakada, Shouhei Kobayashi, Yasushi Hiraoka, Tokuko Haraguchi, Kazuo Yamagata
    • Organizer
      HMGU-Japan Epigenetics and Chromatin Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Lem2 is implicated in lipid metabolism in fission yeast,2017

    • Author(s)
      Yasuhiro Hirano, Yasuha Kinugasa, Haruhiko Asakawa, Yuji Chikashige, Chikashi Obuse, Tokuko Haraguchi, Yasushi Hiraoka
    • Organizer
      The Pleiotropic Nuclear Envelope Meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] A new method for three-dimensional chromatic correction for fluorescence microscopy2017

    • Author(s)
      Atsushi Matsuda, Tokuko Haraguchi , Yasushi Hiraoka
    • Organizer
      The 24th Congress of the International Commission for Optics
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] RNA-Associating Proteins Accumulated on the Chromosome During Homologous Chromosome Pairing in Meiosis2017

    • Author(s)
      Da-Qiao Ding, Tokuko Haraguchi, Yasushi Hiraoka
    • Organizer
      Gordon Research Conference, Chromosome Dynamics
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] For Successful Fluorescence Live Cell Imaging.2017

    • Author(s)
      Tokuko Haraguchi
    • Organizer
      The Cell Biological Science Workshop
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 再構成的アプローチによる受精卵核構築システムの理解2017

    • Author(s)
      鈴木由華、Sukriye Billir、小坂田裕子、小林昇平、平岡泰、原口徳子、山縣一夫
    • Organizer
      第2回クロマチン動構造ワークショップ
  • [Presentation] 分裂酵母テロメアクラスター複合体の構造解析に向けた試験管内再構成2017

    • Author(s)
      讓原秀隆、横山浩、近重裕次、原口徳子、平岡泰、胡桃坂仁志、香川亘
    • Organizer
      第2回クロマチン動構造ワークショップ
  • [Presentation] NPC formation on the nucleoporin-beads incorporated into living cells2017

    • Author(s)
      Sukriye Bilir, Shouhei Kobayashi, Takako Koujin, Chie Mori, Hiroko Osakada, Tomoko Kojidani, Yasushi Hiraoka, Tokuko Haraguchi
    • Organizer
      第69回日本細胞生物学会大会
  • [Presentation] オートファジーレセプターp62/SQSTM1 の細胞内タンパク質量の調節による効果的な遺伝子導入法の確立とその分子機構2017

    • Author(s)
      小川英知, 土屋惠, 荒神尚子, 小林昇平, 森知栄, 平岡泰, 原口徳子
    • Organizer
      第69回日本細胞生物学会大会
  • [Presentation] A cohesin-based platform of the chromosome for homologous chromosome pairing in fission yeast meiosis2017

    • Author(s)
      Ding Da-Qiao, Tokuko Haraguchi, Yasushi Hiraoka
    • Organizer
      SMC protein
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] オートファジーレセプターp62の除去は遺伝子導入効率を上げる2017

    • Author(s)
      原口徳子、小林昇平、荒神尚子、糀谷知子、小坂田裕子、森知栄、平岡泰
    • Organizer
      第17回遺伝子・デリバリー 研究会シンポジウム
  • [Presentation] 生細胞内導入ビーズを用いた外来DNAセンシング機構の解析2017

    • Author(s)
      小林昇平、荒神尚子、糀谷知子、小坂田裕子、森知栄、平岡泰、原口徳子
    • Organizer
      第17回遺伝子・デリバリー 研究会シンポジウム
  • [Presentation] Lipid Droplet Dynamics during Schizosaccharomyces pombe Sporulation and Their Role in Spore Survival2017

    • Author(s)
      Yang Hui-Ju, Yuji Chikashige, Chie Mori, Hiroko Osakada, Tomoko Kojidani, Tokuko Haraguchi, Yasushi Hiraoka
    • Organizer
      9th International Fission Yeast Meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] RNA Transcription and Termination Factors Are Important in Meiotic Homologous Chromosome Pairing in S. pombe2017

    • Author(s)
      Da-Qiao Ding, Kasumi Okamasa, Yuki Katou, Yuki Nagahama, Atsushi Matsuda, Chie Mori, Yuji Chikashige, Tokuko Haraguchi, Katsuhiko Shirahige, Yasushi Hiraoka.
    • Organizer
      9th International Fission Yeast Meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Cooperative Functions of Inner Nuclear Membrane Proteins Lem2 and Bqt42017

    • Author(s)
      Yasuha Kinugasa, Yasuhiro Hirano, Haruhiko Asakawa, Yuji Chikashige, Tokuko Haraguchi, Yasushi Hiraoka
    • Organizer
      9th International Fission Yeast Meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Lem2 Localization to the Nuclear Envelope Is Biased by Its Interaction with Another Nuclear Membrane Protein Bqt4 in Fission Yeast2017

    • Author(s)
      Yasuhiro Hirano, Yasuha Kinugasa, Chikashi Obuse, Haruhiko Asakawa, Yuji Chikashige, Tokuko Haraguchi, Yasushi Hiraoka
    • Organizer
      9th International Fission Yeast Meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Organization of The Nuclear Pore Core Complex Revealed by Immunoelectron Microscopy in The Fission Yeast Schizosaccharomyces pombe2017

    • Author(s)
      Haruhiko Asakawa, Tomoko Kojidani, Yang Hui-Ju, Hiroko Osakada, Nagao K, Chikashi Obuse, Yasushi Hiraoka, Tokuko Haraguchi
    • Organizer
      9th International Fission Yeast Meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Three-Dimensional Chromatic Correction for Fluorescence Microscopy Enabling Precise Distance Measurements in the Nuclear Pore Complex2017

    • Author(s)
      Atsushi Matsuda, Haruhiko Asakawa, Yasuhiro Hirano, Lothar Schermelleh, Tokuko Haraguchi, Yasushi Hiraoka
    • Organizer
      Focus on Microscopy 2017
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] 国立研究開発法人情報通信研究機構 未来ICT研究所 生物情報グループ

    • URL

      http://www2.nict.go.jp/frontier/seibutsu/CellMagic/index.html

  • [Remarks] 新学術領域「動的クロマチン構造と機能」ホームページ

    • URL

      http://nucleosome.kyushu-u.ac.jp/index.html

URL: 

Published: 2018-12-17   Modified: 2022-02-28  

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