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2018 Fiscal Year Annual Research Report

3D Active Site Science in Biology

Planned Research

Project Area3D Active-Site Science
Project/Area Number 26105005
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

佐々木 裕次  東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (30344401)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 関口 博史  公益財団法人高輝度光科学研究センター, 利用研究促進部門, 主幹研究員 (00401563)
柴山 修哉  自治医科大学, 医学部, 教授 (20196439)
宮澤 淳夫  兵庫県立大学, 生命理学研究科, 教授 (60247252)
Project Period (FY) 2014-07-10 – 2019-03-31
Keywordsタンパク質分子 / 結晶化 / 蛍光X線ホログラフィー / 価数変化 / X線1分子計測 / 3次元分子内部動態情報
Outline of Annual Research Achievements

蛍光X線ホログラフィーは、原子分解能を持つX線を利用した構造決定法で、散乱波の強度情報に加えて位相情報も同時に計測できるユニークな撮像技術である。我々は、蛍光X線ホログラフィー測定をタンパク質分子に適用するため、装置の改良を行い、世界で初めて血液中の酸素運搬タンパク質であるヘモグロビンの蛍光X線ホログラムの観測に成功した。この測定系を用いて、酸素貯蔵タンパク質であるミオグロビンの蛍光X線ホログラフィー測定を行ない、ミオグロビンの鉄原子環境を世界で初めて可視化することにも成功した。現在、光合成に関わる光化学系II複合体タンパク質(Photosystem II, PSII)活性サイトの蛍光ホログラムパターン測定に成功し、マンガンの価数変化が可視化されようとしている。また、本バイオ計測研究におけるもう1つの主要計測手法である、X線1分子追跡法(Diffracted X-ray Tracking: DXT)においても、極めて大きな進展があった。大きな成果の1つに、DXT測定を大型放射光利用だけではなく、実験室X線光源においても測定可能であることを実証し、本手法を「X線回折明滅法(Diffracted X-ray Blinking, DXB)と名付けた。また、DXB測定では、サンプル対象が生体外1分子だけではなく、細胞や小動物体内において、その中に存在する1分子動態計測が可能となったことは生命科学にとって進展は大きい。

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (6 results)

All 2018

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 1 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Diffracted X-ray Blinking Tracks Single Protein Motions2018

    • Author(s)
      Sekiguchi Hiroshi、Kuramochi Masahiro、Ikezaki Keigo、Okamura Yu、Yoshimura Kazuki、Matsubara Ken、Chang Jae-Won、Ohta Noboru、Kubo Tai、Mio Kazuhiro、Suzuki Yoshio、Chavas Leonard M. G.、Sasaki Yuji C.
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 8 Pages: 17090

    • DOI

      https://doi.org/10.1038/s41598-018-35468-3

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] X-ray observations of single bio-supramolecular photochirogenesis2018

    • Author(s)
      Chang Jaewon、Nishijima Masaki、Sekiguchi Hiroshi、Ichiyanagi Kohei、Kuramochi Masahiro、Inoue Yoshihisa、Sasaki Yuji C.
    • Journal Title

      Biophysical Chemistry

      Volume: 242 Pages: 1~5

    • DOI

      https://doi.org/10.1016/j.bpc.2018.07.003

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] DNA-binding induced conformational change of c-Myb R2R3 analyzed using diffracted X-ray tracking2018

    • Author(s)
      Hosoe Yuhi、Inaba Satomi、Sekiguchi Hiroshi、Sasaki Yuji C.、Oda Masayuki
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 503 Pages: 338~343

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2018.06.025

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Progression of 3D Protein Structure and Dynamics Measurements2018

    • Author(s)
      Sato-Tomita Ayana、Sekiguchi Hiroshi、Sasaki Yuji C.
    • Journal Title

      Journal of the Physical Society of Japan

      Volume: 87 Pages: 061015~061015

    • DOI

      https://doi.org/10.7566/JPSJ.87.061015

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Time-Resolved Measurement of the ATP-Dependent Motion of the Group II Chaperonin by Diffracted Electron Tracking2018

    • Author(s)
      Ogawa Naoki、Yamamoto Yohei、Abe Keisuke、Sekiguchi Hiroshi、Sasaki Yuji、Ishikawa Akira、Frydman Judith、Yohda Masafumi
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 19 Pages: 950~950

    • DOI

      10.3390/ijms19040950

    • Peer Reviewed
  • [Book] 3D Local Structure and Functionality Design of Materials2018

    • Author(s)
      Daimon Hiroshi、Sasaki Yuji C
    • Total Pages
      220
    • Publisher
      World Scientific Publishing Co Ltd.

URL: 

Published: 2019-12-27  

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