• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2017 Fiscal Year Annual Research Report

Hadean Bioscience

Planned Research

Project AreaHadean Bioscience
Project/Area Number 26106003
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

クリーヴス ヘンダーソン  東京工業大学, 地球生命研究所, 特任准教授 (60723608)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 原 正彦  東京工業大学, 物質理工学院, 教授 (50181003)
青野 真士  慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (00391839) [Withdrawn]
車 兪徹  東京工業大学, 地球生命研究所, 特任准教授 (40508420)
矢野 隆章  東京工業大学, 物質理工学院, 助教 (90600651)
藤島 皓介  東京工業大学, 地球生命研究所, 研究員 (00776411)
金井 昭夫  慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 教授 (60260329)
フェアエンバック アルバート  東京工業大学, 地球生命研究所, 研究員 (40723680)
燒山 佑美  大阪大学, 工学研究科, 准教授 (60636819)
Project Period (FY) 2014-07-10 – 2019-03-31
Keywords鉱物表面 / 化学進化反応 / ナノスケール分析 / ペプチド結合
Outline of Annual Research Achievements

本研究の目的は、生体分子(アミノ酸等)と鉱物表面との相互作用をナノスケールで定量・定性分析する手法を確立し、生命進化反応における鉱物表面の触媒作用を解明することである。本年度は、X線光電子分光(XPS: X-ray Photoelectron Spectroscopy)を用いて、酸化チタン(TiO2)表面におけるアミノ酸分子の重合化(二量体化)メカニズムを解明した。具体的には、(110)結晶面を優先的に有するTiO2粉末表面にグリシン水溶液を噴霧し、グリシン分子を粉末表面に吸着させた。その際に、100°Cに加熱したホットプレート上でグリシン水溶液を噴霧した後に1 分間静置し乾燥させる湿潤・ 乾燥サイクルを考案し、原始地球環境下における湿潤・ 乾燥サイクルを模倣した。湿潤・ 乾燥サイクル後のTiO2粉末表面のXPS測定を行ったところ、N1sコアレベルのXPSスペクトルにおいてグリシン二量体のペプチド結合(-CONH-)由来のピークが確認され、TiO2粉末表面でグリシンの二量体化が促進されることが示された。さらに、二量体化の効率は、1)湿潤・環境サイクル回数、2)TiO2粉末の粒径、3)TiO2粉末の結晶種(ルチル型、アナターゼ型)に依存することも見出した。また、国際共同研究加速基金を利用して、量子化学理論研究者のMonti博士(ICCOM-CNR, Italy)と共同研究を行い、グリシンの重合化におけるTiO2表面の触媒作用を実験と理論の両輪から解明した。
TiO2以外の鉱物として黄鉄鉱(FeS2)に着目し、FeS2表面におけるアミノ酸(システイン)の化学進化反応分析を行った。特に、A05班と連携してFeS2表面におけるシステイン分子の吸着・二量体化反応について、A06班と連携して鉄・硫黄クラスターの形成反応について分析した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本年度は、X線光電子分光を用いた表面分析と化学反応分子動力学を用いた計算解析を融合し、酸化チタン鉱物表面におけるアミノ酸重合化のメカニズムを実験と理論の両面から解明した。さらに、A05班およびA06班と連携して、黄鉄鉱表面におけるシステイン分子の化学進化反応(吸着、重合化、鉄・硫黄クラスター形成)について、そのメカニズムの理解の深化を図った。以上の成果により、当初の予定通り研究が進展していると判断した。

Strategy for Future Research Activity

今後(最終年度)は、冥王代の地球環境を模した条件(紫外線照射、pH制御、湿潤・環境サイクル)下におけるアミノ酸分子と鉱物表面の相互作用を包括的に議論し、鉱物表面におけるアミノ酸分子の化学進化反応(吸着、重合化、鉄・硫黄クラスター形成)メカニズムを表面科学の観点から総括する。特に、国際活動支援費等を活用して分子動力学計算を得手とする海外の研究グループとの共同研究を加速させ、冥王代における化学進化反応メカニズムを実験と理論の両面から分子レベルで解明する。これにより、バルク鉱物における巨視的な系での議論に留まっていた従来のアプローチから脱却し、化学進化研究の新しい潮流を確立する。

Remarks

受賞:H29年度若手科学者賞 矢野 隆章

  • Research Products

    (48 results)

All 2018 2017 Other

All Int'l Joint Research (6 results) Journal Article (14 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results,  Peer Reviewed: 14 results,  Open Access: 12 results) Presentation (26 results) (of which Int'l Joint Research: 16 results,  Invited: 12 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Blue Marble Space Institute of Science/Georgia Institute of Technology/Harvard University(U.S.A.)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Blue Marble Space Institute of Science/Georgia Institute of Technology/Harvard University
    • # of Other Institutions
      6
  • [Int'l Joint Research] Faculty of Applied Science Oxford/Imperial College London/UK Centre for Astrobiology, SUPA,(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      Faculty of Applied Science Oxford/Imperial College London/UK Centre for Astrobiology, SUPA,
  • [Int'l Joint Research] DLR, Institute of lanetary Research/DLR, Institute of Aerospace Medicine/Earth Observation Center(EOC)(Germany)

    • Country Name
      Germany
    • Counterpart Institution
      DLR, Institute of lanetary Research/DLR, Institute of Aerospace Medicine/Earth Observation Center(EOC)
  • [Int'l Joint Research] LISA, CNRS UMR 7583/CBM,CNRS UPR4301/IBMM, CNRS UMR5247(France)

    • Country Name
      France
    • Counterpart Institution
      LISA, CNRS UMR 7583/CBM,CNRS UPR4301/IBMM, CNRS UMR5247
  • [Int'l Joint Research] Leiden Institute of Chemistry/University Utrecht(オランダ)

    • Country Name
      NETHERLANDS
    • Counterpart Institution
      Leiden Institute of Chemistry/University Utrecht
  • [Int'l Joint Research]

    • # of Other Countries
      1
  • [Journal Article] Estimating the capacity for production of formamide by radioactive minerals on the prebiotic Earth2018

    • Author(s)
      Zachary R. Adam, Yayoi Hongo, H. James Cleaves II, Ruiqin Yi, Albert C. Fahrenbach, Isao Yoda, Masashi Aono
    • Journal Title

      Sci. Rep.

      Volume: 265 Pages: 1-8

    • DOI

      https://doi.org/10.1038/s41598-017-18483-8

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Size-Dependent Affinity of Glycine and Its Short Oligomers to Pyrite Surface: A Model for Prebiotic Accumulation of Amino Acid Oligomers on a Mineral Surface.2018

    • Author(s)
      Afrin, R., Ganbaatar, N., Aono, M., Cleaves HJ., Yano, T., and Hara, M.
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 19(2) Pages: E365

    • DOI

      10.3390/ijms19020365

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Prebiotic geochemical automata at the intersection of radiolytic chemistry, physical complexity and systems biology,2018

    • Author(s)
      Adam, ZR., Fahrenbach, AC., Kacar, B., Aono, M.
    • Journal Title

      Complexity

      Volume: ‐ Pages: ‐

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Synthesis of imidazole-activated ribonucleotides using cyanogen chloride,2018

    • Author(s)
      Yi, R., Hongo, Y., Fahrenbach, AC.
    • Journal Title

      Chemical Communication

      Volume: 54 Pages: 511~514

    • DOI

      101039/c7cc08489g

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] De Novo Synthesis of Basal Bacterial Cell Division Proteins FtsZ, FtsA, and ZipA Inside Giant Vesicle2018

    • Author(s)
      Furusato, T., Horie, F., Matsubayashi, HT., Amikura, K., Kuruma, Y., Ueda, T.
    • Journal Title

      ACS Synthetic Biology

      Volume: ‐ Pages: ‐

    • DOI

      10.1021/acssynbio.7b00350

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Cysteine and cystine adsorption on FeS2(100)2018

    • Author(s)
      Suzuki, T., Yano, T., Hara, M., Ebisuzaki, T.,
    • Journal Title

      Surface Science

      Volume: ‐ Pages: ‐

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Systematic analysis of the binding surfaces between tRNAs and their respective aminoacyl tRNA synthetase based on structural and evolutionary data2018

    • Author(s)
      Tamaki, S., Tomita, M., Suzuki, H. and Kanai, A.
    • Journal Title

      Frontiers in Genetics

      Volume: 8 Pages: 227

    • DOI

      10.3389/fgene.2017.00227

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Astrobiology and the Possibility of Life on Earth and Elsewhere2017

    • Author(s)
      Herve, C., Kotler, J., Bartik, K., Cleaves, HJ., Cockell, C., de Vera, J., Ehrenfreund, P., et al.
    • Journal Title

      Space Science Reviews

      Volume: 209 Pages: 1~42

    • DOI

      10.1007/s11214-015-0196-1

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Exploring astrobiology using in silico molecular structure generation.2017

    • Author(s)
      Markus, M., and Cleaves, HJ.
    • Journal Title

      Phil. Trans. R. Soc. A

      Volume: 375(2109) Pages: 20160344

    • DOI

      10.1098/rsta.2016.0344

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Subsumed complexity: abiogenesis as a by-product of complex energy transduction.2017

    • Author(s)
      Adam, Z. R., Zubarev, D., Aono, M., and Cleaves, HJ.
    • Journal Title

      Phil. Trans. R. Soc. A

      Volume: 375(2109) Pages: 20160348

    • DOI

      10.1098/rsta.2016.0348

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Computational exploration of the chemical structure space of possible reverse tricarboxylic acid cycle constituents.2017

    • Author(s)
      Markus, M., and Cleaves, HJ.
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 7 Pages: 17540(2017)

    • DOI

      10.1038/s41598-017-17345-7

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Common and potentially prebiotic origin for precursors of nucleotide synthesis and activation,2017

    • Author(s)
      Fahrenbach, AC., Giurgiu, C., Tam, CP., Li, L., Hongo, Y., Aono, M., Szostak, JW.
    • Journal Title

      Journal of American Chemical Society:

      Volume: 139(26) Pages: 8780~8783

    • DOI

      10.1021/jacs.7b01562

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Surface force analysis of glycine adsorption on different crystal surfaces of titanium dioxide (TiO2)2017

    • Author(s)
      Ganbaatar, N., Imai, K., Yano, T., Hara M.
    • Journal Title

      Nano Convergence

      Volume: 4 Pages: 38

    • DOI

      10.1186/s40580-017-0125-y

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] ケミカルスペースを旅するアメーバ計算モデル2017

    • Author(s)
      青野真士, 大古田香織
    • Journal Title

      現代化学

      Volume: 9 Pages: 30~36

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Structural Biochemistry2018

    • Author(s)
      Cleaves HJ.
    • Organizer
      EON-ELSI Winter School, Tokyo Institute of Technology, Tokyo Japan
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] “群体”の変化としてとらえる分子進化研究の重要性2018

    • Author(s)
      金井昭夫
    • Organizer
      ゲノム未来会議3.0 鶴岡
  • [Presentation] Footprints of Biomolecules on Mineral Surfaces: A Study Leading to Origin of Life2018

    • Author(s)
      Afrin, R., Cleaves, HJ., Yano, T., Hara, M.
    • Organizer
      6th ELSI International Symposium, Tokyo Institute of Technology, Tokyo, Japan
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Footprints of Biomolecules on Mineral Surfaces: A Study Leading to Origin of Life2018

    • Author(s)
      Afrin, R., Cleaves, HJ., Yano, T., Hara, M.
    • Organizer
      Origin of Life Gordon Research Conference. Galveston, TX, USA,
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Footprints of Biomolecules on Mineral Surfaces: A Study Leading to Origin of Life2018

    • Author(s)
      Afrin, R., Cleaves, HJ., Yano, T., Hara, M.
    • Organizer
      EON-ELSI Winter School, Tokyo Institute of Technology, Tokyo Japan
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Applications of Computational Chemistry to Prebiotic Chemistry2017

    • Author(s)
      Cleaves HJ.
    • Organizer
      The EON Workshop on Computational Chemistry: From Components to Systems and Back, Tokyo Institute of Technology, Tokyo Japan
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Organic Targets for Solar System Exploration2017

    • Author(s)
      Cleaves HJ.
    • Organizer
      International Workshop on Life Detection Technology: For Mars, Enceladus, and Beyond, Tokyo Institute of Technology, Tokyo Japan
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] The Signal and the Noise: Organic Biomarkers in Chemical Space2017

    • Author(s)
      Cleaves HJ.
    • Organizer
      Cosmic Perspective of Earth: A Planet Permeated and Shaped by Life - Implications for Astrobiology
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Computational Exploration of the Chemical Space of Nucleic Acid-Like Compounds2017

    • Author(s)
      Cleaves HJ.
    • Organizer
      18th ISSOL Meeting, La Jolla, CA
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Universal Mass Spectrometry-Based Life Detection2017

    • Author(s)
      Cleaves HJ.
    • Organizer
      Planetary Science Vision 2050 Workshop, NASA Headquarters, Washington, DC
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Construction of a Model Cell Membrane Applicable to the Protocell Study2017

    • Author(s)
      Kuruma, Y.
    • Organizer
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2017, Sendai, Japan
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Construction of an artificial cell for the study of early cells, International Conference The Origin of Life2017

    • Author(s)
      Kuruma, Y.
    • Organizer
      International Conference The Origin of Life Synergy among the RNA, Protein, and Lipid Worlds, University of Tokyo, Tokyo, Japan
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] アーキア及び真核生物における変則型tRNA遺伝子の発見とその進化2017

    • Author(s)
      金井昭夫
    • Organizer
      九州大学大学院 生物資源環境科学府 生命機能科学専攻 「生物機能分子化学セミナー」福岡
    • Invited
  • [Presentation] Large-scale molecular evolutionary analysis of the Clp1 polynucleotide kinase family that is involved in pre-tRNA splicing2017

    • Author(s)
      M. Saito, S. Nagata, M. Tomita, H. Suzuki and A. Kanai
    • Organizer
      RNA 2017: The 22nd Annual Meeting of the RNA Society, Prague, Czech Republic
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 機能性RNAの性状と進化の解析 --- 古典的ノンコーディングRNAから人工低分子RNAまで2017

    • Author(s)
      金井昭夫
    • Organizer
      近畿大学薬学研究科 大学院特別講義 (創薬選択セミナー) 大阪 口頭発表
    • Invited
  • [Presentation] ワークショップ「遺伝暗号Magic20の起源と進化」真核生物におけるtRNAの多様性と遺伝暗号との関連2017

    • Author(s)
      浜島聖文、金井昭夫
    • Organizer
      2017年度生命科学系学会合同年次大会 ConBio2017 神戸
    • Invited
  • [Presentation] 表面分光分析法を駆使した酸化チタン鉱物表面とアミノ酸との吸着相互作用解析2017

    • Author(s)
      栗本絵利久, 矢野隆章, 原正彦
    • Organizer
      第37回表面科学学術講演会 ,横浜
  • [Presentation] 二酸化チタンナノ粒子を用いた表面増強ラマン散乱分光法の開発と分子吸着相互作用分析への応用2017

    • Author(s)
      田中雄介, 矢野隆章, 原正彦
    • Organizer
      第37回表面科学学術講演会 ,横浜
  • [Presentation] In vitro RNA-peptide co-evolution system for screening ATP-binding RNP2017

    • Author(s)
      Fujishima, K., Greenberg, D., Kobayashi, A., Kuruma, Y., Mizuuchi, R., Rothschild, LJ. and Ditzler, MA.
    • Organizer
      18th International Conference on the Origin of Life, San Diego, CA, USA
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Can peptide- RNA coevolution provide unique opportunities for evolutionary innovation ?2017

    • Author(s)
      Fujishima, K., Greenberg, D., Kuruma, Y., Mizuuchi, R., Rothschild, LJ. and Ditzler, MA.
    • Organizer
      AbSciCon 2017 Mesa, AZ, USA
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 立体構造並びに配列データに基づいたtRNA-アミノアシルtRNA合成酵素結合表面の進化学的解析2017

    • Author(s)
      玉木聡志、冨田勝、鈴木治夫、金井昭夫
    • Organizer
      2017年度生命科学系学会合同年次大会 ConBio2017 神戸
  • [Presentation] tRNA前駆体スプライシングに関わるClp1タンパク質の大規模分子進化解析2017

    • Author(s)
      齋藤元文、永田祥平、冨田勝、玉木聡志、鈴木治夫、金井昭夫
    • Organizer
      2017年度生命科学系学会合同年次大会 ConBio2017 神戸
  • [Presentation] 黄鉄鉱の液中レーザーアブレーションによる鉄含有クラスターの生成2017

    • Author(s)
      本橋優香, 燒山佑美, 真船文隆, 岡島元, 坂本章, 清水俊彦, 南佑輝, 猿倉信彦, 櫻井英博
    • Organizer
      日本化学会第98春季年会, 船橋
  • [Presentation] Earth without Life: A Systems Model of a Global Abiotic Nitrogen Cycle2017

    • Author(s)
      Cleaves HJ.
    • Organizer
      18th ISSOL Meeting, La Jolla, CA
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 黄鉄鉱の液中レーザーアブレーションによる鉄含有ナノ粒子の生成2017

    • Author(s)
      本橋優香, 燒山佑美, 真船文隆, 岡島元, 坂本章 , 櫻井英博
    • Organizer
      第7回CSJ化学フェスタ, 船堀
  • [Presentation] Amino Acids Adsorption to Mineral Surfaces: Basis for Prebiotic Molecule Accumulation Studied at Nanoscale2017

    • Author(s)
      Afrin, R., Ganbaatar N., Aono M., Yano T., Hara M.,Afrin, R., Ganbaatar N., Aono M., Yano T., Hara M.
    • Organizer
      the 18th International Conference on the Origin of Life (ISSOL) Meeting, San Diego, CA, USA
    • Int'l Joint Research
  • [Book] アーキア生物学2017

    • Author(s)
      金井昭夫
    • Total Pages
      212
    • Publisher
      共立出版
    • ISBN
      978-4-320-05785-2
  • [Remarks] 冥王代生命学の創成

    • URL

      http://www.hadean.jp/report/2ndsymp.html

URL: 

Published: 2018-12-17   Modified: 2022-05-18  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi