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2018 Fiscal Year Annual Research Report

Hadean Eon Microbiome

Planned Research

Project AreaHadean Bioscience
Project/Area Number 26106004
Research InstitutionNational Institute of Advanced Industrial Science and Technology

Principal Investigator

鎌形 洋一  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 研究部門付 (70356814)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 玉木 秀幸  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 研究グループ付 (00421842)
西原 秀典  東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (10450727)
鈴木 志野  国立研究開発法人海洋研究開発機構, 高知コア研究所, 特任主任研究員 (10557002)
柿澤 茂行  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 主任研究員 (10588669)
黒川 顕  国立遺伝学研究所, 情報研究系, 教授 (20343246)
大島 拓  富山県立大学, 工学部, 准教授 (50346318)
Project Period (FY) 2014-07-10 – 2019-03-31
Keywords蛇紋岩熱水系 / 未知未培養微生物 / OD1 / メタゲノム / エネルギー代謝 / Wood-Ljungdahl 経路 / 人工生命系 / ATPase
Outline of Annual Research Achievements

本計画研究班では、冥王代類似環境やその周辺熱水環境に棲息する微生物の培養化、ゲノム解読、生理生態機能の解明、さらには人工膜ベシクルを用いた人工細胞の構築を進めてきた。白馬ならびに米国 The Cedarsの蛇紋岩熱水系は極度にアルカリであり、酸化還元電位も低く、しかも溶存二酸化炭素、有機物の存在などがほとんど認められない。こうした試料から大規模濃縮装置を作成し、上述の蛇紋岩熱水系微生物の大規模メタゲノム解析から多様な知見を得た。未知門として知られているOD1やWS2、既知門であるが培養が困難なNitrospiraなど極めて特異な微生物からなる集団を構成していることを明らかにした。特にエネルギー代謝に関しては、原始エネルギー代謝の中枢を担っていたと考えられているWood-Ljungdahl 経路ならびにその様々な変型代謝系が見出された。この経路の鍵酵素であるACS/CODH(アセチルCoA合成酵素/一酸化炭素脱水素酵素)のサブユニットがarchaeaタイプならびにbacteriaタイプが組み合わされた独特のキメラ酵素であることが判明した。またOD1を初めとする主要未知微生物のゲノム全体では解糖系の前半部分を欠くこと、多くのアミノ酸合成遺伝子が欠失しているなど、各細菌種がそれぞれ単独では生存が困難と思えるゲノム構造を有していることを明らかにした。こうした知見は地下空間における異種微生物間の相互依存を想起させるものである。人工細胞実験においては光駆動型ATPaseの合成が可能な人工膜系を初めて構築することに成功した。

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (14 results)

All 2019 2018

All Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 2 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 7 results)

  • [Journal Article] Reconsidering plasmid maintenance factors for computational plasmid design2019

    • Author(s)
      Yano Hirokazu、Shintani Masaki、Tomita Masaru、Suzuki Haruo、Oshima Taku
    • Journal Title

      Computational and Structural Biotechnology Journal

      Volume: 17 Pages: 70~81

    • DOI

      10.1016/j.csbj.2018.12.001

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Small RNA Esr41 inversely regulates expression of LEE and flagellar genes in enterohaemorrhagic Escherichia coli2018

    • Author(s)
      Sudo Naoki、Soma Akiko、Iyoda Sunao、Oshima Taku、Ohto Yui、Saito Kenta、Sekine Yasuhiko
    • Journal Title

      Microbiology

      Volume: 164 Pages: 821~834

    • DOI

      10.1099/mic.0.000652

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Essential cellular modules for the proliferation of the primitive cell2018

    • Author(s)
      Higashi Koichi、Kawai Yoshikazu、Baba Tomoya、Kurokawa Ken、Oshima Taku
    • Journal Title

      Geoscience Frontiers

      Volume: 9 Pages: 1155~1161

    • DOI

      10.1016/j.gsf.2016.11.013

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] GeF-seq: A Simple Procedure for Base Pair Resolution ChIP-seq2018

    • Author(s)
      Chumsakul Onuma、Nakamura Kensuke、Ishikawa Shu、Oshima Taku
    • Journal Title

      Methods Mol Biol

      Volume: 1837 Pages: 33~47

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-8675-0_3

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Enlargement of Deinococcus grandis spheroplasts requires Mg2+ or Ca2+2018

    • Author(s)
      Nishino Koki、Morita Yusuke、Takahashi Sawako、Okumura Mai、Shiratani Shusaku、Umemura Kosuke、Narumi Issay、Kondo Chie、Ochiai Ryosuke、Oshima Taku、Nishida Hiromi
    • Journal Title

      Microbiology

      Volume: 164 Pages: 1361~1371

    • DOI

      10.1099/mic.0.000716

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Genomic and in-situ Transcriptomic Characterization of the Candidate Phylum NPL-UPL2 From Highly Alkaline Highly Reducing Serpentinized Groundwater2018

    • Author(s)
      Suzuki Shino、Nealson Kenneth H.、Ishii Shun’ichi
    • Journal Title

      Frontiers in Microbiology

      Volume: 9 Pages: 646-649

    • DOI

      10.3389/fmicb.2018.03141

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Tuning Gene Activity by Inducible and Targeted Regulation of Gene Expression in Minimal Bacterial Cells2018

    • Author(s)
      Mariscal Ana M.、Kakizawa Shigeyuki et al
    • Journal Title

      ACS Synthetic Biology

      Volume: 7 Pages: 1538~1552

    • DOI

      10.1021/acssynbio.8b00028

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] L型大腸菌の増殖機構の解明2019

    • Author(s)
      大島拓
    • Organizer
      第92回日本細菌学会総会
    • Invited
  • [Presentation] 冥王代類似環境微生物:環境ゲノム情報と培養技術で紐解くその存在と未知機能2018

    • Author(s)
      玉木秀幸
    • Organizer
      日本進化学会第20回大会
    • Invited
  • [Presentation] 未知の微生物を”培養”して深淵な生物機能を探る2018

    • Author(s)
      玉木秀幸
    • Organizer
      日本微生物生態学会第32回大会
    • Invited
  • [Presentation] 岩に生かされる生命たち:地球深部強アルカリ環境をすみかとする微生物の生き様に迫る2018

    • Author(s)
      鈴木志野
    • Organizer
      第61回海中海底工学フォーラム
    • Invited
  • [Presentation] Unusual metabolic strategies identified in a hyperalkaliphilic microbial community associated with the serpentinization2018

    • Author(s)
      鈴木志野
    • Organizer
      JpGU2018
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Microbial adaptive evolution to the oxic/anoxic interfaces in serpentinizing systems2018

    • Author(s)
      鈴木志野
    • Organizer
      JpGU2018
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] ミニマムゲノム細菌の遺伝子機能解明に向けたCRIPSRi による遺伝子ノックダウン系の開発2018

    • Author(s)
      柿澤茂行、田中 一己、Yo Suzuki
    • Organizer
      日本進化学会第20回大会
    • Invited

URL: 

Published: 2019-12-27  

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