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2015 Fiscal Year Annual Research Report

ncRNAのケミカルタクソノミ

Planned Research

Project AreaNeo-taxonomy of noncoding RNAs
Project/Area Number 26113003
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

鈴木 勉  東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (20292782)

Project Period (FY) 2014-07-10 – 2019-03-31
KeywordsRNA修飾
Outline of Annual Research Achievements

RNAは転写後に様々な修飾を受けて本来の機能を発揮する。リボソーム生合成過程においては、RNAヘリケース、GTPase、rRNA修飾酵素などのアッセンブリー因子が重要な役割を担っていることが知られている。しかし、個々のアッセンブリー因子がどのような分子機構でリボソームの生合成に関与するかについては、不明な点が多く残されている。RlmEはS-アデノシルメチオニン(AdoMet)をメチル基供与体として、23S rRNAのHelix 92 (H92)に存在する2552位のウリジンを2’-Oメチル化 (Um2552)する修飾酵素である。RlmE及びUm2552は大腸菌からヒトに至るまで生物種間で広く保存されており、この部位の修飾が機能的、生理学的に重要な役割を担っていることを示唆している。私たちは、50Sサブユニットの後期アッセンブリー過程において、RlmEによるUm2552のたった一か所のメチル化が45S前駆体から50Sサブユニットへの成熟を促進する役割があることを示した。特に、Um2552のメチル化は、ドメインIVとVの会合を促し、L36や他のリボソームタンパク質の導入や、5S rRNAの複合体の組み込みを促進することで、45S前駆体から50Sへの生合成が進行することを示した。この成果は、rRNA修飾の作用メカニズムを示したことのみならず、アッセンブリー因子の酵素活性によるリボソーム生合成の一部を再現したという意味においても特筆すべき成果である。
また、バクテリアtRNAのアンチコドンに存在する5-メトキシカルボニルメトキシウリジン(mcmo5U)の末端メチル化酵素CmoMを同定し、生育相依存的なメチル化修飾の変動を見出した。またこの過程で、新規の修飾塩基である5-メトキシカルボニルメトキシ-2'-O-メチルウリジン(mcmo5Um)を発見した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

大腸菌リボソームの生合成過程において、50Sサブユニットの後期アッセンブリーにRlmEによる2'Oメチル化修飾が重要な役割を担っていることを示した成果は、PNAS誌に掲載され、この分野の関係者の間で大きな反響があった。新規tRNA修飾酵素CmoMの成果はNAR誌に掲載され、上位1~2%の論文に与えられるBreakthrough Articleに選定された。

Strategy for Future Research Activity

化学特性に基づくRNAの作動エレメントを見出すために、個々のRNA分子に含まれる修飾部位を同定する。これまでに見つかっている新規RNA修飾の構造解析を進めるとともに、RNA修飾酵素の同定や生合成機構の解析を続ける。また、修飾酵素のノックアウト細胞やマウスの表現型の解析を進めることにより、RNA修飾が担う生理学的な性質についても探求する。また、mRNAに含まれる修飾部位を網羅的に同定するための技術開発を進め、より確度の高い同定手法を確立する。

  • Research Products

    (24 results)

All 2016 2015 Other

All Journal Article (13 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 13 results,  Acknowledgement Compliant: 13 results,  Open Access: 4 results) Presentation (10 results) (of which Invited: 9 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] A comprehensive genomic analysis reveals the genetic landscape of mitochondrial respiratory chain complex deficiencies2016

    • Author(s)
      Kohda et al.
    • Journal Title

      PLOS Genetics

      Volume: 12 Pages: e1005679

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1005679

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Biogenesis and growth phase-dependent alteration of 5-methoxycarbonylmethoxyuridine in tRNA anticodons2016

    • Author(s)
      Sakai, Y., Miyauchi, K., Kimura, S. and Suzuki, T.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 44 Pages: 509-523

    • DOI

      10.1093/nar/gkv1470

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Identification and Functional Analysis of the Pre-piRNA 3' Trimmer in Silkworms2016

    • Author(s)
      Izumi, N., Shoji, K., Sakaguchi, Y., Honda, S., Kirino, Y., Suzuki, T., Katsuma, S. and Tomari, Y.
    • Journal Title

      Cell

      Volume: 164 Pages: 962-973

    • DOI

      doi: 10.1016/j.cell.2016

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Iron-sulfur proteins responsible for RNA modifications2015

    • Author(s)
      Kimura, S. and Suzuki, T.
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Molecular Cell Research

      Volume: 1853 Pages: 1272-1283

    • DOI

      10.1016/j.bbamcr.2014.12.010

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Defining fundamental steps in the assembly of Drosophila RNAi enzyme complex2015

    • Author(s)
      Iwasaki, S., Sasaki, H. M., Sakaguchi, Y., Suzuki, T., Tadakuma, H. and Tomari, Y.
    • Journal Title

      Nature

      Volume: 521 Pages: 533-536

    • DOI

      10.1038/nature14254

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Transcriptome-wide identification of adenosine-to-inosine editing using the ICE-seq method2015

    • Author(s)
      Suzuki, T., Ueda, H., Okada, S. and Sakurai, M.
    • Journal Title

      Nature Protocol

      Volume: 10 Pages: 715-732

    • DOI

      10.1038/nprot.2015.037

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Biochemical and transcriptome-wide identification of A-to-I RNA editing sites by ICE-seq2015

    • Author(s)
      Okada, S., Sakurai, M., Ueda, H. and Suzuki, T.
    • Journal Title

      Methods in Enzymol

      Volume: 560 Pages: 331-353

    • DOI

      10.1016/bs.mie.2015.03.014

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Nucleoside analysis by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled with mass spectrometry2015

    • Author(s)
      Sakaguchi, Y., Miyauchi, K., Kang, B. and Suzuki, T.
    • Journal Title

      Methods in Enzymol

      Volume: 560 Pages: 19-28

    • DOI

      10.1016/bs.mie.2015.03.015

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Ribosomal RNA methyltransferases contribute to Staphylococcus aureus virulence2015

    • Author(s)
      Kyuma, T., Kimura, S., Hanada, Y., Suzuki, T., Sekimizu, K. and Kaito, C.
    • Journal Title

      FEBS Journal

      Volume: 282 Pages: 2570-2584

    • DOI

      10.1111/febs.13302

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] RlmCD-mediated U747 methylation promotes efficient G748 methylation by methyltransferase RlmAII in 23S rRNA in Streptococcus pneumoniae; interplay between two rRNA methylations responsible for telithromycin susceptibility2015

    • Author(s)
      Shoji, T., Takaya, A., Sato, Y., Kimura, S., Suzuki, T. and Yamamoto, T.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 43 Pages: 8964-8972

    • DOI

      10.1093/nar/gkv609

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Destabilization of microRNA-122 in human cells by 3’ deadenylation mediated by PARN and CUGBP12015

    • Author(s)
      Katoh, T., Hojo, H. and Suzuki, T.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 43 Pages: 7521-7534

    • DOI

      10.1093/nar/gkv669

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Single methylation of 23S rRNA triggers late steps of 50S ribosomal subunit assembly2015

    • Author(s)
      Arai, T., Ishiguro, K., Kimura, S., Sakaguchi, Y., Suzuki, T. and Suzuki, T.
    • Journal Title

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA.

      Volume: 112 Pages: E4707-E4716

    • DOI

      10.1073/pnas.1506749112

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Regulation of gene expression via retrotransposon insertions and the noncoding RNA 4.5S RNAH2015

    • Author(s)
      Ishida, K., Miyauchi, K., Kimura, Y., Mito, M., Okada, S., Suzuki, T. and Nakagawa, S.
    • Journal Title

      Genes Cells

      Volume: 20 Pages: 887-901

    • DOI

      10.1111/gtc.12280

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] Pre-tRNA capping in yeast and mammals2016

    • Author(s)
      Tsutomu Suzuki
    • Organizer
      IBS-CNRS Joint RNA Symposium
    • Place of Presentation
      Seoul, Korea
    • Year and Date
      2016-03-21
    • Invited
  • [Presentation] RNA修飾の多彩な機能と疾患2016

    • Author(s)
      鈴木 勉
    • Organizer
      国際高等研究所プロジェクト「生命活動を生体高分子への修飾から俯瞰する」平成27年度研究会
    • Place of Presentation
      国際高等研究所、京都府木津川市
    • Year and Date
      2016-02-09
    • Invited
  • [Presentation] RNAから病気の原因を探る2016

    • Author(s)
      鈴木 勉
    • Organizer
      東京大学化学生命工学専攻公開講座「化学生命工学―未来への挑戦-」
    • Place of Presentation
      東京大学本郷キャンパス、東京都文京区
    • Year and Date
      2016-01-23
    • Invited
  • [Presentation] Post-transcriptional modifications in human mitochondrial tRNAs associated with pathological consequences2015

    • Author(s)
      Tsutomu Suzuki
    • Organizer
      MitoClub
    • Place of Presentation
      Cologne, Germany
    • Year and Date
      2015-11-18
    • Invited
  • [Presentation] Molecular pathogenesis of mitochondrial disease caused by tRNA modification deficiency2015

    • Author(s)
      Tsutomu Suzuki
    • Organizer
      12th Conference of the Asian Society of Mitochondrial Research and Medicine (ASMRM)
    • Place of Presentation
      Zhejiang, China
    • Year and Date
      2015-11-14
    • Invited
  • [Presentation] Molecular pathogenesis of mitochondrial disease caused by tRNA modification deficiency2015

    • Author(s)
      Tsutomu Suzuki
    • Organizer
      MitoCross Symposium 2015: mitochondria at the crossroad
    • Place of Presentation
      Strasbourg, France
    • Year and Date
      2015-09-21
    • Invited
  • [Presentation] RlmE-mediated methylation of 23S rRNA triggers late steps of 50S ribosomal subunit assembly2015

    • Author(s)
      Tsutomu Suzuki
    • Organizer
      EMBO Conference on Ribosome Synthesis
    • Place of Presentation
      Brussels, Belgium
    • Year and Date
      2015-08-19
  • [Presentation] RNA修飾の多彩な機能と疾患2015

    • Author(s)
      鈴木 勉
    • Organizer
      名古屋市立大学薬学会特別講演会
    • Place of Presentation
      名古屋市立大、愛知県名古屋市
    • Year and Date
      2015-06-04
    • Invited
  • [Presentation] 質量分析装置(MS)を使いこなす-核酸の修飾を見る-2015

    • Author(s)
      鈴木 勉
    • Organizer
      高知大学ESPO 教育プログラム
    • Place of Presentation
      高知大学、高知県高知市
    • Year and Date
      2015-06-03
    • Invited
  • [Presentation] RNA修飾の生合成と機能―硫黄代謝との関連を中心に―2015

    • Author(s)
      鈴木 勉
    • Organizer
      文部科学省 新学術領域研究(研究領域提案型)「酸素生物学」「第2回新学術領域技術支援セミナー」
    • Place of Presentation
      東北大学医学部、宮城県仙台市
    • Year and Date
      2015-04-30
    • Invited
  • [Remarks] http://rna.chem.t.u-tokyo.ac.jp/

URL: 

Published: 2017-01-06  

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