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2014 Fiscal Year Annual Research Report

生細胞内の生命反応をリアルタイムで捉えるin-cell NMR法の開発と応用

Planned Research

Project AreaNovel measurement techniques for visualizing 'live' protein molecules at work
Project/Area Number 26119005
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

西田 紀貴  東京大学, 薬学研究科(研究院), 助教 (50456183)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 甲斐荘 正恒  首都大学東京, 理工学研究科, 教授 (20137029)
Project Period (FY) 2014-07-10 – 2019-03-31
Keywordsin-cell NMR / バイオリアクター / 酸化ストレス
Outline of Annual Research Achievements

細胞内酸化還元タンパク質であるチオレドキシン(Trx)のin-cell NMRシグナルに基づいて、酸化ストレスに対する細胞内応答の検出を試みた。今年度はまずTrxの酸化還元状態を検出するためのプローブの探索を行った。まずLeu, Val, Ileの側鎖メチル基について検討したところ、活性中心の酸化還元に伴う化学シフト変化が小さく他のプローブを探索する必要があることが分かった。そこで、Alaの側鎖メチル基を調べたところ、活性中心近傍に存在するA29は酸化還元状態に応じて顕著な化学シフト変化を示したことからプローブとして適していると判断した。そこで、細胞内観測のためAla側鎖メチル基以外を重水素標識したTrxをHeLa S3細胞内に導入し、in-cell NMR測定を行った結果、30分程度の測定で細胞内のTrxのシグナルを感度よく検出できることが分かった。また、用いたHeLaS3細胞内ではTrxはほぼ還元状態に保持されていることも確認することができた。また、in-cell NMR測定の感度向上の試みとして、安定同位体標識タンパク質が細胞内での代謝によって分解しシグナル強度が減少するという問題の解決に取り組んだ。灌流する培地に様々なプロテアーゼ阻害剤を添加した条件でin-cell NMR測定を行った結果、プロテアソーム阻害剤MG132を添加した条件で顕著にシグナル強度の減少が抑制できることが明らかとなった。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初計画とはやや異なるがアラニン側鎖メチル基をプローブとして、細胞内Trxの酸化還元状態を感度よく観測する系を確立することができたため。

Strategy for Future Research Activity

予定通りに進んでおり研究計画に特段の変更はない。来年度以降、細胞に酸化ストレスを加えた条件下でのin-cell NMR解析に着手する。

  • Research Products

    (11 results)

All 2015 2014 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Acknowledgement Compliant: 5 results) Presentation (4 results) (of which Invited: 4 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] トロント大学(カナダ)

    • Country Name
      CANADA
    • Counterpart Institution
      トロント大学
  • [Journal Article] Functional dynamics of cell surface membrane proteins2014

    • Author(s)
      Nishida N, Osawa M, Takeuchi K, Imai S, Stampoulis P, Kofuku Y, Ueda T, Shimada I
    • Journal Title

      J Magn Res

      Volume: 241 Pages: 86-96

    • DOI

      10.1016/j.jmr.2013.11.007

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Cross-saturation and transferred cross-saturation experiments2014

    • Author(s)
      Ueda T, Takeuchi K, Nishida N, Stampoulis P, Kofuku Y, Osawa M, Shimada I.
    • Journal Title

      Q Rev Biophys

      Volume: 47 Pages: 143-187

    • DOI

      10.1017/S0033583514000043

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Backbone and side-chain 1H, 15N and 13C resonance assignments of the microtubule-binding domain of yeast cytoplasmic dynein in the high and low-affinity states2014

    • Author(s)
      Takarada O, Nishida N, Kikkawa M, Shimada I
    • Journal Title

      Biomol NMR assign

      Volume: 8 Pages: 379-382

    • DOI

      10.1007/s12104-013-9522-2

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Use of H/D isotope effects to gather information about hydrogen bonding and hydrogen exchange rates2014

    • Author(s)
      Takeda M, Miyanoiri Y, Terauchi T, Yang CJ, Kainosho M
    • Journal Title

      J Magn Reson. 2014

      Volume: 241 Pages: 148-154

    • DOI

      10.1016/j.jmr.2013.10.001

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Automated resonance assignment of the 21kDa stereo-array isotope labeled thioldisulfide oxidoreductase DsbA.2014

    • Author(s)
      Schmidt E, Ikeya T, Takeda M, Lohr F, Buchner L, Ito Y, Kainosho M, Guntert P
    • Journal Title

      J Magn Reson

      Volume: 249 Pages: 88-93

    • DOI

      10.1016/j.jmr.2014.10.005

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] 生細胞内の生命現象を観測するバイオリアクター型in-cell NMR法の開発と応用2015

    • Author(s)
      西田紀貴、嶋田一夫
    • Organizer
      よこはまNMR研究会 第52回 ワークショップ
    • Place of Presentation
      理研鶴見キャンパス(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2015-03-17 – 2015-03-18
    • Invited
  • [Presentation] A bioreactor for NMR observation of biological events inside living cells2014

    • Author(s)
      西田紀貴、嶋田一夫
    • Organizer
      第53回NMR討論会
    • Place of Presentation
      大阪大学コンベンションセンター(大阪府吹田市)
    • Year and Date
      2014-11-04 – 2014-11-06
    • Invited
  • [Presentation] 生細胞内の生命反応をリアルタイムに捉えるin-cell NMR法の開発と応用2014

    • Author(s)
      西田紀貴、嶋田一夫
    • Organizer
      新学術領域「動的構造生命」 第1回領域キックオフシンポジウム
    • Place of Presentation
      九州大学医学部馬出病院キャンパス(福岡県福岡市)
    • Year and Date
      2014-10-03 – 2014-10-03
    • Invited
  • [Presentation] A bioreactor system for observing biological eventsinside mammalian cells2014

    • Author(s)
      西田紀貴、嶋田一夫
    • Organizer
      In-cell NMRシンポジウム
    • Place of Presentation
      首都大学東京八王子キャンパス(東京都八王子市)
    • Year and Date
      2014-09-30 – 2014-09-30
    • Invited
  • [Remarks] 東京大学薬学部生命物理化学教室

    • URL

      http://ishimada.f.u-tokyo.ac.jp/public_html/index_j.html

URL: 

Published: 2017-01-06  

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