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2018 Fiscal Year Annual Research Report

Dynamics of protein secretion

Planned Research

Project AreaNovel measurement techniques for visualizing 'live' protein molecules at work
Project/Area Number 26119007
Research InstitutionNara Institute of Science and Technology

Principal Investigator

塚崎 智也  奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 教授 (80436716)

Project Period (FY) 2014-07-10 – 2019-03-31
Keywordsトランスロコン
Outline of Annual Research Achievements

タンパク質分泌反応は,全ての生物に保存されている仕組みである。大腸菌などのバクテリアでは,タンパク質駆動モータータンパク質SecA ATPaseと,タンパク質を透過させるチャネルを形成する膜タンパク質SecYEGが相互作用して複合体を形成し,基質であるタンパク質を細胞質外へと排出する。本研究では,このタンパク質の分泌反応を可視化すべく,1ユニットの動的構造解析を目指した。はじめに,SecYEGとSecAを含むナノディスクを形成させた。高速原子間力顕微鏡(高速AFM)を用いて観察を行ったところ,SecYEGを含むナノディスクとSecAが安定した1ユニットとして存在していることが示された。高速AFMによる観測条件を最適化することで,このSecYEG-SecA含有ナノディスクを意図的に横向き,または縦向きに固定して観察できる系を組むことに成功した。現在,基質タンパク質を加えることでナノディスク上でタンパク質分泌反応をin vitroで再現し,1ユニットによるタンパク質分泌反応をリアルタイムで可視化すべく研究を進めている。また,この系は他の膜タンパク質への応用も考えらえれた。そこで,マグネシウムトランスポーターMgtEをナノディスクに再構成して,その動体を検証した。MgtEは,マグネシウムイオン存在下では細胞質ドメインの可動性が低く,マグネシウムイオン非存在下では可動性が高くなることが示唆されている。高速AFMによる観測によって,リアルタイムでマグネシウムイオン非存在下でMgtEの可溶性ドメインが揺らいでいることを示すことができた。一方,マグネシウム存在下では非常に強固なフォールディングをしていた。このように膜タンパク質ナノディスクの有効性が認められ,重要な膜タンパク質の動体を同様の手法で明らかにすることが期待される。

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (13 results)

All 2019 2018 Other

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 7 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Structural Basis of the Sec Translocon and YidC Revealed Through X-ray Crystallography2019

    • Author(s)
      Tsukazaki Tomoya
    • Journal Title

      The Protein Journal

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1007/s10930-019-09830-x

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural Basis for the Function of the β-Barrel Assembly-Enhancing Protease BepA2019

    • Author(s)
      Shahrizal Mohammad、Daimon Yasushi、Tanaka Yoshiki、Hayashi Yugo、Nakayama Shintaro、Iwaki Shigehiro、Narita Shin-ichiro、Kamikubo Hironari、Akiyama Yoshinori、Tsukazaki Tomoya
    • Journal Title

      Journal of Molecular Biology

      Volume: 431 Pages: 625~635

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2018.11.024

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Single-Unit Imaging of Membrane Protein-Embedded Nanodiscs from Two Oriented Sides by High-Speed Atomic Force Microscopy2019

    • Author(s)
      Haruyama Takamitsu、Sugano Yasunori、Kodera Noriyuki、Uchihashi Takayuki、Ando Toshio、Tanaka Yoshiki、Konno Hiroki、Tsukazaki Tomoya
    • Journal Title

      Structure

      Volume: 27 Pages: 152~160

    • DOI

      10.1016/j.str.2018.09.005

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 2.8-A crystal structure of Escherichia coli YidC revealing all core regions, including flexible C2 loop2018

    • Author(s)
      Tanaka Yoshiki、Izumioka Akiya、Abdul Hamid Aisyah、Fujii Akira、Haruyama Takamitsu、Furukawa Arata、Tsukazaki Tomoya
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 505 Pages: 141~145

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2018.09.043

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structure-based working model of SecDF, a proton-driven bacterial protein translocation factor2018

    • Author(s)
      Tsukazaki Tomoya
    • Journal Title

      FEMS Microbiology Letters

      Volume: 365 Pages: fny112

    • DOI

      10.1093/femsle/fny112

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Remote Coupled Drastic β-Barrel to β-Sheet Transition of the Protein Translocation Motor2018

    • Author(s)
      Furukawa Arata、Nakayama Shintaro、Yoshikaie Kunihito、Tanaka Yoshiki、Tsukazaki Tomoya
    • Journal Title

      Structure

      Volume: 26 Pages: 485~489

    • DOI

      10.1016/j.str.2018.01.002

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] タンパク質膜透過装置の構造生物学2018

    • Author(s)
      塚崎智也
    • Journal Title

      生物物理

      Volume: 58 Pages: 78~82

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Single-Unit Imaging of Membrane Protein-Embedded Nanodiscs by High-Speed Atomic Force Microscopy2019

    • Author(s)
      塚崎智也
    • Organizer
      EMBO Workshop: CURRENT ADVANCES IN PROTEIN TRANSLOCATION ACROSS MEMBRANES
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Working model of SecDF inferred from structural studie2018

    • Author(s)
      塚崎智也
    • Organizer
      Joint Symposium ~ The 10th symposium on International Collaborative Laboratories ~ BioTechnology Institute, U. Minnesota & Grad School BioScience, NAIST
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Drastic conformational changes of SecDF2018

    • Author(s)
      塚崎智也
    • Organizer
      BACTERIAL PROTEIN EXPORT 2018
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] High-speed AFM imaging of membrane protein embedded in Nanodisc2018

    • Author(s)
      塚崎智也
    • Organizer
      第56回日本生物物理学会年会
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 結晶構造解析から明らかとなってきたタンパク質膜透過モーター SecDF の劇的な構造変化2018

    • Author(s)
      塚崎智也
    • Organizer
      第18回日本蛋白質科学会年会
  • [Remarks] 構造生命科学研究室に在籍されていた古川新さんが、井上研究奨励賞を受賞

    • URL

      https://bsw3.naist.jp/research/index.php?id=1777

URL: 

Published: 2019-12-27  

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