1989 Fiscal Year Annual Research Report
蛋白質のβーturnによる核酸高次構造の認識機構の解明
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01571177
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
藤井 敏 大阪大学, 薬学部, 助教授 (10107104)
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| Keywords | DNA / X線構造解析 / 分子動力学計算 / ブレマイシン / クロモマイシン / βーturn構造 |
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| Research Abstract |
新しいモチ-フによる蛋白質の核酸分子認識様式を見いだすために、核酸分子とオリゴペプタイド、薬物との複合体との相互様式を原子レベルで明らかにする研究を行っている。この代表例はネトロプシン、ジスタマイシンで、これらのAT塩基対のクラスタ-を認識する機構が明らかにされており、報告者もその研究を行ってきた。今年度から取り上げたものにこの研究手法を適用する。1つはブレオマイシンで、上杉ら(阪大薬)のNMR測定研究より、GGGGAGCTCCCの塩基配列を持つDNA2重らせん分子と強い複合体形式することが分かり、このDNAの複合体の結晶化を行っている。またこの塩基配列をもつDNAは通常のB型構造とは違っているので、NMR測定のNOE情報を取り入れた分子動力計算による構造検討を行い、マイナ-グル-プ(小溝)での特徴ある構造が明かになった。このモデルを使って、ブレオマイシンとの相互作用様式をコンピュ-タグラフィクスによって検討する予定である。2つ目はDNAポリメラ-ゼ阻害剤であるクロモマイシンで、これは京極ら(阪大蛋白研)によって、塩基配列GGGGCCCCと強い会合をすることが示されており、このDNAとの複合体の結晶化を行っている。この塩基配列を持つDNA分子も小溝が通常のB型構造とは違っているので、NMR測定のNOE情報を取り入れた分子動力学計算を行い、その構造モデルを作成し、さらにクロモマイシンとの複合体モデルをコンピュ-タグラフィックスによって作成した。このモデルはNMR情報をほぼ満足している。3つ目はβタ-ン構造をとるオリゴペプタイドで、現在いくつかのペプタイドの合成を行っており、今後溶液実験によって、これらと強い会合をするDNA塩基配列を検討する計画である。
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