1990 Fiscal Year Annual Research Report
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02404089
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
郷 通子 名古屋大学, 理学部, 教授 (70037290)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
野口 俊之 名古屋大学, 理学部, 助教授 (90172775)
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| Keywords | モジュ-ル / タンパク質設計 / モジュ-ルのデ-タベ-ス / タンパク質高次構造 / 分子進化 / コンピュ-タ・グラフィックス |
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| Research Abstract |
この課題の主な研究目的はタンパク質のモジュ-ル自体の構造およびそれらの集合形態の構造と機能を解析を行って、タンパク質の構造、機能、進化においてモジュ-ルのもつ意義を明らかにし、生命体が進化の過程で獲得した、タンパク質の高次構造の設計原理を解明しようとするものである。本年度の研究実施計画のほぼ8割方が達成された。
(1)モジュ-ル構造のデ-タ-ベ-ス作成:X線結晶解析により、立体構造が決定され、原子座標がプロテインデ-タ-バンクに登録されているタンパク質について、相同な配列を除いた約100種のタンパク質についてモジュ-ル同定を行った。(郷)モジュ-ルの同定には、代表者らが開発した、コンピュ-タによる自動同定法を使用した。これらのモジュ-ル情報は、本年度購入したス-パ-・ミニコンピュ-タのタイタン上にデ-タ-ベ-スとして構築した。(野口)(2)モジュ-ルのカタログ化:(1)で得たモジュ-ルを立体構造の類似度から分類した。そのためのコンピュ-タ・プログラムを開発し、これにより分類の指標を得た後、3次元グラフィックス用のソフト「モルグラフ」により、モジュ-ルの立体構造を表示、回転させることによりモジュ-ルのグル-プ化が可能になった。(野口)
(3)モジュ-ルの機能的、構造的な役割分担:立体構造がよく似たモジュ-ルグル-プで、特にβーαの2次構造をもつものが目立った。このことから機能部位をのせているモジュ-ルのすぐ隣のモジュ-ルで、構造を安定化するモジュ-ルにこの傾向があることが示された。(郷)
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Research Products
(8 results)
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[Publications] Yasumitsu Takagi: "Evolutionary Origin of Thyroglobulin by Duplication of Esterase Gene" FEBS LETTERS.
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[Publications] Mitiko Go: "Domain and Module Structure in α/β ーBarrel of Tryptophan Synthase α Subunit" Proteins.
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[Publications] Mitiko Go: "Protein Modules:Structural Characterization of Modules of Barnase in solution"
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[Publications] Tosiyuki Noguti: "Hydrogenーbond network within and between modules in Barnase"
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[Publications] Teikichi Ikura: "Threeーdimensional structures of modules,M2 and M3,of barnase in solution by NMR experiment and distance geometry calculation"
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[Publications] Shirou Tomoda: "Prediction of Protein Modules from Amino Acid Sequences"
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[Publications] Mitiko Go(ed.S.Osawa): "In Evolution of Life“Module Organization in Proteins and Exon Shuffling"" (SpringerーVerlag),
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[Publications] Tosiyuki Noguti: "In Protein Engineering“Structural Basis of Hierarchical Multiple Substates of a Protein"" eds.M.Ikehara,T.Oshima and K.Titani(Japan Scientific Societies Press), 355 (1990)
