ゲノム情報解析のためのUNIXシェルの開発

1991 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 03266205
• Research Institution: Nagaoka University of Technology
• Principal Investigator: 陶山 明 長岡技術科学大学, 工学部, 助教授 (90163063)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 金原 和秀 長岡技術科学大学, 工学部, 助手 (30225122)
• Keywords: ゲノム情報 / UNIX / 情報解析

Research Abstract

本研究では、UNIXで実証されたソフトウェア技術、思想を基に、非定型ゲノム情報解析を効率よく進めるために適した環境であるGenomic Shell(gsh)の設計・開発を行った。複雑なゲノム情報解析を複数の処理プロセスに分割して実行するためには、プロセス間通信により相互にデ-タをやり取りすることが必要である。gshでは、ソケット・システムコ-ルによりプロセス間通信を行うクライアント-サ-バ・モデルを採用した。開発したサ-バは、メモリ上に配置されたデ-タ管理する機能とゲノム情報解析を高速に行う機能を有する。デ-タの集まりであるオブジェクトは階層化された構造をとり、その操作・管理はUNIXのファイルシステムと同様に行われる。情報解析機能としては、特に高速処理が必要な解析などをサ-バ側でサポ-トした。標準のクライアント・プロセスとしては、gshサ-バの操作、基本的なゲノム情報解析、デ-タ・オブジェクトの表示を行うためのプロセスライブラリを設計・開発した。情報解析処理操作の一貫性を保つために、基本プロセス・ライブラリの解析処理は、全てデ-タ・オブジェクトへの操作という形で実現されている。gshでの標準的なゲノム情報解析は、これらの基本プロセスライブラリ、UNIXがサポ-トしている豊富なツ-ル、様々な解析処理を行うためにユ-ザ-が拡張したプロセス・ライブラリとを、UNIXのパイプ、リダイレクション、シェルスクリプトなどの機能を利用して組み合せ制御することにより実行される。ユ-ザ-は、新しく作成した解析処理をユ-ザ-拡張プロセス・ライブラリとして登録したり、Glibプログラミング機能、gshサ-バ拡張機能GSETを利用することにより、gshの機能を容易に拡張することが出来る。

Research Products

• [Publications] Suyama,A.,Kaku,H.& Higuchi,I: "Genomic Shell(gsh)ーExtensible and Flexible UNIX Enuironment for Genomic Information Analysis" Computer Applications in the Biosciences.