1991 Fiscal Year Annual Research Report
微生物の16S類以rRNAデ-タベ-スによるコンピュ-タ同定シテスムの作製
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03304017
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
山里 一英 東京大学, 応用微生物研究所, 教授 (40013320)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
蒲生 卓磨 農林水産省, 農業生物資源研究所, 部長
中瀬 崇 理化学研究所, ライフサイエンス培養生物部, 部長
斎藤 成也 国立遺伝学研究所, 助教授 (30192587)
山田 雄三 靜岡大学, 農学部, 教授 (20013328)
小柳津 広志 東京大学, 農学部, 助教授 (70177301)
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| Keywords | 16S rRNA / 18S rRNA / 微生物 / 分子系統 / コンピュ-タ同定システム / 近隣結合法 / PCR / 塩基配列 |
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| Research Abstract |
1.供試株の収集,分離とsmall rRNA部分塩基配列の決定
真性細菌、古細菌、真菌の菌株を微生物株保存機関より収集、および自然環境から分離した。このうち、次の属の菌株の部分塩基配列を決定した。真性細菌:光合成細菌および関連細菌(Rhodospirillum,Rhodopseudomonas,Rhodomicrobium,Rhodobacter,Erythrobacte,Paracoccus)、植物共・奇生性細菌(Agrobacterium,Rhizobium,Bradyrhizobium)、嫌気性球菌(Peptostreptocococcus)、海洋細菌(Vibrio,Photobacterium,Cytophaga)、低栄養細菌(分離株)、乳酸菌(Pediococcus,Leuconostoc,Lactobacillus)、その他陸生細菌Rhizomonas,Cytophaga,Flexibacter)。古細菌:Haloarcual。真菌:Sporopachidermia,Bullera,Taphrina,Saitoella。
2.分子系統と種の同定
VibrioとCytophagaは系統的に極めて多様で、それぞれ属レベルで数群に分かれた。海洋性のCytophagaの7種および3種はそれぞれ一つの属を形成した。AgrobacteriumとRhizobiumは近縁であることが確認された。光合成細菌は、分子系統と細胞内膜構造が一致しないことが明かとなった。乳酸菌では、3属、14種が塩基配列によって同定可能であるとこが示された。Sporopachiderma,Bulleraは、塩基配列により、2つの分類群に分かれた。Taphrinaは担子菌、子のう菌と並ぶ第三の高等菌類であることが示唆された。
3.系統解析プログラムの作成
パ-ソナルコンピュ-タ-で使用できる、能率的な近隣結合法のプログラム、および系統解析のための4つの機能を備えたプログラムを作成した。
4.塩基配列決定法の検討
PCRを用いてsmall rRNAのcDNAを増幅し、これをtemplateとして用いるRIまたは非RI標識塩基配列決定方法を確立した。5回の塩基配列決定法実技講習会を行った。
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[Publications] Yamada,Y.: "The phylogenetic relationships of the genus Sporopachydermia Lodrigues de Miranda based on the partial sequuences of 18S and 26S ribosomal RNAs." J.Gen.Appl.Microbiol.
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[Publications] Esaki,T.: "Three new Peptostreptococcus species isolated from human specimen." Int.J.Syst.Bacyeriol.
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[Publications] Takematsu,A.: "The partial sequences of 18S ribosomal RNAs of the ba悵listosporeーfoming yeasts." J.Gen.Appl.Microbiol.
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[Publications] Kawasaki,H.: "Rhodocysta centena gen.nov.,sp.nov.,a cyst forming anoxygenic photosynthetic bacterium and its phylogenetic position in the alpha subdivision of proteobacteria." J.Gen.Appl.Microbiol.
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[Publications] Nakagawa,Y.: "Phylogenetic heterogeneity of marine Cytophaga revealed by 16S ribosomal RNA sequence analysis." J.Gen.Appl.Microbiol.
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[Publications] Nishida,H.: "Taphrinalean fungi may represent a third main higher fungal lineage." Nature.
