微生物の16S類似rRNAデータベースによるコンピュータ同定システムの作製

1993 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 03304017
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: 小柳津 広志 東京大学, 農学部, 助教授 (70177301)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 浦生 卓磨 農林水産省, 農業生物資源研究所, 部長 ; 中瀬 崇 理化学研究所, ライフサイエンス培養生物部, 部長 ; 斎藤 成也 国立遺伝学研究所, 助教授 (30192587) ; 山田 雄三 静岡大学, 農学部, 教授 (20013328) ; 山里 一英 東京農業大学, 農学部, 教授 (40013320)
• Keywords: 16SrRNA / 18SrRNA / 微生物 / 分子系統 / コンピュータ同定システム / 塩基配列

Research Abstract

1.供試菌株の収集、分離とssu rRNA塩基配列の決定
真正細菌、古細菌、菌類の菌株を微生物保存機関より収集、および自然環境から分離し、それらの代表的菌株について塩基配列を解読した。これらの菌種は、真生細菌では光合成細菌とその類縁菌種(Rhodospirillum,Rhodopseudomonas,Rhodomicrobium,Rhodobacter,Erythrobacter,Paracoccusなど)、植物共・寄生細菌(Agrobacterium,Rhizobium,Bradyrhizobium,Azorhizobium)、嫌気性球菌(Peptostreptococcusなど),海洋細菌(Vibrio,Photobacterium,Cytophagaなど)、低栄養細菌(分離株)、乳酸菌(Pediococcus,Leuconostoc,Lactobacillusなど)などであり、古細菌ではHaloarcula属を中心として、菌類ではSporopachidermia,Bullera,Taphrina,Saitoellaなどである。
これらの決定された配列の大部分は、EMBL,DDBJなどに保存されて利用可能となっている。
2.系統樹プログラムの改良
パーソナルコンピュータで使用可能な系統樹解析プログラムをより簡単に利用できるように改良した。
3.微生物の分類・同定の将来展望に関する勉強会を開催
研究分担者および各種微生物群の分類の専門家およびコンピュータ利用の専門家を招き勉強会を開催し、将来の展望を討論した。

Research Products

• [Publications] Oyaizu,H.,Matsumoto,S.,and Gamou,T.: "Distribution of rhizobia in leguminous plants surveyed by phylogenetic identification" J.Gen.Appl.Microbiol.39. 339-354 (1993)
• [Publications] Oyaizu,H.,Matsumoto,S.,and Takeda,H.: "Origin of chlorophetes chloroplasts" J.Gen.Appl.Microbiol.39. 313-319 (1993)