1992 Fiscal Year Annual Research Report

超遺伝子族のデータベースの試作

Research Project

Project/Area Number	03558027
Research Institution	KYOTO UNIVERSITY
Principal Investigator	宮田隆京都大学, 理学部, 教授 (20022692)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	荻田直史富士通情報処理システムラボラトリー, 顧問長谷川政美統計数理研究所, 教授 (60011657)
Keywords	遺伝子族 / アラインメント / コンセンサス配列 / モチーフ / 分子系統樹 / データベース
Research Abstract	(1)昨年度開発した荷重モチーフによる相同性探査法を利用して、遺伝子族メンバーを新たにデータベース中に探査し、更新を計った。最終的に細胞接着に関与する3つの遺伝子族、シグナル伝達系に関与する6つの遺伝子族、rasをはじめとするGTP結合タンパク質遺伝子族、及びタンパク質キナーゼ遺伝子族を含む6つの遺伝子族、計16の異なる遺伝子族に対して、アミノ酸配列のアラインメント、コンセンサス配列、荷重モチーフ、メンバーの分子系統樹を計算し、データベース化した。このデータベースは配列のアクセッションナンバーを付記して、一般に公表する予定である。また今回データベースに収録した遺伝子族数は数において少なく、決して十分とは言い難い。今後、配列の更新と共に、遺伝子族の数の増加を計っていく。 (2)昨年度開発した局所探査法を細胞接着に関与するカドヘリン遺伝子族に応用し、レセプタータイプのチロシンキナーゼの一種retがんタンパクの細胞外ドメインにカドヘリン様配列を見つけることに成功した。このホモロジーの検出結果は同時に、この探査法がホモロジーが弱く、且つ十分長い領域に亙るホモロジーが存在しない場合でも有効な方法であることを実例で示したことになる。 (3)(2)の結果、及び昨年度のホモロジー探査の結果から、レセプタータイプのチロシンキナーゼは、細胞外ドメインの構造から、少なくとも4つの型に分類出来ることを示した。この分類は細胞内ドメインのチロシンキナーゼドメインの比較から推定された系統樹に基づく分類とほぼ一致した。

Research Products
(6 results)

All Other

All Publications (6 results)

[Publications] Hayashida,H.,Kuma,K.and Miyata,T.: "Inter-chromosomal gene conversion as a possible mechanism for explaining divergence patterns of ZFY-related genes." J.Mol.Evol.35. 181-183 (1992)
[Publications] Kuma,K.,Miyata,T.and Takeichi,M.: "Proto-oncogene ret has cadherin-like repeats in the extracellular region." Proc.Japan Acad.68B. 106-108 (1992)
[Publications] Hasegawa,M.,Hashimoto,T.,Adachi,J.,Iwabe,N.and Miyata,T.: "Early branchings in the evolution of eukaryotes:Ancient divergence of entamoeda that lacks mitochondria revealed by protein sequence data." J.Mol.Evol.
[Publications] Kuma,K.and Miyata,T.: "Temporal and Geographical patterns of dengue 1 verus evolution." J.Mol.Evol.
[Publications] Kuma,K.,Iwabe,N.and Miyata,T.: "Motifs of cadherin-and fibronectin type III-related sequences and evolution of the receptor type protein tyrosine kinases:Sequence similarity between proto-oncogene ret and cadherin family." Mol.Biol.Evol.
[Publications] Tokunaga,F.,Muta,T.,Iwanaga,S.,Ichinose,A.,Davie,E.W.,Kuma,K.and Miyata,T.: "Limulus hemocyte transglutaminase II:Its cDNA cloning,amino acid sequence,and tissue localization." J.Biol.chem.

1992 Fiscal Year Annual Research Report

超遺伝子族のデータベースの試作

Principal Investigator

宮田 隆 京都大学, 理学部, 教授 (20022692)

Research Products

[Publications] Hayashida,H.,Kuma,K.and Miyata,T.: "Inter-chromosomal gene conversion as a possible mechanism for explaining divergence patterns of ZFY-related genes." J.Mol.Evol.35. 181-183 (1992)

[Publications] Kuma,K.,Miyata,T.and Takeichi,M.: "Proto-oncogene ret has cadherin-like repeats in the extracellular region." Proc.Japan Acad.68B. 106-108 (1992)

[Publications] Hasegawa,M.,Hashimoto,T.,Adachi,J.,Iwabe,N.and Miyata,T.: "Early branchings in the evolution of eukaryotes:Ancient divergence of entamoeda that lacks mitochondria revealed by protein sequence data." J.Mol.Evol.

[Publications] Kuma,K.and Miyata,T.: "Temporal and Geographical patterns of dengue 1 verus evolution." J.Mol.Evol.

[Publications] Kuma,K.,Iwabe,N.and Miyata,T.: "Motifs of cadherin-and fibronectin type III-related sequences and evolution of the receptor type protein tyrosine kinases:Sequence similarity between proto-oncogene ret and cadherin family." Mol.Biol.Evol.

[Publications] Tokunaga,F.,Muta,T.,Iwanaga,S.,Ichinose,A.,Davie,E.W.,Kuma,K.and Miyata,T.: "Limulus hemocyte transglutaminase II:Its cDNA cloning,amino acid sequence,and tissue localization." J.Biol.chem.

宮田隆京都大学, 理学部, 教授 (20022692)