1992 Fiscal Year Annual Research Report
CADシステムのための演繹オブジェクト指向データベースの関する研究
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04219208
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
高木 利久 東京大学, 医科学研究所, 助教授 (30110836)
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| Keywords | 演繹データベース / オブジェクト指向データベース / CADシステム / 質問処理効率 / 利用者インタフェース / ゲノム情報処理 / ゲノムデータベース / ソフトウェアオブジェクトベース |
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| Research Abstract |
本年度は,平成3年度に作成したDADシステムのための演繹データベース(DDB)の推論エンジンのプロトタイプに対し,処理効率・利用者インタフェースの点から改良を行った。具体的な研究成果を以下に示す。
1.複合項の処理効率を改善するためにデータ構造の共有に対応するハッシュ関数を用いる手法を評価した。
2.テンプレートを用いて検索条件を入力する利用者インタフェースを提案した。
3.2.のインターフェースを使って入力された検索条件から実行効率のよいルールを生成する手法を提案した。
演繹オブジェクト指向データベース(DOOD)に関しては,応用分野をDADに限らず,ゲノム情報処理への応用も考え,開発を行った。ゲノムとは生物の遺伝情報の総体のことであり,ゲノムのデータにはDNAの塩基配列データ,タンパク質のアミノ酸配列データ,タンパク質の3次構造のデータ,染色体地図など多種多様かつ大量のデータがあり,それらのデータは相互に複雑な関連を持っている。具体的な成果を以下に示す。
1.DNA中の生物学的に意味のある配列や2次構造の検索に,平成3年度までに開発してきたDDBを適用した。その結果,ゲノム情報処理におけるDDBの有効性や問題点を明らかにすることができた。
2.DNAの塩基配列に関するデータをオブジェクト指向の概念で整理し,商用のオブジェクト指向データベース(OODB)であるGemStoneを用いて,ゲノム情報処理のためのOODBを実現した。
3.2.のOODBの演繹インタフェースを構築した。
上記の研究を通して,DDBおよびOODBそれぞれの有効性とこれらの統合の必要性が明らかになった。本研究で得られた知見を利用して,ソフトウェアオブジェクトベースの実現にDOODという枠組が利用できると期待される。
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[Publications] Toshihisa Takagi: "ODS:Overlapping Oligonucleotide Database with Deductive Engine for Signal Sequence Search" Proceedings of the Sencond International Conference on Bio-informatics,Supercomputing,and Complex Genome Analysis.
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[Publications] 高木 利久: "ゲノムデータベース" 情報処理. 33. 1126-1133 (1992)
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[Publications] 五斗 進: "ゲノム情報解析のための演繹オブジェクト指向データベース" 情報学シンポジウム講演集. 29-38 (1993)
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[Publications] Susumu Goto: "Object-Oriented Database with Rule-Based Query Interface for Genomic Computation" Proceedings of the Third International Symposium on Database Systems for Advanced Applications.
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[Publications] Kenji Satou: "A Deductive Database System PACADE for Analyzing Three Dimensional and Secondary Structures of Protein" Computer Applications in the Bioscience.
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[Publications] Norihiro Sakamoto: "Development of Overlapping Oligonucleotide Database and Application to Signal Sequence Search of the Human Genome" Computer Applications in the Bioscience.
