1993 Fiscal Year Annual Research Report

ゲノム解析に伴う大量知識情報処理の研究

Research Project

Project/Area Number	04261101
Research Institution	Kyoto University
Principal Investigator	金久實京都大学, 化学研究所, 教授 (70183275)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	後藤修埼玉県立がんセンター研究所, 専門研究員 (40142111) 宮野悟九州大学, 理学部, 教授 (50128104) 久原哲九州大学, 農学研究科, 助教授 (00153320) 美宅成樹東京農工大学, 工学部, 教授 (10107542) 高木利久東京大学, 医科学研究所, 助教授 (30110836)
Keywords	ゲノム解析 / 配列解析 / 蛋白質・核酸の構造と機能 / データベース / ネットワーク
Research Abstract	本領域は全体を1つの計画研究班としているが、その研究内容は大きく3つに分けられる。(1)配列解析と立体構造解析における並列処理と知識処理技術の開発に関する研究、(2)生物学の広範な専門的知識をゲノム解析で利用できる形に体系化する研究、(3)ゲノム研究の現場と密接に関連したデータベース等の環境を構築する研究の3つの項目である。今年度は(1)としては、配列データからの知識獲得のための学習アルゴリズムの研究と立体構造のパターンマッチングアルゴリズムの研究を中心に、10編(邦文を除く、以下同じ)の論文発表を行った。(2)としては、タンパク質や核酸の配列データと生物機能の関連を示すモチーフ辞書の自動抽出法、プロファイルライブラリー作成のためのマルチプルアライメント法、酵素反応のリガンド化合物に関する知識ベースなどの研究が進み、16編の論文発表を行った。(3)としては、ゲノム情報解析のための演繹オブジェクト指向データベース技術の開発、ヒトゲノム統合化データベースの構築などを中心に、10編の論文発表を行った。また、本研究の成果としてのデータべースやソフトウェアはゲノム情報ワークショップや国際ヒトゲノム会議でデモンストレーションを行い、完成したものから順次、総括班で構築している広域コンピュータネットワーク「ゲノムネット」を通したサービスとして、ゲノム研究の現場への普及を図っている。なお、研究班会議は本領域の2つの主要な公開行事であるチュートリアルとワークショップの場で(7月7日と12月14日に)行い、公開の研究成果発表会をチュートリアルに続けて7月8〜9日に開催した。

Research Products
(7 results)

All Other

All Publications (7 results)

[Publications] Uchiyama,I.,Ogiwara,A.,Kanehisa,M.: "A Library of signature pentapeptides for the Protein Data Bank." In“Distance-Based Approaches to Protein Structure Determination". (in press). (1994)
[Publications] Satou,K.,Furuichi,E.,Takiguchi,K.,Takagi,T.,Kuhara,S.: "A deductive database system PACADE for analyzing 3-D and secondary structures of protein." CABIOS. 9. 259-265 (1993)
[Publications] Sakamoto,N.,Takagi,T.and Sakaki,Y.: "Development of overlapping oligonucleotide database and application to signal sequence search of the human genome." CABIOS. 9. 427-434 (1993)
[Publications] Suwa,M.,Mitaku,S.,Kuroda,Y.: "Theoretical analysis of amino acid sequence of human dystrophin." Biophys.Biochem.Res.Commun.191. 782-789 (1993)
[Publications] Arikawa,S.,Miyano,S.,Shinohara,A.,Kuhara,S.,Mukouchi,Y.,Shinohara,T.: "A machine discovery from amino acid sequences by decision trees over regular patterns." New Generation Computing. 11. 361-375 (1993)
[Publications] Gotoh,O.: "Further improvement in methods of group-to-group sequence alignment with generalized profile operations." CABIOS. (in press). (1994)
[Publications] Takagi,T.,Imai,H.,Miyano,S.,Mitaku,S.,Kanchisa,M.: "Proceedings of Genome Informatics Workshop IV" Universal Academy Press,Inc., 465 (1993)

1993 Fiscal Year Annual Research Report

ゲノム解析に伴う大量知識情報処理の研究

Principal Investigator

金久 實 京都大学, 化学研究所, 教授 (70183275)

Research Products

[Publications] Uchiyama,I.,Ogiwara,A.,Kanehisa,M.: "A Library of signature pentapeptides for the Protein Data Bank." In“Distance-Based Approaches to Protein Structure Determination". (in press). (1994)

[Publications] Satou,K.,Furuichi,E.,Takiguchi,K.,Takagi,T.,Kuhara,S.: "A deductive database system PACADE for analyzing 3-D and secondary structures of protein." CABIOS. 9. 259-265 (1993)

[Publications] Sakamoto,N.,Takagi,T.and Sakaki,Y.: "Development of overlapping oligonucleotide database and application to signal sequence search of the human genome." CABIOS. 9. 427-434 (1993)

[Publications] Suwa,M.,Mitaku,S.,Kuroda,Y.: "Theoretical analysis of amino acid sequence of human dystrophin." Biophys.Biochem.Res.Commun.191. 782-789 (1993)

[Publications] Arikawa,S.,Miyano,S.,Shinohara,A.,Kuhara,S.,Mukouchi,Y.,Shinohara,T.: "A machine discovery from amino acid sequences by decision trees over regular patterns." New Generation Computing. 11. 361-375 (1993)

[Publications] Gotoh,O.: "Further improvement in methods of group-to-group sequence alignment with generalized profile operations." CABIOS. (in press). (1994)

[Publications] Takagi,T.,Imai,H.,Miyano,S.,Mitaku,S.,Kanchisa,M.: "Proceedings of Genome Informatics Workshop IV" Universal Academy Press,Inc., 465 (1993)

金久實京都大学, 化学研究所, 教授 (70183275)