1994 Fiscal Year Annual Research Report

ゲノム解析に伴う大量知識情報処理の研究

Research Project

Project/Area Number	04261101
Research Institution	Kyoto University
Principal Investigator	金久實京都大学, 化学研究所, 教授 (70183275)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	小笠原直毅奈良先端科学技術大, バイオサイエンス科, 教授 (10110553) 宮野悟九州大学, 理学部, 教授 (50128104) 久原哲九州大学, 農学研究科, 助教授 (00153320) 美宅成樹東京農工大学, 工学部, 教授 (10107542) 高木利久東京大学, 医科学研究所, 教授 (30110836)
Keywords	ゲノム解析 / 配列解析 / 蛋白質・核酸の構造と機能 / データベース / ネットワーク
Research Abstract	本領域は全体を1つの計画研究班とし、(1)ゲノム解析がもたらす大量かつ多様なデータのデータベースの問題と、(2)実験によるゲノム解析の最終産物である配列データの生物的意味解釈の問題とに新しい方法を確立する研究を行ってきた。今年度から5カ年計画の後期2年間に入り、これまでの研究成果の実用化に重点を置いている。(1)についてはマッピング支援システムLocus-inとContigMaker、シーケンシング支援システムGenomaticaを開発し提供した。また既存の分子生物学関連データベースのエントリ-間にリングづけを行い、統合して検索できるシステムWebDBgetとHyperGenomeを開発し提供した。(2)に関しては配列グループの特徴を自動的に見いだす機械学習アルゴリズムを開発し、とくにタンパク質の配列モチーフ検索・解析システムSMARTを開発し提供した。また酵素に関する知識を集約した酵素反応化合物データベースLIGANDを構築し提供した。他にも大量データの中から生物学の知識を体系化し、知識を利用する技術の開発に関する様々な基礎研究を行った。これらは国際的な学術誌と本領域が主催するゲノム情報ワークショップのProceedingsとして公表されている。実用化されたシステムはゲノムネットデータベースサービスの一貫として国内外の研究者に提供されており、その普及に関する活動は総括班で行われた。研究班会議は本領域の2つの主要な公開行事であるチュートリアルとワークショップの場で(7月9日と12月19日に)行い、公開の研究成果発表会をチュートリアルと同時に7月7〜8日に開催した。

Research Products
(7 results)

All Other

All Publications (7 results)

[Publications] Ogata,H.,Akiyama,Y.Kanehisa,M.: "A genetic algorithm based molecular modeling technique for RNA and stem-loop structures." Nucleic Acids Res.23. 694-701 (1995)
[Publications] Mizuno,M. and Kanehisa,M.: "Distribution profiles of GC content around the translation initiation site in different species." FEBS Lett.352. 7-10 (1994)
[Publications] Hirosawa,M.,Totoki,Y.,Hoshida,M. and Ishikawa,M.: "Comprehensive study on iterative algorithms of multiple sequence alignment" CABIOS.11 (in press).
[Publications] Aita,T. and Husimi,Y.: "Period-dependent selection in continuous culture of viruses in periodic environment." J.Theoret. Biol.168. 281-289 (1994)
[Publications] Suwa,M.,Hirokawa,T. and Mitaku,S.: "A continuum theory for the prediction of lateral and rotational positioning of α-helices in membrane proteins:Bacteriorhodopsin." Proteins. (in press). (1994)
[Publications] Ogasawara,N.,Nakai,S. and Yoshikawa,H.: "Systematic sequencing of the Bacillus subtilis chromosome containing the replication origin." DNA res.1. 1-14 (1994)
[Publications] Miyano,S.,Akutsu,T.,Imai,H.,Gotoh,O and Takagi,T.: "Proceedings of Genome Informatics Workshop V" Universal Academy Press,Inc., 243 (1994)

1994 Fiscal Year Annual Research Report

ゲノム解析に伴う大量知識情報処理の研究

Principal Investigator

金久 實 京都大学, 化学研究所, 教授 (70183275)

Research Products

[Publications] Ogata,H.,Akiyama,Y.Kanehisa,M.: "A genetic algorithm based molecular modeling technique for RNA and stem-loop structures." Nucleic Acids Res.23. 694-701 (1995)

[Publications] Mizuno,M. and Kanehisa,M.: "Distribution profiles of GC content around the translation initiation site in different species." FEBS Lett.352. 7-10 (1994)

[Publications] Hirosawa,M.,Totoki,Y.,Hoshida,M. and Ishikawa,M.: "Comprehensive study on iterative algorithms of multiple sequence alignment" CABIOS.11 (in press).

[Publications] Aita,T. and Husimi,Y.: "Period-dependent selection in continuous culture of viruses in periodic environment." J.Theoret. Biol.168. 281-289 (1994)

[Publications] Suwa,M.,Hirokawa,T. and Mitaku,S.: "A continuum theory for the prediction of lateral and rotational positioning of α-helices in membrane proteins:Bacteriorhodopsin." Proteins. (in press). (1994)

[Publications] Ogasawara,N.,Nakai,S. and Yoshikawa,H.: "Systematic sequencing of the Bacillus subtilis chromosome containing the replication origin." DNA res.1. 1-14 (1994)

[Publications] Miyano,S.,Akutsu,T.,Imai,H.,Gotoh,O and Takagi,T.: "Proceedings of Genome Informatics Workshop V" Universal Academy Press,Inc., 243 (1994)

金久實京都大学, 化学研究所, 教授 (70183275)