1995 Fiscal Year Annual Research Report

ゲノム解析に伴う大量知識情報処理の研究

Research Project

Project/Area Number	04261101
Research Institution	Kyoto University
Principal Investigator	金久實京都大学, 化学研究所, 教授 (70183275)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	西岡孝明京都大学, 化学研究所, 助教授 (80026559) 後藤修埼玉県立がんセンター, 主任研究員 (40142111) 米澤明憲東京大学, 理学系研究科, 教授 (00133116) 美宅成樹東京農工大学, 工学部, 教授 (10107542) 高木利久東京大学, 医科学研究所, 教授 (30110836)
Keywords	ゲノム解析 / 配列解析 / 蛋白質・核酸の構造と機能 / データベース / ネットワーク
Research Abstract	本領域は全体を1つの計画研究班とし、(1)ゲノム解析がもたらす大量かつ多様なデータのデータベースの問題と、(2)実験によるゲノム解析の最終産物である配列データの生物的意味解釈の問題とに新しい方法を確立する研究を行ってきた。今年度は5カ年計画の最終年度であり、これまでの研究成果のとりまとめと実用化を行った。(1)についてはこれまでのLocus-In、ContigMaker、Genomaticaに加え、データベース統合的利用環境Gidre、枯草菌ゲノムデータベースBSORF、大腸菌ゲノムデータベースE.coli Databankを開発し提供した。(2)に関しては分子間相互作用を単位とした機能情報の体系化を行い、代謝系データベースKEGG、シグナル伝達データベースSPADを開発した。また酵素に関する知識を集約した酵素反応化合物データベースLIGANDと代謝系パスウェイとの関連づけを行った。さらに、配列モチーフに関する並列知識発見システムBONSAI Gardenの実用化も行った。一方、基礎研究の成果は国際的な学術誌と本領域が主催するゲノム情報ワークショップのProceedingsとして公表されている。なお、班員による5年間の基礎研究成果は来年度に成果とりまとめを行い、本領域研究の研究成果報告書として出版する予定である。これまでに実用化されたシステムはゲノムネットデータベースサービスの一貫として国内外の研究者に提供されており、その普及に関する活動は総括班で行われた。研究班会議は本領域の2つの主要な公開行事であるチュートリアルとワークショップの場で7月6日と12月11日に行った。

Research Products
(8 results)

All Other

All Publications (8 results)

[Publications] Ogata,H.,Akiyama,Y.,Kanehisa,M.: "A genetic algorithm based molecular modeling technique for RNA stem-loop structures." Nucleic Acids Res.23. 419-426 (1995)
[Publications] Tomii,K.,Kanehisa,M.: "Analysis of amino acid indices and mutation matrices for sequence comparison and structure prediction of proteins." Protein Eng.(in press). (1996)
[Publications] Suwa,M.,Hirokawa,T.,Mitaku,S.: "A continuum theory for the prediction of lateral and rotational positioning of α-helices in membrane proteins:Bacteriorhodopsin." Proteins. 22. 363-377 (1995)
[Publications] Nakaya,A.,Yamamoto,K.,Yonezawa,A.: "RNA secondary structure prediction using highly parallel computers." CABIOS. 11. 685-692 (1995)
[Publications] Gotoh,O.: "A weighting system and algorithm for aligning many phylogenetically related sequences." CABIOS. 11. 543-551 (1995)
[Publications] Suyama,M.,Nishioka,T.,Oda,J.: "Searching for common sequence patterns among distantly related proteins." Protein Eng.(in press)8. (1995)
[Publications] Hagiya,M.,Miyano,S.,Nakai,K.,Suyama,A.,Yokomori,T.,Takagi,T.: "Proceedings of Genome Informatics Workshop 1995" Universal Academy Press,Inc., 179 (1995)
[Publications] 美宅成樹、金久實: "ヒトゲノム計画と知識情報処理" 倍風館, 215 (1995)

1995 Fiscal Year Annual Research Report

ゲノム解析に伴う大量知識情報処理の研究

Principal Investigator

金久 實 京都大学, 化学研究所, 教授 (70183275)

Research Products

[Publications] Ogata,H.,Akiyama,Y.,Kanehisa,M.: "A genetic algorithm based molecular modeling technique for RNA stem-loop structures." Nucleic Acids Res.23. 419-426 (1995)

[Publications] Tomii,K.,Kanehisa,M.: "Analysis of amino acid indices and mutation matrices for sequence comparison and structure prediction of proteins." Protein Eng.(in press). (1996)

[Publications] Suwa,M.,Hirokawa,T.,Mitaku,S.: "A continuum theory for the prediction of lateral and rotational positioning of α-helices in membrane proteins:Bacteriorhodopsin." Proteins. 22. 363-377 (1995)

[Publications] Nakaya,A.,Yamamoto,K.,Yonezawa,A.: "RNA secondary structure prediction using highly parallel computers." CABIOS. 11. 685-692 (1995)

[Publications] Gotoh,O.: "A weighting system and algorithm for aligning many phylogenetically related sequences." CABIOS. 11. 543-551 (1995)

[Publications] Suyama,M.,Nishioka,T.,Oda,J.: "Searching for common sequence patterns among distantly related proteins." Protein Eng.(in press)8. (1995)

[Publications] Hagiya,M.,Miyano,S.,Nakai,K.,Suyama,A.,Yokomori,T.,Takagi,T.: "Proceedings of Genome Informatics Workshop 1995" Universal Academy Press,Inc., 179 (1995)

[Publications] 美宅成樹、金久實: "ヒトゲノム計画と知識情報処理" 倍風館, 215 (1995)

金久實京都大学, 化学研究所, 教授 (70183275)