1992 Fiscal Year Annual Research Report
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04261210
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| Research Institution | Kyushu Institute of Technology |
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Principal Investigator |
篠原 武 九州工業大学, 情報工学部, 助教授 (60154225)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
下薗 真一 九州工業大学, 情報工学部, 助手 (70243988)
溝口 佳寛 九州工業大学, 情報工学部, 講師 (80209783)
新島 耕一 九州工業大学, 情報工学部, 教授 (30047881)
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| Keywords | テキストデータベース / パターン照合アルゴリズム / 連想記憶モデル / 情報圧縮 / 機械学習 |
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| Research Abstract |
本年度の研究によって得られた結果は次の2点に要約できる.
1.DNA塩基配列データ用テキストデータベース管理システムの構築
篠原らがすでに開発し、九州大学大型計算機センターで一般に公開している汎用のテキストデータベース管理システムSIGMAは、高速な文字列パターン照合アルゴリズムを駆使した効率的な情報システムである.本年度の研究においては、このSIGMAシステムを一般のワークステーション上で利用可能なように、検索機能を中心にUNIX上に移植した.また、塩基配列の文字種が極めて少ないことに着目し、情報圧縮の手法をSIGMAシステムに組み込むことにより、外部記憶装置の容量が比較的制限されるような場合にも大量のデータが処理しやすくなった.このことにより、さまざまな遺伝子情報データベースを、一般のワークステーション上のSIGMAシステムで操作することが可能になった。
2.塩基配列用高速パターン照合アルゴリズムの開発
さまざまな観点から塩基配列用の高速パターン照合アルゴリズムを開発した.とくに、情報圧縮の手法を利用したパターン照合の高速化や、連想記憶モデルによる全く新しいアルゴリズムの考察を行った。さらに、パターン言語の帰納学習に組み合わせ最適化の手法を取り入れることで、タンパク質データベースのような比較的文字種の多いデータベースに対しても、これらの手法が応用できることがいえた。
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[Publications] S.Shimozono,S.Shinohara,T.Shinohara,S.Miyano,S.Kuhara,S.Arikawa: "Finding alphabet indexing for decision tree over regular patterns" Proceedings of 26th Hawaii International Conference on System Sciences. 763-772 (1993)
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[Publications] S.Arakawa,S,Kuhara,S.Miyano,Y.Mukouchi,A.Shinohara,T.Shinohara: "Machine discovery of a negative motif from amino acid seguences by decision trees over regular patterns" Proceedings of International Conference of Fifth Generation Computer Systems. 675-684 (1992)
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[Publications] 篠原 武,深町 修一: "データ圧縮による高速化情報検索システム" 第3回ゲノム情報ワークショップ. 251-254 (1992)
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[Publications] 新島 耕一,篠原 武,溝口 佳寛,下薗 真一: "縮小写像原理にもとづく3層ニューラルネットワークの学習" 第3回ゲノム情報ワークショップ. 175-178 (1992)
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[Publications] 宮野 悟,篠原 歩,有川 節夫,下薗 真一,篠原 武,久原 哲: "決定木とインデックス化によるアミノ酸配列からの知識獲得" 第3回ゲノム情報ワークショップ. 69-72 (1992)
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[Publications] 篠原 歩,宮野 悟,有川 節夫,下薗 真一,篠原 武,久原 哲: "Bonsai:正則パターン上の決定木による知識獲得システム" 第3回ゲノム情報ワークショップ. 255-258 (1992)
