ゲノム中に散在する反復配列の進化に関する集団遺伝学的研究

1992 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 04640597
• Research Institution: Kyushu University
• Principal Investigator: 舘田 英典 九州大学, 理学部, 助教授 (70216985)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 飯塚 勝 筑紫女学園短期大学, 一般教育, 助教授 (20202830)
• Keywords: レトロポゾン / SINE / 分子進化 / 分子集団遺伝学 / 分子マーカー

Research Abstract

特定のサイトでの反復配列の有無に関する集団遺伝学的モデルを構築し、複数の集団からサンプルを行った時、どのようなサンプルがどのような確率で得られるかを計算した。これを使ってSINE配列の増幅時期推定法を考案した。試みにこの方法をアル配列データに適用したところ、他の情報から得られていた値に近い推定値を得ることができ、我々の簡単な増幅モデルがこの配列については当てはまることが示唆された。また、特定のサイトの反復配列の有無に関するデータのマーカーとしての有用性についても検討した。従来行われている種の分岐の順序やその相対的時間の推定法をSINE配列の有無に関するデータに適用したとき、このような遺伝子座がSINE配列が存在することを条件に見つけられたこと、またSINE配列の増加が必ずしも一定の率で起こらないことにより、注意しなければならないことが幾つかでてくる。我々のモデルを使ってこの問題についての定量化を行った。これらをまとめた結果を米国遺伝学会誌GENETICSに発表予定である。アル配列については現在のところ中立モデルと矛盾する点は見つかっていないが、サケ配列については必ずしも単純なランダムメーティングを仮定したモデルでは説明しにくいデータも出てきつつある。実験グループと連絡をとりあってモデルの改変などを行っていきながら、より詳しい解析を継続中である。反復配列の有無に関するデータは比較的容易に得ることが出来るが、SINE配列の過去を推定するための情報量はあまり多くないことがわかったので、塩基配列進化のモデルを遺伝子系図学的アプローチを使って解析し、並行してデータバンクに蓄積されている多くのSINE配列データを使ってモデルの検証を行って行く予定である。

Research Products

• [Publications] Tachida,H.,and Iizuka,M.: "A population genetic study of the evolution of SINEs I Polymorphism with regard to the presence or absence of an element." Genetics. 133. (1993)