蛋白質の簡易型シークエンス・立体構造データベースの構築

1992 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 04680161
• Research Institution: Osaka University
• Principal Investigator: 楠木 正巳 大阪大学, たんぱく質研究所, 助手 (90135749)
• Keywords: 蛋白質 / データベース / 立体構造 / ワークステーション

Research Abstract

蛋白質の立体構造データベースPDB(Protein Data Bank)を文献やアミノ酸部分シークエンスなどをキーワードにして検索する汎用のシステムUNIXワークステーション上で構築することがこの研究の目的である。
平成4年度においては、DEC社のVAXコンピュータ上で動作する蛋白質立体構造データベース検索システムを完成させた。この検索システムではPIR(Protein Identification Resource)の蛋白質一次構造検索システムPSQ(Protein Sequence Query)コマンドを使った。このためにPDBデータをPSQコマンドで検索できる形式のデータベース構築システムをC言語で作成した。C言語を用いたのは各種コンピュータの間での移植性が優れているからである。PDBとPIRにおいては蛋白質のシークエンスの扱いが異なるが、両者のクロスレファレンスをとるためのテーブルを作成することによって解決できた。この検索システムにおいては、蛋白質名,著者,分解能などの文字データによる検索ができる他に、アミノ酸部分シークエンスを与えてそのシークエンスを持つ蛋白質の座標データを取り出すことができる。
本年度においてVAXコンピュータ上での検索システムを完成させたが、次年度においてUNIXワークステーション上でのシステムを構築する予定である。

Research Products

• [Publications] M.Kusunoki: "PRENRL-3D:a Computer program for automatic creation of NRL-3D,Protein sequence-structure database from the Protein Data Bank" Protein Sequences&Data Analysis. 4. 333-336 (1991)
• [Publications] 楠木 正巳: "タンパク質一次構造データベースの最近の動向" 化学. 46. 362-363 (1991)
• [Publications] 楠木 正巳: "ジョージタウン大学NBRFでの蛋白質の一次構造立体構造データベースの研究体験記" 蛋白質工学基礎研究センターだより. 12. 40-46 (1991)