1993 Fiscal Year Annual Research Report
蛋白質の簡易型シークエンス・立体構造データベースの構築
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04680161
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
楠木 正巳 大阪大学, たんぱく質研究所, 助手 (90135749)
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| Keywords | 蛋白質 / データベース / シークエンス / 立体構造 |
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| Research Abstract |
蛋白質シークエンス立体構造データベースシステムPRENTRL_3DとPSQがDEC社のVAX/VMSコンユータ上で完成したので、学会(蛋白工学会)と雑誌(Protein Sequence & Data Analysis)に発表した。また、このデータベースシステムを使って、ヒトの糖蛋白ホルモンの部分シークエンスの立体構造を予測してみたので報告する。
蛋白質の立体構造データバンク(Protein Data Bank,PDBと略する)からPRENRL_3Dを使って蛋白質シークエンス立体構造データベースNRL_3Dを作成し、NBRF(National Biomedical Research Foundation)のPIR(Protein Identification Resource)のPSQコマンドを使って、アミノ酸シークエンスの検索ができる。ヒトの糖蛋白ホルモンである甲状腺刺激ホルモンのβサブユニットの部分シークエンスCAGYCは、ホルモンの機能を発現する上で重要である。CAGYCという部分シークエンスを持つPDBデータはないことがわかった。また、CAGYCの二つのCは他のシステイン残基とジスルフィド結合を作っていることがわかっている。したがっての構造は新種のモチーフであることが推定される。2次構造予測からはCAGYCはβターンであると予測された。PDBを検索すると4残基からなるβターンで2番目にグリシンがくるのはタイプ2のβターンに多いことがわかった。
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