1993 Fiscal Year Annual Research Report

ゲノム情報処理に用いるデータベースの構成に関する研究

Research Project

Project/Area Number	05254210
Research Institution	Kyushu University
Principal Investigator	古川哲也九州大学, 大型計算機センター, 助教授 (00209165)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	坂本憲広九州大学, 工学部, 助手 (00253485) 佐藤健二九州大学, 工学部, 助手 (10215783)
Keywords	データベース / ゲノム / データ解析
Research Abstract	近年,各種生物のゲノムを実験的に解析することが可能となり,各国におけるゲノム解析プロジェクトの推進によって,ゲノムに関する情報が著しく増加している。これらのデータをデータベース化が行われつつあるが,ゲノム情報は,従来のデータベースで扱われてきた事務データやエンジニアリングデータとは異なる性質を少なからずもっている。また,ゲノム情報は解析途中の実験データもあり,データ管理を目的とした従来のデータベース技術だけで対処することは困難である。本研究では,ゲノム情報を解析する際のゲノム情報処理に用いるデータベースの構成およびデータベースの持つべき機能として,データの解析を支援するデータベースについて考察した。データを解析する際にデータの分類を行うが,それには(1)統合による方法,(2)分割による方法がある。(1)はデータのもつ性質から細かくデータを分け,できた集合を統合することにより,より大きな集合を作るものである。(2)はデータをその性質で分け,その集合をさらに分けていくものである。このようにしてできる集合の階層をそれ自体をデータとみなし,データベースに保存できるような機能の実現法を開発した。解析過程で集合を作る操作は,データベース質問で集合を記述できる内包的な方法,その集合にどのデータが属しているかをプログラム等で指示する外延的な方法がある。できた集合階層の記憶法として,(1)データがどの集合に含まれるかを記憶する索引による方法,(2)子集合で集合の要素を代表させる間接法,(3)集合の性質で記憶する述語法を提案した。それぞれの組合せを検索効率,記憶効率から検討している。また,組合せによっては正しくデータを記憶できない場合があり,記憶方法が健全であることの条件を示している。

Research Products
(5 results)

All Other

All Publications (5 results)

[Publications] Konomi,S. and Furukawa,T.: "Placement of Replicas IncludingReplicated Derived Data" Proc. Int. Symp. on Next Generation Database Syst. and Their Applications. 265-271 (1993)
[Publications] Konomi,S., Furukawa,T., and Kambayashi,Y.: "Super-key Classes for Updating Materialized Derived Classes in Object Bases" Proc. Int. Conf. on Deductive and Oblect-Oriented Database Syst.310-326 (1993)
[Publications] Goto,S., Sakamoto,N., and Takagi,T.: "Object-Oriented Database with Rule-Based Query Interface for Genomic Computation" Proc. the 3rd International Symposium on Database Systems for Advanced Applications. 65-72 (1993)
[Publications] Goto,S., Sakamoto,N., Takagi,T. and Ushijima,K.: "A Deductive Language in Object-Oriented Database for Gonome Analysis" Proc. Int. Symp. on Next Generation Database Syst. and their Applications. 123-129 (1993)
[Publications] Satou,K.,Furuichi,T.,Takagi,S.,Kuhara,S.,and Ushijima,K.: "Similar Structure Search in a Deductive Database" Proc. Int. Symp. on Next Generation Database Syst. and Their Applications. 130-137 (1993)

1993 Fiscal Year Annual Research Report

ゲノム情報処理に用いるデータベースの構成に関する研究

Principal Investigator

古川 哲也 九州大学, 大型計算機センター, 助教授 (00209165)

Research Products

[Publications] Konomi,S. and Furukawa,T.: "Placement of Replicas IncludingReplicated Derived Data" Proc. Int. Symp. on Next Generation Database Syst. and Their Applications. 265-271 (1993)

[Publications] Konomi,S., Furukawa,T., and Kambayashi,Y.: "Super-key Classes for Updating Materialized Derived Classes in Object Bases" Proc. Int. Conf. on Deductive and Oblect-Oriented Database Syst.310-326 (1993)

[Publications] Goto,S., Sakamoto,N., and Takagi,T.: "Object-Oriented Database with Rule-Based Query Interface for Genomic Computation" Proc. the 3rd International Symposium on Database Systems for Advanced Applications. 65-72 (1993)

[Publications] Goto,S., Sakamoto,N., Takagi,T. and Ushijima,K.: "A Deductive Language in Object-Oriented Database for Gonome Analysis" Proc. Int. Symp. on Next Generation Database Syst. and their Applications. 123-129 (1993)

[Publications] Satou,K.,Furuichi,T.,Takagi,S.,Kuhara,S.,and Ushijima,K.: "Similar Structure Search in a Deductive Database" Proc. Int. Symp. on Next Generation Database Syst. and Their Applications. 130-137 (1993)

古川哲也九州大学, 大型計算機センター, 助教授 (00209165)