1993 Fiscal Year Annual Research Report
インターフェロン遺伝子転写調節因子の高次構造と制御塩基配列認識機構の研究
| Project/Area Number |
05273213
|
|---|
| Research Institution | Osaka University |
|---|
Principal Investigator |
白川 昌宏 大阪大学, 蛋白質研究所, 助手 (00202119)
|
|---|
| Research Abstract |
大腸菌に産製させた、112残基からなる塩基配列特異的DNA結合活性を持つIRF-2のDNA結合ドメインについて、主として均一^<15>Nラベル、均一^<15>N/^<13>Cラベルした試料を用いて、ほぼ全ての主鎖の^1H、^<15>Nおよび^<13>C核のシグナルの帰属を終了した。また、側鎖に関してもかなりの部分の^1H、^<15>Nおよび^<13>C核のシグナルの帰属を行った。
帰属に用いた主なスペクトルは、3次元^1H/^<15>N NOESY-HSQC,3次元^1H/^<15>N TOCSY-HSQC、^1H、^<15>Nおよび^<13>C核の3重共鳴3次元HNCA,HN(CO)CA、HNCO,HN(CA)CO,HBHA(CBCACO)NH,及び、HCACO、HCCH-COSY,HCCH-TOCSYなどである。これらのスペクトルを効率よく組み合わせる事によって、主鎖、側鎖の順に帰属を進めた。
得られた帰属を基に、3次元^1H/^<15>N NOESY-HSQC,3次元^1H/^<13>C NOESY-HSQCなどから水素原子核間の距離情報を、2次元^1H/^<15>N HMQC-Jから角度情報を収集し、simulated annealing distance geometory法による立体構造の計算を行った。
現在、まだ計算中であり立体構造決定にはまだ至っていないが、2次構造は決定された。その結果、IRF-2のDNA結合ドメインは4本のβストランドからなる反平行βシートと3本のαヘリックスからなることが判った。3本のαヘリックスともβシートの片側に折り畳まれている事も決定された。
|
Research Products
(4 results)
-
[Publications] K.Uegaki: "Characterization of the DNA binding domain of the mouse IRF-2" Protein Engineering. 6. 195-200 (1993)
-
[Publications] M.Shirakawa: "Assignment of ^1H,^<15>N,and ^<13>C Resonances,Identification of Elements of Secondary Structure and Determination of the Global Fold of the DNA-Binding Domain of GAL4" Biochemistry. 32. 2144-2153 (1993)
-
[Publications] E.H.Morita: "Secondary structure of the oct-3 POU homeodomain as determined by ^1H-^<15>N NMR spectroscopy" FEBS Letters. 321. 107-110 (1993)
-
[Publications] 日川昌宏: "DNA結合モチーフの構造と塩基配列の識別" 生物物理. 33. 136-141 (1993)
