全生物に応用可能な高速RLGSゲノムマッピング技術の開発

1993 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 05559010
• Research Institution: The Institute of Physical and Chemical Research
• Principal Investigator: 林崎 良英 理化学研究所, ジーンバンク室, 研究員 (70192705)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 玉造 滋 日本ロシュ, 試薬本部, 研究員 ; 渡辺 幸彦 塩野義製薬, 医科研, 主任研究員 ; 勝木 元也 九州大学, 生医研, 教授 (20051732)
• Keywords: Restriction Landmark Genomic Scanning(RLGS)法 / Restriction trapper / RLGS spot mapping / genome map / genome scanning / 連鎖解析法 / Single Strand Conformational polymorphism(SSCP)

Research Abstract

本研究はゲノム上に散在する数千点の制限酵素ランドマークを一つのゲル上において、スポットとして、しかもそのほとんどがポリモルフィックなスポットとして検出する技術の開発を目的とする。本研究の基礎技術は、我々が独自に開発した全ゲノムを高速にスキャンニングする技術であるRestriction Landmark Genomic Scanning(RLGS)法、及びその解析する領域において一塩基の違いをも検出する技術であるSingle Strand Conformation Polymorphyism(SSCP)よりなる。全ゲノムをスキャンニングする技術として、RLGS法を開発してきた。平成5年度で、genetic variationの小さなシリアンハムスター(Bio.14.6とACN)とラット(LECとWKAH)につき、戻し交配の家系を作製した。これらと離れた種間での交配が可能でポリモルフィズムの多い家系が得られるマウスにおいて、RLGSパターン上でスポットマップを作製した。マウスでは約半年間で1000座位以上、ハムスターではの300座位マッピングに成功した。(Genetics in press)。また、マッピングを行った後、特定のスポットをゲルから直接切り出してクローニングする手法について開発を完了し、現在ルーチンに稼働している。しかし、マッピングの効率をよりあげるには、高率にポリモルフィズムを検出することが必須である。そこで我々はRLGS法におけるポリモルフィズム検出の効率を向上させるために、RLGS法の二次元泳動上にSSCPを応用することを考え、現在、予備実験を行っているところである。RLGS法にSSCPが応用できれば全ての生物に高速に連鎖地図が作製できるであろう。

Research Products

• [Publications] Hayashizaki,Y.et al: "Restriction Landmark Genomic Scanning and its various application,"Changing Direction in DNA"" Electrophoresis. 14. 251-258 (1993)
• [Publications] Hirotsune,S.et al: "Molecular cloning of polymorphic markers on RLGS gel using the spot target cloning method" Biophys.Biochem.Res.Comm.194. 1406-1412 (1993)
• [Publications] Nagai,H.et al: "Genomic Analysis of Human Hepatocellular Carcinomas Using Restriction Landmark Genomic Scanning" Cancer Detection and Prevention. 17. 399-404 (1993)
• [Publications] Sasaki,N.et al: "Absense of linkage between the retinoblastoma gene and hts gene in LEC Rat:a model of human Wilson's disease" Japn.J.Cancer Res.84. 1019-1022 (1993)
• [Publications] Kawai,J.et al: "Methylation profiles of genomic DNA of mouse developmental brain detected by restriction landmark genomic scanning (RLGS)method" Nucleic Acids Research. 21. 5604-5608 (1993)
• [Publications] Hayashizaki,Y.et al: "Identification and characterization of an imprinted U2af binding protein related sequence on mouse chromosone 11 detected by efficient genomic screening using restriction landmark genomic scanning" Nature Genetics. 6. 33-40 (1994)
• [Publications] Hayashizak,Y,et al: "(標題:Restriction Landmark Genomic Scanning)The Encyclopedia of Molecular Biology,Fundamental and Applications" VCH publishers(in press), (1994)
• [Publications] 広常 真治 他: "実験医学 バイオマニュアルシリーズ 2 遺伝子ライブラリーの作製法" 羊土社, 186 (1994)