1994 Fiscal Year Annual Research Report
全生物に応用可能な高速RLGSゲノムマッピング技術の開発
| Project/Area Number |
05559010
|
|---|
| Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
|---|
Principal Investigator |
林崎 良英 理化学研究所, 真核生物研究室, 主任研究員 (70192705)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
玉造 滋 日本ロシュ研究所, 研究員
渡辺 幸彦 塩野義製薬医科学研究所, 首席研究員
勝木 元也 九州大学, 生体防御医学研究所, 教授 (20051732)
|
|---|
| Keywords | restriction landmark genomic scanning(RLGS) / RLGS spot mapping / RLGS Ver.1.8 / 遺伝(連鎖)地図 / 戻し交配 / RLGSスポットマーカー |
|---|
| Research Abstract |
任意の生物の全ゲノム遺伝地図を高速に作成する技術開発を目的とする。高速RLGSスポットマッピングはrestriction landmark genomic scanningの高速ゲノムスキャンニング能を利用し、生物の多型をRLGSで検出した後、それを連鎖解析法に供する方法である。生物種の中には、多型が検出しにくいものもあり、それより大量のマーカーを視覚化し遺伝地図を作成するためには、1)RLGSゲルフィルムを量産し、異なった制限酵素でより多くの多型マーカーを解析する方法、2)また、1枚のゲルより多型をしめす効率を上げるための方法、の2通りの方法が考えられる。今年度は1)の方法を確立するため、RLGSゲルの大量生産系(RLGSVer.1.8)を確立した。RLGSVer.1.8は、RLGS prototype(RLGS Ver.!.0)に比してラベリングの反応系の縮小化を行ない、フェノール抽出によるバッファー系の置換の必要性をなくしたため高速にRLGSパターンの生産ができるようにデザインしてある。この系が確立したため、従来法の(RLGS Ver.1.0)10倍のコスト減、単位労働当り8倍の効率化を実現した。次に、これを用いて、DNAマーカーが全く存在しないシリアンハムスターの全染色体地図の作成を試みた。両亜種間で多型の効率が9%未満であるB系、A系(これがシリアンハムスターもの中ではもっともポリモルフィックである)の2種のシリアンハムスターの亜種間交配を行い、制限酵素の組み合わせをNotI‐PvuII‐PstI,NotI‐PstI‐PvuII,NotI‐EcoRV‐MboI,BssHII‐PvuII‐PstI,BssHII‐PstI‐PvuIIの5種類を使用した結果、約500個の多型マーカーを検出した。戻し交配によって得られた個体についておのおのRLGSパターンを作成後、その伝達を集計した。連鎖解析にはMap Managerを用い、組み替えの頻度が最小限となるようにした、こうしてできた27個のリンケージグループからなる遺伝地図は、全長約1300cMであり、全ゲノムの90%以上カバーすると考えられる。次年度は2)の原理に基づくRLGS‐SSCP法を開発する。
|
Research Products
(8 results)
-
[Publications] Hayashizaki,Y.et al: "A genetic linkage map of the mouse using Restriction Landmark Genomic Scanning(RLGS)" Genetics. 138. 1207-1238 (1994)
-
[Publications] Hirotsune,S.et al: "Spot mapping on the standard profile of restriction landmark genomic scanning(RLGS)of sorted chromosome 20……" Genomics. 24. 593-596 (1994)
-
[Publications] Okazaki,Y.et al: "A genetic linkage map of the mouse using an expanded production system of restriction landmark genomic scanning(RLGS Ver.1.8)" Piochem.Biophys.Res.Comm.205. 1922-1929 (1994)
-
[Publications] Okuizumi,H.et al: "A single gel analysis of 573 dominant and codominant restriction landmark genomic scanning(RLGS)loci……" Electrophoresis. 16. 253-260 (1995)
-
[Publications] Okazaki,Y.et al: "Direct detection and isolation of RLGS spot DNA marker tightly linked to a specific trait using RLGS spot‐bombing method" Proc.Natl.Acad.Sci.USA. (in press).
-
[Publications] Hirotsune,S.et al: "Reeler gene encodes a protein with EGF‐like motif expressed by pioneer neurons" Nature Genetics. (in press).
-
[Publications] Hayashizaki,Y.et al: "The Encyclopedia of Molecular Biology:Fundamentals and Applications" VCH publishers(in press),
-
[Publications] Hayashizaki,Y.et al: "The single volume of The Encyclopedia of Molecular Biology" VCH publishers(in press),
