全生物に応用可能な高速RLGSゲノムマッピング技術の開発

1995 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 05559010
• Research Institution: The Institute of Physical & Chemical Research (RIKEN)
• Principal Investigator: 林崎 良英 理化学研究所, ゲノム科学研究室, 主任研究員 (70192705)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 玉造 滋 日本ロシュ研究所, 研究員 ; 渡辺 幸彦 塩野義製薬医科学研究所, 首席研究員 ; 勝木 元也 東京大学, 医科学研究所獣医学研究部, 教授 (20051732)
• Keywords: restriction landmark genomic scanning(RLGS) / RLGS spot mapping / RLGS Ver.1.8 / 遺伝(連鎖)地図 / 戻し交配 / RLGSスポットマーカー

Research Abstract

高速RLGSスポットマッピング法は、restriction landmark genomic scanningの高速ゲノムスキャニング能を利用し、生物の多型をRLGSで検出した後、それを連鎖解析法に供する方法である。本研究では、RLGSスポットマッピング法によって任意の生物の全ゲノム遺伝地図を高速に作成する技術開発を目的とした。その目的達成のために、1)RLGSのspotマーカーを用い遺伝的解析法により高速に全ゲノムの遺伝地図を作成する技術、2)より高速に目的遺伝子の近傍マーカーを得ることが重要であり、今回、これらの技術が完成した。RLGS Ver.1.8法をハムスターに応用した結果、シリアンハムスターのACN系とBIO14.6系の間のポリモルフィズムは3〜7%であったが、合計572個の多型マーカーを同定した。次にMap Managerによる連鎖解析を行い、34個のリンケージグループ(計1111.6cM)を含むgenetic linkage mapを完成させた。このうち、一つの連鎖群上のフランキングマーカー20.7cMの間に心筋症遺伝子(cm)をマップした。さらに、4つのフランキングマーカー(NaB265,NaB213,NdB212,Nab208)のFISH分析によってcmが、chromosome 9qa2.1-b1にあることを明らかにした。
以上のように、これまで遺伝的マーカーがほとんど得られていなかったシリアンハムスターにおける精密な全ゲノム遺伝地図の作成および心筋症遺伝子のマッピングにより、ポジショナルクローニングを効率化する全生物に応用可能な高速RLGSゲノムマッピング技術が確立した。このRLGSを用いた遺伝地図の作成法はきわめて有効であり、現在、アスパラガス等の植物にも応用している。

Research Products

• [Publications] Plass C.: "Comparative analysis of mouse Notl linking clones with mouse and human genomic sequences and transcripts" DNA Res.2. 27-35 (1995)
• [Publications] Okazaki Y.: "Direct detection and isolation of RLGS spot DNA marker tightly linked to a specitic trait using RLGS spot-bombing method" Proc. Natl. Acad. Sci. USA.92. 5610-5614 (1995)
• [Publications] Ohsumi T.: "Loss of hetrozy gosity in chromosome 1,5,7 and 13 in mouse hepatoma detected by systematic genome-wide scanning using RLGS genetic map" Biochem. Biophys. Res. Comm.212. 632-639 (1995)
• [Publications] Kuromitsu J.: "Programmed alterations of DNA methylation at CpG islands during blastformation of peripheral blood lymphocytes" DNA Res.2. 263-267 (1995)
• [Publications] Okazaki Y.: "Assignment of the hamster cardiomyopathy gene on chromosome 9 qa2.1-b1 using RLGS whole genome mapping" Nature Genetics. (in press). 253-360 (1995)
• [Publications] 大隅智也: "実験医学別冊「遺伝子工学ハンドブック」RLGS法" (株)羊土社(印刷中), (1996)