原始紅藻のゲノム情報を用いた真核生物の初期ゲノム進化の解析

2005 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 05J10695
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: 松崎 素道 東京大学, 大学院・理学系研究科, 特別研究員(PD) (00511396)
• Keywords: 紅藻 / イントロン / ゲノム / アラインメント

Research Abstract

本研究の目的は、真核生物の初期のゲノム進化の一端を明らかにするために、単細胞紅藻Cyanidioschyzon merolae(以下シゾン)のゲノムにおけるイントロンおよび代謝系遺伝子のレパートリーに着目し、真核生物のイントロンがどう進化してきたか、またゲノム中に見られる遺伝子レパートリーの多様性がどのように成立したのか、を解明することである。
本年度は、まずシゾンの全遺伝子を他の真核生物の相同遺伝子とアラインメントし、シゾンと他生物におけるイントロン挿入箇所を比較検討するための、自動遺伝子整列ワークベンチの構築を行った。これによりシゾンの全遺伝子について相同遺伝子とのアラインメントを数日間で完了することのできる態勢が整った。
イントロンの存在が予想されている26遺伝子・27ヶ所のうち、8ヶ所はイントロンであることの実験的な証拠がなく、また1遺伝子については発現しているかどうかも不明だった。まず5'-MPSS法の結果から、発現しているか不明だった1遺伝子について少ないながら発現していることが確かめられた。イントロンであることの確認については、予想されている以外にもイントロンが存在している可能性を鑑みて年度途中にタイリングアレイによって確認することを計画したが延期となっている。これについてはRT-PCRによる確認に切り替えて作業を進めているが遅れている。その一方で、来年度以降に計画していた類縁生物におけるイントロン位置の確認については、繰り上げて取り組んでおり現在2種から各7遺伝子についてイントロン位置を確認した。