1996 Fiscal Year Annual Research Report

蛋白質高次構造のDNAシグナル認識における役割

Research Project

Project/Area Number	06276104
Research Institution	Yokohama City University
Principal Investigator	西村善文横浜市立大学大学, 大学院・総合理学研究科, 教授 (70107390)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	山崎俊夫大阪大学, 蛋白質研究所, 助手 (60273710) 石井俊輔理化学研究所, 分子遺伝学研究室, 主任研究員 (00124785) 神藤平三郎東京薬科大学, 薬学部, 助教授 (80138966) 白木原康雄国立遺伝学研究所, 遺伝情報研究センター, 助教授 (20150287) 箱嶋敏雄奈良先端大学院大学, バイオサイエンス科, 教授 (00164773)
Keywords	蛋白質 / DNA / 転写因子 / NMR / X線結晶 / 高次構造 / 構造生物学 / 分子認識
Research Abstract	本研究班は「蛋白質高次構造のDNAシグナル認識における役割」を担当し、次のような成果を上げることができた。(1)Myb蛋白質のDNA結合ドメインのダイナミクスをNMRにより解析した結果、3個のリピート構造R1,R2,R3のうち、1番熱的に不安定なR2がマイクロ秒からミリ秒の程度で主鎖のコンホメーションが揺らいでいた。R2の疎水的なコアの内部に存在するギャップを埋めるようにミュータントを作製したらミュータントではR2は熱的に安定化しコンホメーションの揺らぎも抑えられたが特異的なDNA結合能と転写活性化能は低下した。R2に存在していた疎水性コアのギャップはDNAに結合するときのR2のコンホメーション変化のために必要であることがわかった。(2)大腸菌のリン酸転移情報伝達因子に関与するArcBのC末ドメインの立体構造をX線結晶によって解析した。全体として腎臓の形をしており6本のαヘリックスから成りその内4本はヘリックスバンドルを形成していた。(3)DNAの複製の終結に関与するタンパク質Tusと終結点のDNAのTerとの複合体の立体構造をX線結晶によって解析した。解析の結果なぜ複製が特異的なDNAで終結するのかの分子機構が議論できた。(4)大腸菌の2成分系制御系で有名な浸透圧応答調節因子OmpRのDNA結合ドメインの立体構造をX線結晶によって解析した。DNA結合モチーフとしてターンが非常に長いヘリックス・ターン・ヘリックス変異体モチーフであることがわかった。(5)Mybタンパク質が転写のコアクチベータであるCBPと結合することがわかった。

Research Products
(6 results)

All Other

All Publications (6 results)

[Publications] Ogata, K.: "The cavity in the hydrophobic core of Myb DNA-binding domain is reserved for DNA recognition and trans-activation" Nature Structural Biology. 3. 178-187 (1996)
[Publications] Kamada, K: "Structure of a replication-terminator protein complexed with DNA" Nature. 383. 598-603 (1996)
[Publications] Kato, M.: "Insights into multistep phosphorelay from the crystal structure of the C-terminal HPt domain of ArcB." Cell. 88. 717-723 (1997)
[Publications] Ping Dai: "CBP as a transcriptional coactivator of c-Myb." Genes & Development. 10. 528-540 (1996)
[Publications] Kondo, H.: "Escherichia coli positive regulator OmpR has a large loop structure at the putative RNA polymerase interaction site." Nature Structural Biology. 3. 28-31 (1997)
[Publications] Kusano, S.: "Promoter selectivity of Escherichia coli RNA polymerase Es70 and Es38 holoenzymes." J.Biol.Chem.26. 1998-2004 (1996)

1996 Fiscal Year Annual Research Report

蛋白質高次構造のDNAシグナル認識における役割

Principal Investigator

西村 善文 横浜市立大学大学, 大学院・総合理学研究科, 教授 (70107390)

Research Products

[Publications] Ogata, K.: "The cavity in the hydrophobic core of Myb DNA-binding domain is reserved for DNA recognition and trans-activation" Nature Structural Biology. 3. 178-187 (1996)

[Publications] Kamada, K: "Structure of a replication-terminator protein complexed with DNA" Nature. 383. 598-603 (1996)

[Publications] Kato, M.: "Insights into multistep phosphorelay from the crystal structure of the C-terminal HPt domain of ArcB." Cell. 88. 717-723 (1997)

[Publications] Ping Dai: "CBP as a transcriptional coactivator of c-Myb." Genes & Development. 10. 528-540 (1996)

[Publications] Kondo, H.: "Escherichia coli positive regulator OmpR has a large loop structure at the putative RNA polymerase interaction site." Nature Structural Biology. 3. 28-31 (1997)

[Publications] Kusano, S.: "Promoter selectivity of Escherichia coli RNA polymerase Es70 and Es38 holoenzymes." J.Biol.Chem.26. 1998-2004 (1996)

西村善文横浜市立大学大学, 大学院・総合理学研究科, 教授 (70107390)