1994 Fiscal Year Annual Research Report
RLGS法による癌DNA変化のスクリーニングと癌抑制遺伝子単離システムの開発
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06280243
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| Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
林崎 良英 理化学研究所, 真核生物研究室, 主任研究員 (70192705)
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| Keywords | restriction landmark genomic scanning (RLGS) / RLGS spot mapping / loss of heterozygosity(LOH) / amplification / LOH map / amplification map / RLGS Ver.1.8 / mouse hepatoma |
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| Research Abstract |
従来のRLGS法を根本的に改良したRLGS Ver.1.8の開発とその応用-マウスがん組織のDNA変化の系統的検出システムの開発を行った。RLGS Ver.1.8は、RLGS prototype(RLGS VEr.1.0)に比してラベリングの反応系の縮小化を行ない、フェノール抽出によるバッファー系の置換の必要性をなくしたため高速にRLGSパターンの生産ができるようにデザインしてある。マウスがん組織のDNAは、易発癌性のSV40T-antigenのトランスジェニックのC57BL/6とM.spretusのF1の肝臓ガン組織を用いた。コントロールとして正常の肝臓組織を用いた。
マウスにおいてNotI-PvuII-PstIの制限酵素をセットを用いて、我々がすでに染色体上にマッピングした323個に加えて、今回新たに229個のspotsをマッピングした(計552個)。これらのspotsは、一画面上で検出でき、一枚のフィルムにより全染色体上の552個の座位をスキャニングできる。また非多型spotではLOHの領域でかりにがん細胞が100%としてもの濃度が半分になる。しかし、マップしたspotsは、多型spotであるためspotの出現消失で識別できる。このマーカーを用いて、マウスの肝がん組織において、4番等に染色体高率に共通する欠失を検出することができた。
(結果)RLGSVer.1.8は従来の原法に比して約10倍のコストダウンとスペースの縮小化を可能とし、一日の処理能力も約10倍にあげることができた。RLGSVer.1.8を用いて1枚のゲルでマウスの全染色体を552個のspotsでスクリーニングできる地図を作成した。全ての生物種にも有効に適用可能なRLGS高速ゲノムマッピング法をさらに加速化した。RLGSspot mapping法は他の全ての生物種にも有効に適用可能であり、さらにC57BL/6とM.spretusのF1のがんDNAのRLGS画像を用いて、たった1枚のゲルで552個のmapped lociを系統的にloss of heterozygosity(LOH)および増幅(amplification)で検出することができた。以上のようにマウスのガン組織を用いて高速かつ効率的にLOHを検出することのできる系を確立し、これを用いると高速に全ゲノムのLOH amplification mapをマウスで作成できる。
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Research Products
(8 results)
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[Publications] Okazaki,Y.et al.: "A multiplex production system of RLGS gels-A new version of restriction landmark genomic scanning method(RLGS Ver.1.8)" Electrophoresis. 16. 197-202 (1995)
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[Publications] Okuizumi,H.et al.: "A single gel analysis of 573 dominant and codominant restriction landmark genomic scanning (RLGS)in interspecific……" Electrophoresis. 16. 253-260 (1995)
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[Publications] Hirotsune,S.et al.: "Spot mapping on the standard profile of restriction landmark genomic scanning (RLGS)of sorted chromosome20……" Genetics. 24. 593-596 (1994)
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[Publications] Hayashizaki,Y.et al.: "A genetic linkage map of the mouse using Restriction Landmark Genomic Scanning (RLGS)" Genetics. 138. 1207-1238 (1994)
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[Publications] Okazaki,Y.et al.: "A genetic linkage map of the mouse using an expanded production system of restriction landmark genomic scanning(RLGS Ver.1.8)" Fiochem.Fiophys.Res.Comm.205. 1922-1929 (1994)
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[Publications] Okazaki,Y.et al.: "Direct detection and isolation of RLGS spot DNA marker tightly linked to a specific trait using RLGS spot-bombing method" Proc.Natl.Acad.Sci.USA. in press.
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[Publications] Hayashizaki,Y.et al: "The Eneyolopedia of Molecular Biology:Fundamentals and Applictions" VOH publishers(in press),
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[Publications] Hayashizaki,Y.et al: "The single volume of the Enoyelopedia of Molecular Biology" VOH publishers(in press),
