1995 Fiscal Year Annual Research Report
DNAケ-センサを用いての高精度塩基配列決定法の開発
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06558103
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| Research Institution | Kobe University |
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Principal Investigator |
磯野 克己 神戸大学, 理学部, 教授 (70011640)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
桜井 利之 日立電子エンジニアリング, 技術本部研究部, 技師
本庄 淳子 神戸大学, 理学部, 助手 (30229249)
北川 円 神戸大学, 理学部, 教授 (70169853)
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| Keywords | トランスポゾン / PCR / 磁気ビーズ / 塩基配列決定 / ラムダファージDNA / base-caller / 対照,塩基配列データベース |
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| Research Abstract |
昨年,ラムダファージDNAについて得た多量の塩基配列の生データについて,得られたデータをデータベース中の既知データと比較し,これまでの日立SQ3000のbase-callerプログラムによる配列決定の精度とその問題点を検討した。その結果,配列精度については実験データによってかなりのふれはあるものの,決定塩基数が300塩基までについては,95-98%の精度で決定できるが,400塩基までとすると90-96%の精度に低下し,さらに500塩基までになるとこの精度は試料によって大きな差異を生じ,高々90%程度まで低下することがわかった。そこで,各塩基の間の間隔(ピークの時間間隔)を測定し統計処理を行ない,3'末端から10,20および30塩基の配列中のそれぞれの塩基の含量と電気泳動時のピーク間隔との関連を調べ,塩基配列と電気泳動の易動度の特色に関して構築したデータベースをもとに,各電気泳動レーン間の各塩基の間のピークの時間間隔を測定し,それによって補正を図るようにbase-callerを変更した。それによって,従来のbase-callerに比較して塩基配列決定の精度の向上が見れられ,300塩基までの配列決定では97-100%,また400塩基までの配列決定についても94-98%の精度で決定できるようになった。ただし,400塩基以上については必ずしも配列決定の精度の向上は見られず,試料やゲルの調製などに大きく依存することがわかった。実際のゲノム解析プロジェクトにこの方法を応用したときの評価も通常400塩基まで程度が限度であり,これ以上の精度の向上はゲル担体など,他の改良に依存することがわかった。
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[Publications] Isono, K.: "Characteristic features of the nucleotide sequences of yeast mitchondrial ribosomal protein genes as analyzed by computer program GeneMark." DNA Research. 1. 263-269 (1995)
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[Publications] Moriya, H.: "Cloning and characterization of the hrpA gene in the terC region of Escherichia coli that is highly similar to the DEAH family RNA helicase genes of Saccharomyces cerevisiae." Nucleic Asids Research. 23. 595-598 (1995)
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[Publications] Hirosawa, M.: "Computer survey for likely genes in the one megabase contiguous genomic sequence data of Synechocysits sp. strain PCC6803." DNA Research. 2. 239-246 (1995)
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[Publications] Tanaka, S.: "Systematic mapping and characterization of ARS's of Saccharomyces cerevisiae chromosome V using a novel strategy." Yeast. 12. 101-113 (1996)
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[Publications] Isono, K.: "In : Proceedings of the First International Symposium on Deep Mycosis" Characterization of the genome of Saccharomyces cerevisiae and comparison with the genome of Candida albicans.(印刷中), (1996)
