1994 Fiscal Year Annual Research Report
分子進化学的手法によるC型肝炎ウイルスの遺伝子分類とその臨床応用
| Project/Area Number |
06670571
|
|---|
| Research Institution | Nagoya City University |
|---|
Principal Investigator |
溝上 雅史 名古屋市立大学, 医学部, 助手 (40166038)
|
|---|
| Research Abstract |
【目的】C型肝炎ウイルス(HCV)の分類は各種存在し現在混乱状態にある。そこで、HCVの遺伝子の変異度を利用して分子系統樹を作製し、分子系統樹からHCVの分類を試みた。
【対象と方法】5′non-coding(5′UTR),core,E1,NS5領域の分子系統樹をneighborjoining法で作成した。解析に使用したHCV株は計658株である。各領域のtypeとsubtypeを明確にするため、各領域毎にtype内とsubtype内の変異度を計算し、その平均(M)と標準偏差(SD)を算出し、M+2SD以内をsubtypeとし、それ以上をtypeとした。
【結果】作成された系統樹から、core領域では6つのtypeとと32のsubtype、E1領域では6つのtypeと27のsubtypc、NS5領域では6つのtypeと30のsubtypeに分類された。5′UTR領域の系統樹では、type1とtype6の株がclusteringし両者を分類できず、また、type4も完全に2つの分類された。これらの系統樹からHCVは6つのtypeの少なくとも37のsubtypeに分類された。また、core,E1,NS5各領域のtypeとsubtypeの変異度のM±2SDはどの領域でもoverlapするためにtypeとsubtypeを明確に分類することはできなかった。
【考案】core,E1,NS5領域ではHCVは、6つのtypeと37のsubtypeに分けられたが、5′UTR領域ではtypeすら分類出来なかった。さらに、分子系統樹上でclusteringしている株でも、特にtype3,4,6に含まれるHCV株の変異度は、既知のsubtypeの変異度より大きった。このことは、現在使用されている分類法ではtypeとsubtypeを明確に区別することが出来ないことを意味している。さらに、このことは新たに分離したHCV株の分類する際に混乱を生ずることを意味し、今後早急に新しい分類が必要であると思われた。
【結語】HCVの分類は、今後臨床的な側面も考慮した新たな分類が必要であると思われた。
|
Research Products
(6 results)
-
[Publications] Orito E,Mizokami M,Nakano T,et al.: "Serum hepatitis C vlrus RNA level as a predictor of subsequent response to interferon-alfa therapy in Japanese patlents with chronic hepatitis C." Journal of Medical Virology. 44. 410-414 (1994)
-
[Publications] Ina Y,Mizokami M,Ohba K,et al.: "Reducttion of synonymous substitutions in the core protein gene of hepatitis C virus." Journal of Molecular Evolution. 38. 50-56 (1994)
-
[Publications] Suzuki K,Mizokami M,Lau JYN et al.: "Confirmation of hapatitis C virus transmission through neediestick accidents by molecular evolutionary analysis." Journal of Infectious Diseases. 170. 1575-1578 (1994)
-
[Publications] Koskinas J,Tibbs CJ,Mizokami M,et al.: "Cellular and Humoral immune reactions against autoantigens and hepatitis C viral antigens in chronic hepatitis C." Gastroenterology. 107. 1436-1442 (1994)
-
[Publications] Ohno T,Mizokami M,Tibbs CJ,et al.: "Nucleotide sequence of the core region of hepatitis C virus in Pakistan and Bangladesh and the geographic characterisation of hapatitis C virus in South Asia." Journal of Medical Virology. 44. 362-368 (1994)
-
[Publications] Mizokami M,Cojobori T,Lau JYN.: "Molecular evolutionary Virology:Its appiication to hepatitis C virus." Gastroenterology. 107. 1181-1182 (1994)
