虹彩・肛門・心臓の発生傷害に関連する遺伝子群のポジショナルクローニング

1995 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 06670824
• Research Institution: Keio University
• Principal Investigator: 蓑島 伸生 慶應義塾大学, 医学部, 講師 (90181966)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 清水 信義 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (50162706)
• Keywords: 猫眼症候群 / 染色体ソーティング / マーカー染色体 / コスミドライブラリー / YACコンティグ / BACライブラリー / BAC / コスミドコンティグ / ゲノミックシーケンシング

Research Abstract

これまでに、猫眼症候群患者由来マーカー染色体を材料に用い、猫眼症候群領域特異的な大規模(約9,200クローン、重複度:10)コスミドライブラリーの作製を行なうとともに、コスミドクローンから確立したSTSでYACをスクリーニングしてYACコンティグを構築した。本年度は当教室で新たに作製したヒト全ゲノムBAC (Bacterial Artificial Chromosome)ライブラリー(約100,000クローン、平均長:110kb、重複度:3.2)も利用し、以下の結果を得た。
(1)コスミドライブラリーから高密度クロニ-フィルター(HDR, 1,536クローン/フィルター)を作製し、既に構築したYACコンティグのクローンをプローブに用いてハイブリダイゼーションを行なって、1,131クローンのコスミドを同定した。
(2)同様にヒト全ゲノムBACライブラリーをスクリーニングし、猫眼症候群領域のBACクローンを39個得た。
(3)得られたコスミドとBACクローンに対して、D22S9, D22S43, D22S57等のDNAマーカーとc1H9, c1B8, c1B1等のコスミドクローンの計10個を起点プローブとしてコロニーまたはサザンハイブリダイゼーションを行ない、順次ウォーキングを進めた結果、3群のコンティグ(セントロメア側から順にコンティグI、II、III)を得た。コンティグI、II、IIIはそれぞれD22S9, D22S43, D22S57を含み、他の起点もすべてこれらのコンティグに包含された。それらのコンティグはBAC7クローンとコスミド24クローンからなり、全長は700kbに達した。最大のコンティグ(D22S57を含む)はコスミド9クローン、BAC5クローンからなり、380kbの長さを持つ。
最近、新たにクローンの末端をPCRで増幅するベクトレット法を採用し、さらに効率のよいウォーキングを開始した。また、ゲノミックシーケンシングおよびエキソントラッピングも開始している。

Research Products

• [Publications] Kawasaki, K.: "The Organization of the human immunoglobulin λ gene locus" Genome Research. 5. 125-135 (1995)
• [Publications] Wang, Y.: "Cot-1 banding of human chromosomes using fluorescence in situ hybridization with Cy3 labeling" Jpn. J. Human Genet.40. 243-252 (1995)
• [Publications] Chen, H.: "Single-minded and Down syndrome?" Nature Genet. 10. 9-10 (1995)
• [Publications] Hattori, N.: "Structural organization and chromosomal localization of the human nuclear gene (NDUFV2) for the 24-kDa iron-sulfur subunit of complexI in mitochosrial respiratory chain." Biochem. Biophys, Res. Commun.216. 771-777 (1995)
• [Publications] Osoegawa, K.: "An integrated map with cosmid/PAC contigs of a 4-Mb Down syndrome critical region" Genomics. (in press).