DNAデータベースを中心とする生命情報学データベースの構築に関する研究

1995 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 07041155
• Research Institution: National Institute of Genetics
• Principal Investigator: 五條掘 孝 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (50162136)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): SIMON Eastea オーストラリア国立大学, 教授 ; 北上 始 広島市立大学, 情報科学部, 教授 (50234240) ; 磯野 克己 神戸大学, 理学部, 教授 (70011640) ; 今西 規 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 助手 (80270461) ; 池尾 一穂 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 助手 (20249949) ; 斎藤 成也 国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 助教授 (30192587) ; 館野 義男 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (00202424)
• Keywords: データベース / DNA / タンパク質 / DDBJ / Gen Bank / 生命情報学 / EMBL

Research Abstract

(1)館野が5月7日〜12日にNCBI(米国)のDNAデータベース構築の実態調査を行なった。特に,WWWを用いたデータサブミッションツールの開発状況や,各データバンクで開発し使用しているデータベース構築ツールの比較を行なった。
(2)北上が7月14日〜23日にEBI(英国)に滞在し,DNAデータベース構築の実態調査を行なった。
(3)五條掘が9月14日〜21日にEBI(英国)とジャックモノ-研究所(フランス)を訪問し,EMBLデータベース(塩基配列)を中心とする欧州の生命情報科学データベースを比較調査した。
(4)斎藤が9月17日〜28日に英国・フランス・ドイツを訪問 し,塩基配列とアミノ酸配列データベースをはじめとする欧州の様々な生命情報科学データベースを比較調査した。
(5)国際DNAデータバンク諮問委員でもある磯野が11月28日〜12月3日にNCGR(米国)のDNAデータベース構築の実態調査を行なった。特に,米国内におけるNCBIとの関係について,欧米の諮問委員とともに検討を行なった。
(6)五條堀が12月3日〜7日にインドを訪問し,インドにおける生命情報科学データベース利用およびインターネット利用の現状を調査した。
7)今西が10月24日〜11月1日にNCBI(米国)を訪れ,様々な生命情報科学データベースを比較調査した。
(8)五條堀と館野が3月1日〜3日に韓国を,斎藤と池尾が3月 25日〜29日に中国を訪れ,各国における生命情報科学データベース利用およびインターネット利用の現状を調査した。
8月20日〜30日にオーストラリアのデータベース利用研究者であるオーストラリア国立大学のイ-スティール教授を国立遺伝学研究所に招聘し,DDBJの生命情報学データベース構築方法の評価と助言を行なった。

Research Products

• [Publications] Ikeo,K.,K.Takahashi,and T.Gojobori: "Different Evolutionary Histories of Kringle and Protease Domains in Serine Proteases -A Typical Example of Domain Evolution." Journal of Mol.Evol.40. 331-336 (1995)
• [Publications] Ohba,K.,M.Mizokami,T. Ohno,K. Suzuki,E.Orito,Y.Ina JYN.Lau,and T.Gojobori: "Classification of hepatitis Cvirus into major types and subtypes based on molecular evolutionary analysis." Virus Research. 36. 201-214 (1995)
• [Publications] Shiina,T.,A.Ando,T.Imanishi,H.Kawata,K.Hanzawa,T.Gojobori,H,Inoko,and S.Watanabe: "Isolation and characterization of cDNA clones for Japanese quail(Coturnix japonica)major histocompatibility complex(MhcCoja)class I molecules." Immunogenetics. 42. 213-216 (1995)
• [Publications] Geng,L.,T.Imanishi,K.Tokunaga,D.Zhu,N.Mizuki,S.Xu,Z.Geng,T.Gojobori,K.Tsuji,H.Inoko: "Determination of HLA class II alleles by genotyping in a Manchu population in the northern part of China and its relationship with Han and Japanese populations." Tissue Antigens. 46. 111-116 (1995)
• [Publications] Ohba,K.,M.Mizokami,T.Ohno,K.Suzuki,E.Orito,J.Y.N.Lau,Y.Ina,K.Ikeo,and T.Gojobori: "Relationships between serotypes and genotypes of hepatitis B virus:genetic classification of HBV by use of surface genes." Virus Research. 39. 25-34 (1995)
• [Publications] Perriere,G.,I.Moszer,and T.Gojobori: "NRSub:a non-redundant database for Bacillus subtilis." Nucleic Acids Research.(oxford UniversityPress). 24. 41-45 (1996)
• [Publications] Kitakami,H.,T.Shin-I,K.Ikeo,Y. Ugawa,N.Saitou,T.Gojobori,and Y.Tateno: "YAMATO AND ASUKA:DNA Database Management System.Proceedings of the 28th Annual Hawaii Int'l Conf.on System Sciences." IEEE Computer Society Press, 362 (1995)
• [Publications] Ren,F.,H.Tanaka,N.Fukuda,and T.Gojobori: "Molecular Evolutionary Phylogenetic Trees Based on Minimum Description Length Principle.Proceedings of the 28th Annual Hawaii Int'l Couf.on System Sciences." IEEE Computer Society Press, 362 (1995)
• [Publications] Ren,F.,H.Tanaka,and T.Gojobori: "Construction of Molecular Evolutionary Phylogenetic Trees from DNA Sequences Based on Minimum Complexity Principle." Computer Methods and Programs in Biomedicine,Elsevier, 200 (1995)
• [Publications] Gojobori,T.,and K.Ikeo: "Sequence Divergence Estimation.In:Molecular Biology and Biotechnolo gy.:A Comprehensive Desk Reference." VCH Publishers,Inc., 1034 (1995)
• [Publications] Gojobori,T.,T.Endo,and K.Ikeo: "Evolution of Genes and the DNA Database-Implications for Bioremediation-.Bioremediation:Tokyo'94 Workshop. OECD Documents." OECD Publications, 653 (1995)
• [Publications] Gojobori,T.,T.Endo,and K.Ikeo: "Domain evolution of serine protease and its inhibitor genes.In:Tracing Biological Evolution in protein and Gene Structures." Elsevier Science B.V., 314 (1995)