DNAデータベースを中心とする生命情報学データベースの構築に関する研究

1996 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 07041155
• Research Institution: National Institute of Genetics
• Principal Investigator: 五條堀 孝 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (50162136)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): BRYANT Steve NCBI, 研究室長, Ph. D ; 北上 始 広島市立大学, 情報科学部, 教授 (50234240) ; 小林 薫 (深海 薫) 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 助手 (20225494) ; 今西 規 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 助手 (80270461) ; 斎藤 成也 国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 助教授 (30192587) ; 菅原 秀明 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (80231372) ; 西川 建 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (10093288) ; 舘野 義男 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (00202424)
• Keywords: データベース / DNA / タンパク質 / DDBJ / GenBank / 生命情報学 / EMBL

Research Abstract

1.DNAデータベース国際共同構築を円滑に押し進めるため、以下の通りNCBIとEBIにおいてDNAデータベース構築の実態調査を行った。(1)西川が8月にEBIを訪問し、新しいデータサブミッションツールの調査を主体とした実態調査を行った。(2)五條堀が9月に、舘野が11月にEBIを訪問し、データベース構築に関する実態調査を行った。(3)北上が11月にNCBIが最近開発した新しいデータサブミッションツール(Sequin)の調査を行った。(4)菅原が1月にNCBIを訪問し、WWWによるデータベース検索方法の調査、DNAデータベースと他のデータベースとのリンクの調査を行った。
2.米国と欧州等における様々な生命情報科学データベースの利用状況を以下の通り比較調査した。(1)8月に西川がアムステルダム大学(オランダ)、斎藤がブタペスト高等研究所(ハンガリー)及びハンブルグ大学(ドイツ)、9月に五條堀がパスツール研究所(フランス)、11月に舘野がワイズマン科学研究所(イスラエル)、2月に舘野、小林がパスツール研究所(フランス)を訪問し、主に欧州における比較調査を行った。(2)小林(9月)・北上(11月)・菅原(1月)がNCBIを訪問し、米国における比較調査を行った。
3.11月に五條堀・今西がソウル大学(韓国)、1月に舘野・斎藤が中央研究院(台湾)、2月に菅原・斎藤が中国科学院微生物研究所(中国)を訪問し、近年生命情報科学の研究が盛んに行われてきている日本周辺のアジア諸国における生命情報科学データベース利用の現状を調査した。
4.DNAデータベースのうち、最近登録され始めた大規模なゲノムデータのデータベースの構築と利用について、2月に舘野・小林がEBIを訪問し、同じく2月に今西がNCBIを訪問し、それぞれ研究調査を行った。

Research Products

• [Publications] Perriere,G.: "NRSub : a non-redundant database for Bacillus subtilis." Nucl.Acids Res.24・1. 41-45 (1996)
• [Publications] Ohba,K.: "Evolutionary relationship of hepatitis C,pesti-,flavi-,plantviruses,and newly discovered GB hepatitis agents." FEBS Lett.378. 232-234 (1996)
• [Publications] Endo,T.: "Large-scale search for genes on which positive selection may operate." Mol.Biol.Evol.13・5. 685-690 (1996)
• [Publications] Fumihito A.: "Monophyletic origin and unique dispersal patterns of domestic fowls." Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.93・13. 6792-6795 (1996)
• [Publications] Shiga,H.: "Identification of multiple HIV-1 cytotoxic T-cell epitopes presented by human leukocyte antigen B35 molecules." AIDS. 10. 1075-1083 (1996)
• [Publications] Taniguchi,Y.: "Cloning,sequencing,and chromosomal localization of two tandemly arranged human pseudogenes for the proliferating cell nuclear antigen (PCNA)." Mammalian Genome. 7. 906-908 (1996)
• [Publications] Tateno,Y.: "DNA data bank of Japan in the age of information biology." Nucl.Acids Res.25・1. 14-17 (1997)
• [Publications] Perriere,G.: "The NRSub database : update 1997." Nucl.Acids Res.25・1. 53-56 (1997)
• [Publications] Nakamura Y.: "Codon usage tabulated from the international DNA sequence databases." Nucl.Acids Res.25・1. 244-245 (1997)
• [Publications] Tateno,Y.: "Evolutionary motif and its biological and structural significance." J.Mol.Evol.(Spec ial Issue). 44・1. 38-43 (1997)
• [Publications] Watanabe,H.: "Genome plasticity as a paradigm of eubacteria evolution." J.Mol.Evol.(Special Issue). 44・1. 57-64 (1997)
• [Publications] Mizokami,M.: "Constrained evolution of hepatitis B virus with overlapping genes." J.Mol.Evol.(Special Issue). 44・1. 83-90 (1997)
• [Publications] Yamaguchi,Y.: "Evolutionary mechanisms and population dynamics of the third variable envelope region of HIV within single hosts." Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.94. 1264-1269 (1997)
• [Publications] Imanishi,T.: "Ethnoepidemiology of Cancer. (Eds.,K.Tajima and S.Sonoda)" Japan Scientific Societies Press,Tokyo/CRC Press,Boca Raton., 223 (1996)
• [Publications] Koike,T.: "Proceeding of the seventh workshop on Genome Informatics" Universal Academy Press, 284 (1996)
• [Publications] Yamamoto,H.: "Proceeding of the seventh workshop on Genome Informatics 1996,,Tokyo" Universal Academy Press, 284 (1996)