1997 Fiscal Year Annual Research Report
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07280101
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
郷 信広 京都大学, 大学院・理学研究科, 教授 (50011549)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
美宅 茂樹 東京農工大学, 工学部, 教授 (10107542)
西川 建 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (10093288)
輪湖 博 早稲田大学, 社会科学部, 教授 (60158607)
由良 敬 名古屋大学, 大学院理学研究科, 助手 (50252226)
木寺 詔紀 京都大学, 大学院・理学研究科, 助教授 (00186280)
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| Keywords | タンパク質 / 立体構造 / 構築原理 / 構造比較 / 構造予測 / 立体構造基本型 / スレッティング / モジュール |
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| Research Abstract |
本研究班「比較・予測・デザイン」は二つのグループ、「比較・予測」と「デザイン」からなる。
「比較・予測」
このグループの課題は、データベース中に大量に蓄積されているタンパク質の立体構造を用いて、〔1〕それらを比較することにより立体構造を「基本型」に分類し、〔2〕その知見に基づいて立体構造そしてその機能を予測する方法を開発することである。9年度は、今まで2年間の成果である分類で得られた基本構造を種々の構造レベルで記述した。記述のレベルは、全体構造レベル(木寺)、部分構造レベル(輪湖)、モジュールレベル(由良)、原子レベル(郷)の4種類である。そして、その基本構造の結果を用いた構造予測法を開発した。構造予測法は、大まかな立体構造を予測するthreading(西川)、類縁タンパク質の立体構造を予測するホモロジーモデリング(横山)、膜タンパク質の膜貫通へリックスの配置を予測する方法(美宅)である。
「デザイン」
このグループの課題は、「比較・予測」グループ及び「安定性・ダイナミクス・折れたたみ」班(A02班)の研究によって明らかにされたタンパク質立体構造の構築原理に基づいて人工的なタンパク質をデザインし、実際にそのタンパク質を作ることによって原理を検証することにある。9年度は、モジュール置換タンパク質の安定性、立体構造の解析(石森)、ラクトアルブミンのアミノ酸置換による立体構造と安定性とアミノ酸を変異したリゾチームと抗体との相互作用の解析(熊谷)、ランダム配列のタンパク質の物性と配列との相関の解析(四方)を行った。
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[Publications] N.Go: "ATP binding proteins with different folds share.a common ATP-binding structural metif" Nature Structural Biology. 4・1. 6-7 (1997)
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[Publications] A.Kidera: "Membrane surface structure and proton pathway of bacteriorhodopsin analyzed by electron crystallogrophy." Nature. 389. 206-211 (1997)
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[Publications] K.Yura: "The homeodomain-like putative product of plastid genome : A possile role in plastid differeutiation." Res.Commu.Biochem.Cell & Mol.Biol. 1. 79-81 (1997)
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[Publications] H.Umeyama: "Prediction of Protein Side-chain Con formations by principal component Analysis for Fixed Main-chain Atoms" Protein Eng.10・4. 353-359 (1997)
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[Publications] T.Yomo: "Thermal conversion from low-to high-activity forms of catalase I.from Bacillus stearo thermophilus." J.Biol.Chem. 272. 23011-23016 (1997)
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[Publications] H.Wako: "A novel method to detect a motif of local structures in different protein comformations" (1998)
