ヒト染色体21番の疾病関連遺伝子の組織的検索と高精度地図作成

1997 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 07558295
• Research Institution: The Institute of Physical and Chemical Research (RIKEN)
• Principal Investigator: 添田 栄一 理化学研究所, ジーンバンク室, 副主任研究員 (00039330)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 細川 桂一 バイオ微生物研究所, 所長
• Keywords: 筋萎縮側鎖硬化症 / ダウン症 / PCRスクリーニング / 大腸菌人工染色体 / ショットガンシークエンス

Research Abstract

大腸菌人工染色体(PAC)がコスミドより安定、かつ、信頼できるゲノムクローンであり、かつ、シークエンスの直接材料になることから、平成9年度では、全面的にPACに切り替えた。すなわち、ヒト全ゲノムの約20倍量をカバーできるPACクローン52万株を導入し、PAC末端の直接シークエンスとPCRによる三次元スクリーニングを併せた染色体歩行法を確立した。ただし、この物理地図から遺伝子を同定するCpGタッグ法はまだ煩雑であり、これにかえPACのシークエンス解析が疾病関連遺伝子等の発見に効果的であると結論ずけた。具体的には
1.ダウン症領域に隣接するAML1-GART-筋萎縮側鎖硬化症(ALS)領域までの3.5メガベースをPACに置き換えたゲノム物理地図を完成した。
2.CpGアイランドを含む175kbのPACクローンの全シークエンスをショットガン法で完成した。その遺伝子解析から新規遺伝子としてCBR3と3つ偽リボゾーム遺伝子を発見、同定を行ない、ダウン症病原遺伝子の候補とした。

Research Products

• [Publications] Soeda,E.: "Cosmid Assembly and Anchoring to Human Chromosome 21" Genomics. 25. 73-84 (1995)
• [Publications] Miyoshi,H.: "Alternative Splicing and Genomic Structure of the AML1 Gene Involved Acute Myeloid Leukemia" Nucl.Acids Res.23. 2762-2769 (1995)
• [Publications] Osoegawa,K.: "An Integrated Map with Cosmid/PAC Contigs of 4-Mb Down Syndrome Critical Region" Genomics. 32. 375-387 (1996)
• [Publications] Osoegawa,K.: "Potential CpG-rich islands clustering around single-minded gene in Down syndrome critical region" Mammalian Genome. 7. 461-463 (1996)
• [Publications] Ohta,T.: "Isolation of a cosmid clone corresponding to an inv(21) breakpoint of a patient with transient abnormal myelopoiesis" Am.J.Hum.Genet.58. 544-550 (1996)
• [Publications] Osoegawa,K.: "A 19-kb CpG island associated with single-minded gene in Down syndrome chromosomal region." DNA research. 3. 1-5 (1996)
• [Publications] 添田栄一: "パルスフィールドゲル電気泳動法14「新遺伝子工学ハンドブック」" 羊土社, 106-110 (1996)
• [Publications] 添田栄一: "ヒトゲノム解析計画の成果と展望-ダウン症の病理解明-「Misc.Publ.Natl.Inst.Seric.Entomol.Sci.」" 蚕糸昆虫研, 13-22 (1996)