イワシのミトコンドリアDNA塩基配列による系群判定法の開発

1996 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 07660249
• Research Institution: Kyushu University
• Principal Investigator: 大嶋 雄治 九州大学, 農学部, 助手 (70176874)
• Keywords: ミトコンドリア遺伝子 / 資源解析 / 塩基配列 / イワシ

Research Abstract

【目的】本研究では,分子生物学的手法を用いてイワシ3種の遺伝的関係を明らかにし,資源解析への応用を検討した。
【方法】1995年7月から8月に長崎,宮崎,鳥取,宮城沖および北海道東沖で採取されたマイワシSardinops melanostictusとカタクチイワシEngraulis japonicus,および長崎沿岸で採取されたウルメイワシEtrumeus teres,の筋肉組織からフェノール-クロロホルム法によりトータルDNAを抽出後,PCRを行い,ミトコンドリアにおけるシトクロムb遺伝子とD-loop遺伝子、および核DNAにおけるITSの断片を増幅した。次に目的の断片を精製し,ダイレクトシーケンス法により塩基配列を決定した。得られた配列をClustal-Wでアライメントした後,遺伝距離を木村の2パラメーター法により計算した。
【結果】塩基配列をアライメントした結果,シトクロムbでは3種とも307塩基長でギャップはなく,3種間の遺伝距離は0.22〜0.28であった。一方,ITSでは,537〜563塩基長,D-loopでは552〜843塩基長と3種間に差があり,50箇所以上のギャップがみられた。遺伝距離は,ITSが0.31〜0.70,D-loopが0.92〜1.32と,D-loopが他の2遺伝子よりも大きく変異率が高かったため,系群解析に適していると考えられた。マイワシとカタクチイワシで系群解析を試みた結果,有意な差が認められず,日本沿岸の両魚種ともに系統群は1つと推定された。