分子動力学計算とTRNOE測定による血清アルブミン結合薬物の配座解析

1995 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 07672325
• Research Category: Grant-in-Aid for General Scientific Research (C)
• Research Institution: Kitasato University
• Principal Investigator: 広野 修一 北里大学, 薬学部, 教授 (30146328)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 中込 泉 北里大学, 薬学部, 助手 (30237242) ; 山乙 教之 北里大学, 薬学部, 助手 (60230322) ; 合田 浩明 北里大学, 薬学部, 助手 (60276160) ; 松下 泰雄 北里大学, 薬学部, 講師 (40050653)
• Keywords: 分子動力学法 / 立体配座解析 / NMR / TRNOE / 血清アルブミン / 結合配座

Research Abstract

1.分子動力学配座解析プログラムの作成
高温分子動力学法による自動配座解析のためのプログラム(C言語使用)を完成させた。
2.人血清アルブミン-Site I結合薬物複合体のTRNOE測定
Site I結合薬物として、oxyphenbutazone、ε-dansyl-L-lysine、furosemideの3種を用い、人血清アルブミンとこれら薬物の調製を行い、北里大学薬学部所有のNMR装置(バリアン、400MHz)を使用し、TRNOEを測定した。
3.人血清アルブミン-Site I結合薬物の配座解析
作成した分子動力学自動配座解析プログラムを用い、上記3種の薬物分子の高温分子動力学計算(1000K、タイムステップ0.1fs、サンプリング時間1ns)を行い、構造の異なる安定配座をサンプリングした(最安定配座から構造エネルギーが～10kcal/molの範囲の配座を収集)。分子動力学計算には当研究室所有のCACheシステム(ソニーテクトロニクス(株))の力場を用い、静電項を除いた-ES力場で行った。
配座解析からサンプリングされたコンフォマー集団から、TRNOEの距離拘束条件を満たす配座を選び出した。選出された配座からさらに立体配座を類似性で分類した結果、oxyphenbutazoneでは1個、ε-dansyl-L-lysineでは17個、furosemideでは5個の代表コンフォマーが得られた。現在、ε-dansyl-L-lysineとfurosemideの結合配座を確定させるために、こららSite I結合薬物間での立体構造上の共通特徴抽出を行っている。