2008 Fiscal Year Annual Research Report
ボランティアコンピューティングにおける通信オーバーヘッド削減に関する研究
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07J55401
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
ハイエン E M Osaka University, 大学院・情報科学研究科, 特別研究員(DC1)
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| Keywords | inSilicoIDE / MPI / クラスタ / 生体シミュレーション / 自動並列化 / 通信最小化 / 並列計算理論 / ボランティアコンピューティング |
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| Research Abstract |
本研究の目的は,PCクラスタやグリッドやボランティアコンピューティング環境で稼働する生体シミュレーションを作成することである.この生体シミュレーションは,大阪大学基礎工学研究科の野村研究室と共同でinSilicoIDEモデル開発プラットフォームを開発した.
inSilicoIDEが作成する生体シミュレーションの最適化に関する研究を行い,会議で成果を発表した.生体シミュレーションとは,微分方程式と関数からなる.シミュレーションの最適化は通信を最小し,計算速度を向上することである.通信の最小方法は通信依頼性による計算を区別し,適切に計算を複数の計算機に分割する.これからは複雑な偏微分方程式に基づくシミュレーションのため研究と開発を行う予定がある.このシミュレーションは大規模で,クラスタやスパコンなどで実行する必要がある.
ボランティアコンピュティーング環境で複雑なプログラムを開発するのは困難である.様々な環境で並列プログラムを開発するため,Python言語でPyMWの並列計算ライブラリを開発し公開した.PyMWとは,複数環境でマスターワーカー型並列計算を実装する機能を提供するライブラリである.PyMWを使用するプログラムで並列環境を設定し,PyMWが環境の特徴と通信ネットワークに合わせるため適切な関数を利用する.PyMWライブラリでシミュレーションと他の並列計算が様々な並列環境で効率的に実行することを確認できている.これからはPyMWの機能を拡張し,デスクトップグリッドの環境を追加する予定がある.
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