1999 Fiscal Year Annual Research Report

ゲノムの生物知識情報

Research Project

Project/Area Number	08283103
Research Institution	Kyoto University
Principal Investigator	金久實京都大学, 化学研究所, 教授 (70183275)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	久原哲九州大学, 大学院・生物資源環境科学研究所, 教授 (00153320) 宮野悟東京大学, 医科学研究所, 教授 (50128104) 高木利久東京大学, 医科学研究所, 教授 (30110836) 阿久津達也東京大学, 医科学研究所, 助教授 (90261859) 松田秀雄大阪大学, 大学院・基礎工学研究所, 助教授 (50183950)
Keywords	ゲノム解析 / 遺伝子機能予測 / タンパク質立体構造予測 / データベース / ネットワーク / 分子間相互作用 / パスウェイ / 遺伝子疾患
Research Abstract	国際的なレベルで進行中のゲノム解析計画では、すでに多くの生物種で全ゲノム塩基配列決定が終了したが、そのいずれにおいても機能未知の遺伝子が半分前後も残っている。本研究計画はゲノム情報に基づく生物学の知識の体系化と、新しい情報処理技術によるゲノムの機能予測法の開発を大きな研究目的としている。とくに、ゲノム解析がもたらす遺伝子カタログすなわち生命系の部品の情報から、生命系の機能に関するシステムレベルの情報がいかに解読できるのか、その情報構築原理を理解し、実際のゲノムの解析に適用することを目指している。今年度の主な研究成果は以下の通りである。(1)代謝系や制御系など、生命現象のシステム的側面を分子間相互作用のネットワークして表現し、ゲノムの情報と統合したデータベースKEGGの構築を継続した。KEGGを用いたネットワーク予測の方法を確立し、30種類のゲノムにおいてパスウェイ予測を行った。(2)文献中のテキストとして表現された専門知識を自動的に抽出する技術を精密化し、タンパク質名辞書の作成を継続した。(2)遺伝子発現プロフィールの変化からその背後にある遺伝子ネットワークを予測する方法の開発を行い、酵母のマイクロアレイによる発現プロフィールの解析を行った。(4)遺伝子疾患に関するデータベースの構築を継続し、また情報収集・管理のためのインターネット技術の開発と実用化を行った。なお、本研究の成果はゲノムネットサービス(http://www.genome.ad.jp/)として国際的に提供している。

Research Products

(8 results)

All Other

All Publications (8 results)

[Publications] Kanehisa, M. and Goto, S.: "KEGG : Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes"Nucleic Acids Research. 28. 27-30 (2000)
[Publications] Goto, S., Nishioka, T. and Kanehisa, M.: "LIGAND : chemical database for enzyme reactions"Nucleic Acids Research. 28. 380-382 (2000)
[Publications] Tsunoda, T. and Takagi, T.: "Estimating transcription factor bindability on DNA"Bioinformatics. 15. 622-630 (1999)
[Publications] Matsuno, H., Doi, A., Nagasaki, M., and Miyano, S.: "Hybrid Petri net representation of gene regulatory network"Pacific. Symp. Biocomput.. 5. 341-352 (2000)
[Publications] matsuda, H., Ishihara, T., Hashimoto, A.: "Classifying molecular sequences using a linkage graph with their pairwise similarities"Theoret. Comput. Sci.. 210. 305-325 (1999)
[Publications] Akutsu, T. and Miyano, S.: "On the approximation of protein threading"Theoret. Comput. Sci.. 210. 261-275 (1999)
[Publications] Kanehisa, M.: "Post-genome Informatics"Oxford University Press. 148 (2000)
[Publications] Asai, K., Miyano, S. and Takagi, T.: "Genome Informatics Workshop 1999"Universal Academy Press, Inc.. 373 (1999)

1999 Fiscal Year Annual Research Report

ゲノムの生物知識情報

Principal Investigator

金久 實 京都大学, 化学研究所, 教授 (70183275)

Research Products

[Publications] Kanehisa, M. and Goto, S.: "KEGG : Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes"Nucleic Acids Research. 28. 27-30 (2000)

[Publications] Goto, S., Nishioka, T. and Kanehisa, M.: "LIGAND : chemical database for enzyme reactions"Nucleic Acids Research. 28. 380-382 (2000)

[Publications] Tsunoda, T. and Takagi, T.: "Estimating transcription factor bindability on DNA"Bioinformatics. 15. 622-630 (1999)

[Publications] Matsuno, H., Doi, A., Nagasaki, M., and Miyano, S.: "Hybrid Petri net representation of gene regulatory network"Pacific. Symp. Biocomput.. 5. 341-352 (2000)

[Publications] matsuda, H., Ishihara, T., Hashimoto, A.: "Classifying molecular sequences using a linkage graph with their pairwise similarities"Theoret. Comput. Sci.. 210. 305-325 (1999)

[Publications] Akutsu, T. and Miyano, S.: "On the approximation of protein threading"Theoret. Comput. Sci.. 210. 261-275 (1999)

[Publications] Kanehisa, M.: "Post-genome Informatics"Oxford University Press. 148 (2000)

[Publications] Asai, K., Miyano, S. and Takagi, T.: "Genome Informatics Workshop 1999"Universal Academy Press, Inc.. 373 (1999)

金久實京都大学, 化学研究所, 教授 (70183275)