1998 Fiscal Year Annual Research Report
膜タンパク質立体構造予測システム(MAKU)の開発とWWWへの公開
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08558077
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| Research Institution | Tokyo University of Agriculture and Technology |
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Principal Investigator |
美宅 成樹 東京農工大学, 工学部, 教授 (10107542)
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| Keywords | 膜タンパク質 / 立体構造予測 / 極性相互作用 / バイオインフォマティクス / ヒトゲノム計画 / プロテオーム解析 |
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| Research Abstract |
これまで私達は、非常に機能の高い膜タンパク質について立体構造形成のメカニズムを理解し、その構造予測を可能にしようと研究を進めてきた。そして、いくつかの膜タンパク質についての変性実験や、計算機によるアミノ酸配列の物理的処理を行うことによって、膜タンパク質の立体構造予測法の流れがようやく現実的なものとなってきた。そこで本研究では、これまでの研究成果をまとめて、(1)アミノ酸配列から膜貫通ヘリックスを予測し、さらにヘリックスの配置・配向・傾きまでを理論的に決定するためのソフトウェアシステム「MAKU」を開発し、(2)誰でも利用できる形として、インターネット(WWW:World Wide Web)上での公開を目的としている。
これまで、システムは完成し、比較的極性の高い膜貫通ヘリックスの多い膜タンパク質については、構造予測が可能となっている。実際、7本膜貫通型の膜タンパク質であるバクテリオロドプシンについて、モデルタンパク質として構造予測を行ったところ、実験的な構造と非常によく似た構造を再現している。計算時間かなり長いという欠点がまだあり、インターネットでの公開には至っていないが、アルゴリズムを単純化することによって、WWWホームページで公開する可能性もほぼ目途がついている。
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Research Products
(6 results)
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[Publications] K.Suzuki: "Comparative Experiments of Protein Denaturation for Studying Structural Difference of Homologous Membrane Proteins:P-450_<SCC> and P-450" Jpn.J.Appl.Phys.38-1-1A. 298-301 (1999)
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[Publications] H.Hirokawa: "SOSUI:Classification and Secondary Structure Prediction for Membrane Proteins." Bioinformatics. 14(4). 378-379 (1998)
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[Publications] K.Suzuki: "Flocculation and Membrane Binding of Outer Membrane Protein F,Porin at Acidic pH" Jpn.J.Appl.Phys.37-1-4A. 2074-2077 (1998)
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[Publications] M.Masuko: "Optimal Configuation of Pyrene Excimer Induced by the Eximer-forming Two-probe Nucleic Acid Hybridization Method" Nucleic Acids Symposium Series. 37. 83-84 (1997)
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[Publications] A.Etoh: "Light-Induced Denaturation of Bacteriorhodopsin Just above Melting Point of Two-Dimensional Crystal" J.Phys.Soc.Jpn.66-4. 975-978 (1997)
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[Publications] H.Ito: "Estimaton of the Hydrophobicity in Microenvironments by Pyrene Fluoroscence Measurements:n-β-Octylglucoside Micelles" J.Phys.Chem.100-21. 9047-9053 (1996)
