1996 Fiscal Year Annual Research Report
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08640882
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Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
大坪 栄一 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (10158800)
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| Keywords | イネ / ゲノム / イネ系統の分類 / イネ系統の近縁関係 / トランスポゾン / レトロポゾン / 転移性遺伝因子 / PCR |
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| Research Abstract |
我々はこれまでに、植物(イネ)ゲノム中に多コピーで散在している転移性遺伝因子を発見し、それらの構造的特徴を明らかにしてきた。本研究は、異なる座位に存在する数多くの各転移性遺伝因子のメンバーを分離・同定し、AAゲノムを持つイネ各種の様々な系統における分布を調べることにより、イネ系統の分類と近縁関係を明らかにすることを目的とするものである。
本年度において、異なる座位に挿入されている転移性遺伝因子であるレトロポゾンp-SINE1及びトランスポゾンTnr1又はTnr2のメンバーの分類・同定を行った。各転移性遺伝因子のメンバーを、異なるイネ系統(Oryza sativa IndicaとO.glaberrima)から得られたtotal genomic DNAのライブラリーから、p-SINE1,Tnr1又はTnr2の配列を持つDNA断片をプローブとしてスクリーニングして得られたクローンの塩基配列を決定し、各因子の両端及びflanking sequenceを同定した。そして、各配列のflanking sequenceを基に1組ずつのプライマーを合成し、上記イネ系統から得られたtotal genomic DNAをテンプレートとし、PCRを行った後、生じたfragmentの大きさをアガロースゲル電気泳動により解析し、各配列がこれらのイネ系統に存在するか、しないかを調べた。その結果、これらのメンバーの中には或るイネの系統には存在するが、他方には存在しないものがあり、AAゲノムを持つイネの様々な系統において各転移性遺伝因子のメンバーの各座における存在、非存在を調べることによって、イネの系統の分類が可能であることを示した。
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[Publications] Motohashi,R.: "Identification of Tnr3.a Suppressor-Mutator/Enhancer-like transposable element from rice." Mol.Gen.Genet.250. 148-152 (1996)
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[Publications] Motohashi,R.: "Classification and relationships of rice strains by mobile genetic elements." International Rice Research Notes. 21. 4 (1996)
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[Publications] Nakajima,R.: "Identification and characterization of two tandem repeat sequences and a retrotransposon as genome-general sequences in rice." Genes Genet.Syst.(印刷中). (1996)
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[Publications] Motohashi,R.: "Structures and distribution of p-SINE1 members in rice genomes." Theor.Appl.Genet.(印刷中). (1997)
