1998 Fiscal Year Annual Research Report

遺伝子組み替え中間体Holliday JunctionのNMRによる構造解析

Research Project

Project/Area Number	09044098
Research Institution	Tokyo Metropolitan University
Principal Investigator	小野晶東京都立大学, 大学院・理学研究科, 助教授 (10183253)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	CHAZIN Walte The Scripps研究所, 分子生物部門, 準教授三宅洋子東京都立大学, 理学研究科, 助手 (40244412) 楯真一東京都立大学, 理学研究科, 助手 (20216998)
Keywords	Holliday junction / NMR / 安定同位体標識核酸 / 安定同位体利用NMR
Research Abstract	(1) 東京都立大学においては、昨年度に引き続き安定同位体標識DNAオリゴマーの合成法の開発を行い、^<13>C/^<15>N-均一標識DNAオリゴマー、^<13>c/^<15>N-立体選択的二重標識DNAオリゴマー、部位選統的標識DNAオリゴマー、等の合成ルートを確立した。また、昨年度、スクリプス研究所より導入したDNA-ポリメラーゼを利用する標識DNAオリゴマーの合成手法の検討を行い、合成収率を改善した。 (2) スクリプス研究所においてはDNAポリメラーゼを利用する標識DNAオリゴマーの調製法の開発研究を行い、その成果を報告した[Mer,et al.,(1998)J.Am.Chem.Soc.,120,607-608]。 (3) Holliday Junction-蛋白質複合体の構造解析に着手する前に、DNA-蛋白質複合体の構造解析における安定同位体標識DNAの有用性を検討する目的で、Antennapedia Homeodomainとその認識配列を含むDNAオリゴマーとの複合体のNMR解析を行った。複合体中のDNAの糖-リン酸バックボーンの配向の解析、糖のコンフォマーの解析、蛋白質及びDNAのNMRシグナルの帰属に関して既に報告した。さらに、複合体中のDNAの構造を高精度で決定することが可能であることが判明したが、それに関しては、現在、論文投稿中である。 (4) HJは高分子量DNA複合体であり、細胞中では、蛋白質や金属イオンと更に大きな複合体を形成していると考えられる。平成10年8月、核酸構造、生物物理化学、安定同位体標識核酸の調製、等の分野の専門家を都立大に招聘し、高分子量DNA-蛋白質複合体の解析研究の進路関して意見交換を行うと共に、情報・枝術の入手に努めた。

Research Products
(6 results)

All Other

All Publications (6 results)

[Publications] Szyperski,T.,et al: "Measurement of deoxyribose ^3JHH scalar couplings reveals protein binding-induced changes in the sugar puckers of the DNA." J.Am.Chem.Soc.120. 821-822 (1998)
[Publications] Fernandez,C.,et al: "NMR with ^<13>C/^<15>N-doubly labeled DNA:the Antennapedia Homeodomain complex with a 14mer DNA duplex." J.Biomol.NMR. 12. 25-37 (1998)
[Publications] Ono,A.,et al: "Systematic synthesis of specifically ^<13>C/^2H-labeled nucleosides from [ul-^<13>C_6]D-glucose." Tetrahedron Letters. 39. 2793-2796 (1998)
[Publications] Oogo,Y.,et al: "Synthesis of[5'-^2H_1]-nucleosides with defined(5'S)/(5'R)-ratios." Tetrahedron Letters. 39. 2873-2876 (1998)
[Publications] Pervushin,K.,et al: "NMR scalar couplings across Watson-Crick base pair hydrogen bonds in DNA observed by TROSY." Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 95. 14147-14151 (1998)
[Publications] Kojima,C.,et al: "DNA duplex dynamics:NMR relaxation studies of a decamer with uniformly ^<13>C-labeled purine nucleosides." J.Magn.Reson.135. 310-333 (1998)

1998 Fiscal Year Annual Research Report

遺伝子組み替え中間体Holliday JunctionのNMRによる構造解析

Principal Investigator

小野 晶 東京都立大学, 大学院・理学研究科, 助教授 (10183253)

Research Products

[Publications] Szyperski,T.,et al: "Measurement of deoxyribose ^3JHH scalar couplings reveals protein binding-induced changes in the sugar puckers of the DNA." J.Am.Chem.Soc.120. 821-822 (1998)

[Publications] Fernandez,C.,et al: "NMR with ^<13>C/^<15>N-doubly labeled DNA:the Antennapedia Homeodomain complex with a 14mer DNA duplex." J.Biomol.NMR. 12. 25-37 (1998)

[Publications] Ono,A.,et al: "Systematic synthesis of specifically ^<13>C/^2H-labeled nucleosides from [ul-^<13>C_6]D-glucose." Tetrahedron Letters. 39. 2793-2796 (1998)

[Publications] Oogo,Y.,et al: "Synthesis of[5'-^2H_1]-nucleosides with defined(5'S)/(5'R)-ratios." Tetrahedron Letters. 39. 2873-2876 (1998)

[Publications] Pervushin,K.,et al: "NMR scalar couplings across Watson-Crick base pair hydrogen bonds in DNA observed by TROSY." Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 95. 14147-14151 (1998)

[Publications] Kojima,C.,et al: "DNA duplex dynamics:NMR relaxation studies of a decamer with uniformly ^<13>C-labeled purine nucleosides." J.Magn.Reson.135. 310-333 (1998)

小野晶東京都立大学, 大学院・理学研究科, 助教授 (10183253)