RNA結合蛋白質hnRNPDの配列特異的一本鎖核酸認識機構の解明

1997 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 09249101
• Research Institution: Tokyo Institute of Technology
• Principal Investigator: 石川 冬木 東京工業大学, 生命理工学部, 教授 (30184493)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 柳田 保子 東京工業大学, 生命理工学部, 助手 (10282849) ; 栗原 靖之 横浜国立大学, 工学部, 助手 (80202050)
• Keywords: hnRNPD / RNA結合蛋白質 / NMR / RNPモチーフ

Research Abstract

1.D1Hの溶液構造を高分解能(r.m.s.d=0.41オングストローム)で決定した。その結果、βαββαβフォールディング構造に加えて以下の構造が形成されていることがわかった。
1)αヘリックスのN末端の構造を安定化するNキャッピング構造がα1及びα2に形成されている。
2)α1にはαヘリックスのC末端側の構造を安定化するCキャッピング構造が形成されている。
3)β2にはβバルジ構造が形成されている。
4)二次構造を形成していないループ領域のうちloop1とloop5に含まれるアミノ酸の側鎖間に水素結合が見つかった。これらのloop1及びloop5はRNAと相互作用するloop3の真下に位置することから、RNAが結合する際にloop3を下から支えている可能性がある。
2.RNAとの複合体に関して三重共鳴NMR測定を行い主鎖の帰属を行なった。その結果RNAとの相互作用部位がより正確になった。また、RNAが結合した状態でもD1Hの二次構造が保持されていることがわかった。
3.複合体形成にともなうD1Hの主鎖の運動性をT1,T2及び15N-NOEを用いて調べた。相互作用に関与するloop3は、RNAが結合していないときは運動性が高いが、結合すると運動性が低くなることからinducedfitしている可能性がある。
4.一方、D2の構造も二次構造を決定した。現在立体構造を求めるために解析を続けている。

Research Products

• [Publications] Nakayama, J. et al.: "TLP1 : A gene encoding a protein component of mammalian telomerase is a novel member of WD-repeats family" Cell. 88. 875-884 (1997)
• [Publications] Ishikawa, F.: "Telomere crisis, the driving force in cancer cell evolution" Biochem, Biophys. Res. Commun.230. 1-6 (1997)
• [Publications] Hatakeyama,S., and Ishikawa,F.: "ICE : a novel and efficient method for isolation of chromosomal ends" Genetic Analysis : Biomolecular Engineering. 14. 45-46 (1997)
• [Publications] Ishikawa, F.: "Regulation mechanisms of mammalian telomerases" Biochemistry(Moscow). 62. 1332-1337 (1998)
• [Publications] Nakayama, J. et al: "Telomerase activation by the catalytic component gene TRT in human primary fibroblasts and hepatocellular carcinomas" Nature genetics. 18. 65-68 (1998)
• [Publications] Hatakeyama, S. et al: "The jumping translocation at 1q21 involves shortened telomeres" Blood. 9191. 1514-1519 (1998)