1997 Fiscal Year Annual Research Report
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09272219
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
篠原 歩 九州大学, 大学院・システム情報科学研究科, 助教授 (00226151)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
正代 隆義 九州大学, 大学院・システム情報科学研究科, 助教授 (50226304)
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| Keywords | ゲノム情報 / 遺伝子領域予測 / パターン照合アルゴリズム |
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| Research Abstract |
本研究は,DNA配列データに対して,その中の遺伝子領域予測できるシステムを構築するための体系的な方式を研究し,実用的な領域予測システムを実働化することを目的とする.この目的を達成するために,我々は以下の項目に力点をおいて研究を展開した.(1)領域予測問題の抽象化と定式化.(2)領域予測アルゴリズムの開発.(3)上記アルゴリズムの理論的基礎.(4)計算機実験による上記アルゴリズムの評価.まず,文字列情報の中の特定の機能部位を同定する問題を,文字列の長さを保存する関数のクラスの学習問題として定式化した.そして,その関数の学習アルゴリズムとして,重み付き投票アルゴリズム(WM)を拡張したアルゴリズム(WM^*)を開発した.WMは,複数の予測アルゴリズムを統合して,よりよい精度で予測が行えることを指向するものであり,プールの中の各予測アルゴリズムに予測を投票させ,その投票結果によって全体的な判断を下すものである.我々の拡張によるWM^*は,おのおのの予測アルゴリズムが投票を棄権することを認めるものである.このことにより,直観的には,各予測アルゴリズムは自信のない予測については棄権によって発言権の低下を防ぐことができると期待される.実際に我々は,WM^*による予測の方がWMによる予測よりも原理的に優れていることを理論的に証明した.さらに,このWM^*を組み込んだ領域予測システムHAKKEのプロトタイプを作成し,DNA配列の中から遺伝子領域を予測する実験を行った.また,最も基本的な問題である,パターン照合問題に対して,テキストとパターンが両方とも直線的プログラムで記述されて与えらたときに高速にパターン照合を行うアルゴリズムの開発に成功した。
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[Publications] M.Karpinski et al.: "An efficient pattern-matching algorithm for strings with short description" Nordic Journal of Computing. 4-2. 172-186 (1997)
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[Publications] M.Miyazaki et al.: "An improved pattern matching algorithm for strings in terms of straight-line programs" Proc.8th CPM97,LNCS. 1264. 1-11 (1997)
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[Publications] K.Noda et al.: "Gene finding using HAKKE system" Genome Informatics 1997. 318-319 (1997)
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[Publications] T.Kida et al.: "Multiple pattern matching in LZW compressed text" Proc.Data Compression Conference. (to appear). (1998)
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[Publications] 近棟稔,篠原歩: "文字列の分類規則に基づく対話型認証方式の考察" 暗号と情報セキュリティシンポジウム(SCIS97). 7-3.A (1998)
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[Publications] 林 洋祐,石坂裕毅,篠原 歩: "局面検索方式棋譜データーベースの開発" 平成9年度電気関係学会九州支部連合大会講演論文集. 222 (1997)
