1997 Fiscal Year Annual Research Report

ヒトゲノムGC含量ドメイン構造の解析と遺伝子高密度領域の探索

Research Project

Project/Area Number	09272224
Research Institution	National Institute of Genetics
Principal Investigator	池村淑道国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 教授 (50025475)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	浅川順一放射線影響研究所, 遺伝学部, 主任研究員
Keywords	バンド境界 / GABA受容体遺伝子 / NOTCH4 / MHC / 可塑性 / cAMP response element / GC含量の変移点 / CTGリピート
Research Abstract	ヒトゲノムがGC含量のMbレベルの区分構造よりなり、この巨大区分構造が染色体バンド領域と関係することを報告してきた。生物学的意味に富んだバンドの属性と塩基配列との関係づけは、ゲノム解析における重要な課題である。MHCクラスIIとIIIの境界領域にシャープなGC含量の変移点を見い出していたが、S期内の複製タイミングを測定したところ、GC含量と複製タイミングの変移点が一致することが明らかになり、この変移領域がバンド境界の要件を満たすことが示された(Tenzen et al.,1997)。この現象の一般性を検証する目的で、クラスIからテロメア側の非MHC領域について、約1.5Mbのゲノム歩行を行い、GC含量分布の測定を行った。非MHC領域との境界部位に新たなGC含量の変移点が特定され、FISH解析により、6p21.3とp22.1の境界に対応することが示された。上記のゲノム解析を行う過程で、9個の新規遺伝子を見い出した。その内のGABA受容体B遺伝子については、完全構造の決定と転写開始点ならびに転写制御領域の解析を行った結果、約5kb離れて存在する2箇所のプロモーターより2種の転写産物が発現していることが判明した。第2プロモーターにのみCRE(cAMP response element)が存在しており、CRE/CREBによる発現調節機構により、GABAB受容体遺伝子が自己調節を受けていると予想され、シナプスの可塑性と関係する可能性が考えられる。クラスIIとIIIの境界領域に見い出したNOTCH4についても、完全遺伝子構造の決定を行い、顕著な多型性を示すCTGリピートを見い出した(Sugaya et al.,1997)。

Research Products
(6 results)

All Other

All Publications (6 results)

[Publications] 天前豊明: "Precise switching of DNA replication timing in the GC content transition area in the human major histocompatibility complex." Mol.Cell.Biol.17. 4043-4050 (1997)
[Publications] 中村保一: "Codon usage tabulated from the international DNA sequence databases." Nucl.Acids Res.25. 244-245 (1997)
[Publications] 安藤麻子: "Triplet repeat polymorphism within the NOTCH4 gene located near the junction of the HLA class II and class III regions in narcolepsy." Tissue Antigens. 50. 646-649 (1997)
[Publications] 安藤麻子: "Triplet repeat polymorphism in the NOTCH4 gene within the human major histocompatibility complex in a healthy population and patients with a salivary gland tumor in Japan." Tissue Antigens. 50. 66-70 (1997)
[Publications] 椎名隆: "Nucleotide sequencing analysis of the 146kb segment around the IKBL and MICA genes at the centromeric end of the HLA class l region." Genomics. in press. (1998)
[Publications] 菅谷公彦: "Gene organization of human NOTCH4 and (CTG)n polymorphism in this human counterpart gene of mouse proto-oncogene Int3." Gene. 189. 235-244 (1997)

1997 Fiscal Year Annual Research Report

ヒトゲノムGC含量ドメイン構造の解析と遺伝子高密度領域の探索

Principal Investigator

池村 淑道 国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 教授 (50025475)

Research Products

[Publications] 天前豊明: "Precise switching of DNA replication timing in the GC content transition area in the human major histocompatibility complex." Mol.Cell.Biol.17. 4043-4050 (1997)

[Publications] 中村保一: "Codon usage tabulated from the international DNA sequence databases." Nucl.Acids Res.25. 244-245 (1997)

[Publications] 安藤麻子: "Triplet repeat polymorphism within the NOTCH4 gene located near the junction of the HLA class II and class III regions in narcolepsy." Tissue Antigens. 50. 646-649 (1997)

[Publications] 安藤麻子: "Triplet repeat polymorphism in the NOTCH4 gene within the human major histocompatibility complex in a healthy population and patients with a salivary gland tumor in Japan." Tissue Antigens. 50. 66-70 (1997)

[Publications] 椎名 隆: "Nucleotide sequencing analysis of the 146kb segment around the IKBL and MICA genes at the centromeric end of the HLA class l region." Genomics. in press. (1998)

[Publications] 菅谷公彦: "Gene organization of human NOTCH4 and (CTG)n polymorphism in this human counterpart gene of mouse proto-oncogene Int3." Gene. 189. 235-244 (1997)

池村淑道国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 教授 (50025475)

[Publications] 椎名隆: "Nucleotide sequencing analysis of the 146kb segment around the IKBL and MICA genes at the centromeric end of the HLA class l region." Genomics. in press. (1998)