1997 Fiscal Year Annual Research Report
tRNAに存在する特異な構造モチーフの分子固定と構造解析
| Project/Area Number |
09278209
|
|---|
| Research Institution | Tokyo Institute of Technology |
|---|
Principal Investigator |
関根 光雄 東京工業大学, 生命理工学部, 助教授 (40111679)
|
|---|
| Keywords | ベント構造 / コンホメーション / 3'-endo / シクロウリジル酸 / 立体異性体 / tRNA / 固相合成 / リン酸トリエステル |
|---|
| Research Abstract |
本研究は人工的に分子設計した立体的に固定化されたベント構造をもつtRNAや塩基部位と糖部位を完全にA型らせんのコンホメーションに固定した剛直構造をもつRNAの最小単位であるモチーフを活用し、これらをRNAに組み込み、これまでにない、三次元構造が固定されたRNAを構築することを目的とする。まず、tRNAのアンチコドンル-部位に存在する鋭いベント機構として知られているUターン構造を科学的に固定化するため、tRNAX線構造解析のデータと最新のアンチコドンの第一字目の装飾ヌクレオシドとUターン構造との残基間相互作用を参考に、UpUの上流側のUの2'水酸基と下流のUの塩基部位の5位から-CH_2C(0)NHCH_2-と-C(O)NHCH_2-の2種類のリンカーを介して連結させたウリジル酸2量体の合成を行い、NMR、CD、分子力場計算、MD計算などをおこない、Uターン構造が安定化されるか、調べた。その結果、NMRからは-CH_2C(O)NHCH_2-をリンア-として用いる場合には、ベントした構造とストレッチ構造の2つの構造の平衡にあることがわかった。一方、-C(O)NHCH_2-をリンカーとして用いる場合、アミド結合のcis-transの回転異性体の混合物として存在することがわかった。また、ベント構造も取りかえることもわかった。そこで、このベント構造をtRNAに組み込むため、その合成に必要なこれらのリンカーで連結されたウリジル酸2量体のホスホロアミダイト合成ユニットの合成をおこない、収率よく合成することができた。現在、これら-CH_2C(O)NHCH_2-と-C(O)NHCH_2-のリンカーをもつベント核酸を個相合成法で合成する詳細な条件について検討している。
|
-
[Publications] T.Wada, Y.Sato, F.Honda, S.Kawahara, M.Sekine: "Chemical Synthesis of Oligodeoxyribonucleotides Using N-Unprotected H-Phosphonate Monomers and Carbonium and Phosphoniun Condensing Reagents" Journal of American Chemlcal Soclety. 119・52. 12710-12721 (1997)
-
[Publications] H.Tsuruoka, K.Shohda, T.Wada, M.Sekine: "Kinetics and Mechanism of Facile and Selective Dephosphorylation of 2'-Phosphorylated and 2'-Thiophosphorylated Dinucleotides" Journal of Organlc Chemistry. 62・9. 2813-2822 (1997)
-
[Publications] K.Seio, T.Wada, K.Sakamoto, S.Yokoyama, M.Sekine: "Chemical Synthesis and Properties of Conformationally Fixed Diuridine Monophosphates as Building Blocks of RNA Tum Motif" Journal of Organic Chemistry. 印刷中
-
[Publications] M.Kadokura, T.Wada, C.Urashima, M.Sekine: "Effective Synthesis of r-Methyl-Capped Guanosine 5'-Triphosphate as a 5'-Terminal Unique Structure of U6 RNA via New Triphosphate Bond Formation" Tetrahedron Letters. 38・48. 8359-8362 (1997)
-
[Publications] T.Wada, F.Honda, Y.Sato, S.Kawahara, M.Sekine: "Chemical Synthesis of H-Phosphonate DNA without Using N-Protecting Groups" Nucleic Acids Symposium Series. 37. 19-20 (1997)
-
[Publications] K.Seio, O.Kurasawa, T.Wada, M.Sekine, et al: "Synthesis and Properties of Conformationally Rigid Cyclouridylic Acids Having Covalent Bond Between the Uracil 5-Position and the 5'-Phosphate Group" Nucleoside Nucleotides. 16・7-9. 1023-1032 (1997)
