1999 Fiscal Year Annual Research Report

DNAのキラリティーを利用したDNA-リガンド相互作用の研究

Research Project

Project/Area Number	09440225
Research Institution	The University of Tokyo
Principal Investigator	黒田玲子東京大学, 大学院・総合文化研究科, 教授 (90186552)
Keywords	DNA-リガンド相互作用 / 誘起CDスペクトル
Research Abstract	DNAリガンドによる塩基配列認識機構の解明は、遺伝子発現など生命現象の根幹に関わる重要な課題である。われわれはDNA-リガンド相互作用を分子・原子レベルで理解するために低分子量金属錯体を研究対象とし、特にキラリティーに着目して研究を行ってきた。アキラルなポルフィリン錯体がキラルなDNAに結合するとCD(Circular dichroism)が誘起される。これまでの研究で、ポルフィリン錯体は、major groove binding,minor groove binding,intercalationなど結合モードにより異なった誘起CDスペクトルを示し、CDスペクトルから結合様式が帰属できることを明らかにしてきたが、これを定量的解析に発展させている。DNA-ligand相互作用に複数の様式が同時に存在する場合には、蛍光,紫外可視スペクトル等から固有結合定数、結合サイト数を求める方法論は未だ確立されているとは言い難い。スペクトルの規格化法を変えることで、複数の相互作用の様式のそれぞれに対応する強度が線型にスペクトルに反映する事が明らかになり、現在スペクトルの四則演算でそれぞれの結合作用様式に対応する様式毎のスペクトルに分解し、逆にこの分解したスペクトルを用いて、実験データーのシュミレーションを線形最小2乗法を用いて行っている。これと平行して、porphineのmeso位から伸ばした側鎖にDNAと相互作用するligandをconjugateし、ポルフィリンをプローブとした誘起CDスペクトルを測定することで、それらligandのDNAに対する結合能、塩基配列選択性を定量的に評価することを目標とした研究を行っている。現在、側鎖の合成及ぴカップリング法の検討、解析ソフトの開発を行っている。

Research Products

(8 results)

All Other

All Publications (8 results)

[Publications] R.Kuroda: "CD Spectra of Solid-State Samples"Chirality. (in press).
[Publications] M.Benedetti: "Induced CD on the d-d Transitions of Square Planar MS_4 Chromohoric Groups of Ni(II) Complexes with Enantiomeric Dithiophosphate Ligands"Enantiomer. 4. 57-61 (1999)
[Publications] K.Umeumra: "AFM Characterization of Single-Strand-Specific Endonuclease Activity on Linear DNA"Nucleic Acids Research. (in press).
[Publications] K.Ninomiya: "Novel GG-specific DNA Photocleavers : p-Cyanobenzamide-Tethiazole Derivatives"Nucleic Acids Symp. Ser.. 42. 255-256 (1999)
[Publications] A. Saito: "Design and Synthesis of a New Type of Modified Nucleoside for Triple Helix-Mediated Adenine-Thymine BP Recognition"Tetrahedron Lett.. 40. 4837-4840 (1999)
[Publications] K. Umemura: "Imaging the RecA-DNA Complex by Atomic Force Microscopy"Nucleic Acids Symp. Ser.. 42. 235-236 (1999)
[Publications] R. Kuroda: "John Wiley & Sons, Inc."Solid-State CD : Application to Inorganic and Organic Chemistry (in press).
[Publications] R. Kuroda: "John Wiley & Sons, Inc."Circular Dichroism of Inorganic Complexes : Interpretation and Applications (in press).

1999 Fiscal Year Annual Research Report

DNAのキラリティーを利用したDNA-リガンド相互作用の研究

Principal Investigator

黒田 玲子 東京大学, 大学院・総合文化研究科, 教授 (90186552)

Research Products

[Publications] R.Kuroda: "CD Spectra of Solid-State Samples"Chirality. (in press).

[Publications] M.Benedetti: "Induced CD on the d-d Transitions of Square Planar MS_4 Chromohoric Groups of Ni(II) Complexes with Enantiomeric Dithiophosphate Ligands"Enantiomer. 4. 57-61 (1999)

[Publications] K.Umeumra: "AFM Characterization of Single-Strand-Specific Endonuclease Activity on Linear DNA"Nucleic Acids Research. (in press).

[Publications] K.Ninomiya: "Novel GG-specific DNA Photocleavers : p-Cyanobenzamide-Tethiazole Derivatives"Nucleic Acids Symp. Ser.. 42. 255-256 (1999)

[Publications] A. Saito: "Design and Synthesis of a New Type of Modified Nucleoside for Triple Helix-Mediated Adenine-Thymine BP Recognition"Tetrahedron Lett.. 40. 4837-4840 (1999)

[Publications] K. Umemura: "Imaging the RecA-DNA Complex by Atomic Force Microscopy"Nucleic Acids Symp. Ser.. 42. 235-236 (1999)

[Publications] R. Kuroda: "John Wiley & Sons, Inc."Solid-State CD : Application to Inorganic and Organic Chemistry (in press).

[Publications] R. Kuroda: "John Wiley & Sons, Inc."Circular Dichroism of Inorganic Complexes : Interpretation and Applications (in press).

黒田玲子東京大学, 大学院・総合文化研究科, 教授 (90186552)