1997 Fiscal Year Annual Research Report
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09480176
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
京極 好正 大阪大学, 蛋白質研究所, 教授 (90012632)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
藤田 信之 国立遺伝学研究所, 助手 (90173434)
山崎 俊夫 大阪大学, 蛋白質研究所, 助教授 (60273710)
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| Keywords | 大腸菌 / 高度好熱菌HB8 / RNAポリメラーゼ / アルファサブユニット / C末端ドメイン / N末端ドメイン / シグマサブユニット / ベータサブユニット |
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| Research Abstract |
(1)大腸菌RNAポリメラーゼのαサブユニットのC末端ドメイン(αCTD)とN末端ドメイン(αNTD)の間に非常に柔軟なリンカー部分が存在することが明らかとなった。
(2)αCTDはAとTに富むUPエレメントと結合する。AAATTTという配列を含むDNAオリゴマーについて調べた結果、特異性は低いが、DNAの副溝側から結合している可能性が高いことがわかった。
(3)αNTDはアミノ酸数235あり、会合しやすい。コール酵素の界面活性剤で可溶化し、αプロトンをD化した試料について、3次元NMRを測定することに成功し、主鎖のアミドプロトンの85%の帰属に成功した。2次構造を決めたところ、3本のαヘリックスと5本と6本のβ鎖から成る2枚のβシートから成ることがわかった。
(4)σ70の領域4部分はプロモーター-35領域に結合する部分として知られている。84残基からなるC末端部位を発現し、陽イオン界面活性剤で可溶化してNMRによって2次構造を決定したところ、4本のαヘリックスからなり、予想されていたヘリックス-ターン-ヘリックスの存在も確認された。
(5)高度好熱菌Thermus thermophilus HB8のα RNAポリメラーゼαサブユニットのC DNAを検索し、オペロンを同定した。前後にリボソームのサブユニットのgene4個を含んでおり、このことはE.coliなどと似ているが、プロモーターが完全には決まっていない。αサブユニット自身はアミノ酸数315と大腸菌のものと比べて16残基程短い。
(6)1342残基より成るβサブユニット(151K)の限定分解を行ったところ、N末端50〜60K、C末端35〜45Kのフラグメントが得られ、α_2β複合体で限定分解すると、βサブユニットの750番目付近でαサブユニットと接触していることがわかった。
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Research Products
(7 results)
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[Publications] Yamazaki,T., Kyogoku,Y. 他3名: "Aougument of backbone resonances for larger proteins using the ^<13>C-^1H coherence of a ^1H_a-,^2,and ^<15>N-labeled sample" Journal of the American Chemical Society. 119. 872-880 (1997)
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[Publications] Ozaki,H., Kyogoku,Y. 他3名: "Detection of DNA bending in a DNA-PAPI protein complex of fluorescence resonance energy transfer" Biochemical and Biophysical Research Communication. 231. 553-556 (1997)
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[Publications] Jpon,Y.H., Yamazaki,T., Kyogoku,Y. 他2名: "Flexible linker in the RNA polymerase alpha sabunit Facilitates the independent motion of the C-terminal activaton contact domain" Journal of Molecular Biology. 267. 953-962 (1997)
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[Publications] Furui,J., Yamazaki,T., Kyogoku,Y. 他2名: "Solution structures of the IRF-2 DNA binding domain : A novel subgroup of the winged helix-turn-helix family" Structure. (印刷中). (1998)
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[Publications] Youg,J., Fujita,N. 他4名: "Amino acid nesidues in the alpha-sabunit C terminal domain of E.Coli RNA polymerase involved in activation of thanscription from the mtr promoter" Journal of Bacteriology. 179. 6187-6191 (1997)
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[Publications] Deoliue,D.N., Fujita,N. 他3名: "Specific fluoresceat labeling of two functional Domains in RNA polymerase alpha sabuuit" Proteins. 30. 183-192 (1998)
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[Publications] 京極 好正, 月原 冨武 編: "シリーズ・ニューバイオフィジックス(3) 構造生物学とその解析法" 共立出版, 192 (1997)
